Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002484`

染色体: Chr05 坐标: 27482117-27484055 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002484`
名称	SmilChr05G002484
描述	protein RGF1 INDUCIBLE TRANSCRIPTION FACTOR 1
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	27482117 - 27484055 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026256`
GeneID	`131026256`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026256`
原始查询	`SmilChr05G002484`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein RGF1 INDUCIBLE TRANSCRIPTION FACTOR 1
产物	protein RGF1 INDUCIBLE TRANSCRIPTION FACTOR 1
Arabidopsis	`AT1G31040` (AT1G31040) PLATZ transcription factor family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839990] identity=56.4; qcov=1.09; evalue=3.53e-85; confidence=high
Rice	`Os02g0172800` - identity=51.7; qcov=1.12; evalue=2.55e-72; confidence=high
GO	GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG	-
Pfam	PF04640 (PLATZ)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026256

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057812037.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.40000	`XP_057812037.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812037.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812037.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057812037.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:27482413`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B69
`Chr5:27483598`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C70
`Chr5:27483601`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A13,B112,C38,C4
`Chr5:27483774`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	C8
`Chr5:27483774`	`CTT`	`C`	2bp_deletion	CDS_variant	1	C8
`Chr5:27483790`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	2	B131,B87
`Chr5:27483790`	`TTC`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	2	B131,B87

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812037.1

215 aa

108

215

PLATZ

PF04640 PLATZ 77-149 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812037.1`	Pfam	`PF04640`	PLATZ	Family	77	149	5.3e-29	101.3	PLATZ transcription factor

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956054.1
GCTTAGTTTGAATAAAAAATAGTAGTAGTAGAATATATTGGTACCATCCATTTAGCAGCAGGATATAAGTGTGGAAGTAAAAAAATTAGAAAGCAGGTCTCAAACCCTTTGTACACACGTACTAGTATATAATTAGGCAATTTCAGCACACACCCCAGCCACCCACCCACCCACTATTATTTCCTCTTGTTTAATTTGCTCTCATTCAGTGTGACTGCGTGTTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAAAGAGATGATGAGAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026256
ATGATGAGAGAGAGAGAAGAGGAGGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAAGAGGAGGTGGTGGCGAAGCCTGCATGGCTGCAAGGTTTAATGGCGGAGTCATTCTTCGCTGCTTGTGGGGTCCACGAGAATTGCAGGAAGAACGAAAAGAACATTTTCTGCTTGAATTGTTGCCAGAGTTTTTGCCCTCACTGCCTTCTCTCTCATCACCCCTCCCACCCTCTACTCCAGGTAAGGAGATATGTTTACCAAGATGTGATTAGATT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812037.1
MMREREEEEEEEEEEEEVVAKPAWLQGLMAESFFAACGVHENCRKNEKNIFCLNCCQSFCPHCLLSHHPSHPLLQVRRYVYQDVIRLDDLEKLIDCSYIQPYTINSAKVIFLNERAQSRSCKGSAANSCFTCDRILQDPFHFCSLSCKVDYMVYQGQDLSGILFKFEHSDFAISQFEDLRVDVGGCSDRSNKNGGFLMLSFGSRRKGAPQRSPLS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器