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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002489

染色体: Chr05 坐标: 27553040-27556060 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002489
名称SmilChr05G002489
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向27553040 - 27556060 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026260
GeneID131026260
locus_tag-
NCBI NameLOC131026260
原始查询SmilChr05G002489

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein FAR1-RELATED SEQUENCE 1
产物protein FAR1-RELATED SEQUENCE 1
ArabidopsisAT4G15090 (FAR1)
FRS (FAR1 Related Sequences) transcription factor family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827173]
identity=46.1; qcov=0.961; evalue=0; confidence=high
RiceOs12g0225300
-
identity=33.7; qcov=0.896; evalue=3.86e-111; confidence=low
GOGO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription); GO:0008270 (zinc ion binding)
KEGG-
PfamPF03101 (FAR1); PF04434 (SWIM); PF10551 (MULE)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026260

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057812040.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812040.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812040.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812040.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057812040.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:27553703 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B109,B132,B80,D10
Chr5:27553764 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:27554448 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr5:27554481 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,D1
Chr5:27554720 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,D7
Chr5:27554743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B104,B122,C8,C85
Chr5:27554828 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 B5
Chr5:27554828 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 B5
Chr5:27554830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B112,B13,B5
Chr5:27554850 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C85
Chr5:27555556 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812040.1
721 aa
N
1
360
721
FAR1
MULE
SWIM
C
PF03101 FAR1 62-164 aa PF10551 MULE 261-354 aa PF04434 SWIM 542-577 aa
XP_057812041.1
721 aa
N
1
360
721
FAR1
MULE
SWIM
C
PF03101 FAR1 62-164 aa PF10551 MULE 261-354 aa PF04434 SWIM 542-577 aa
XP_057812042.1
693 aa
N
1
346
693
FAR1
MULE
SWIM
C
PF03101 FAR1 62-164 aa PF10551 MULE 261-354 aa PF04434 SWIM 542-577 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812040.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 62 164 2.9e-25 89.5 FAR1 DNA-binding domain
XP_057812040.1 Pfam PF10551 MULE Domain 261 354 3.7e-26 92.1 MULE transposase domain
XP_057812040.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 542 577 1.1e-08 35.1 SWIM zinc finger
XP_057812041.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 62 164 2.9e-25 89.5 FAR1 DNA-binding domain
XP_057812041.1 Pfam PF10551 MULE Domain 261 354 3.7e-26 92.1 MULE transposase domain
XP_057812041.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 542 577 1.1e-08 35.1 SWIM zinc finger
XP_057812042.1 Pfam PF03101 FAR1 Domain 62 164 2.7e-25 89.6 FAR1 DNA-binding domain
XP_057812042.1 Pfam PF10551 MULE Domain 261 354 3.4e-26 92.2 MULE transposase domain
XP_057812042.1 Pfam PF04434 SWIM Domain 542 577 1.1e-08 35.2 SWIM zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956058.1
GGCCCAGAATACCCAGTTCAAAAAAGAGTCGCGAGTCGCGACTGCAGGTGCGAGTACGATAAATGAACTCCCATTGCCCTAGTCAGAGAATTTGGAATCTCAATTTCGTACTCGCCCCCAAATCTCAGTACAGATCCCTGCTGTGCTACGATCTCACAGCTCACTGCTCAACGGTCTTCGTCAACATTGCTTAGTTGTGATAGTGGCATCAGTAGTCTCTCTCTGTATCTCCAATTCATCGTAAAAGAAACAGAATTGAT...
XM_057956057.1
AAAAAAGAGTCGCGAGTCGCGACTGCAGGTGCGAGTACGATAAATGAACTCCCATTGCCCTAGTCAGAGAATTTGGAATCTCAATTTCGTACTCGCCCCCAAATCTCAGTACAGATCCCTGCTGTGCTACGATCTCACAGCTCACTGCTCAACGGTCTTCGTCAACACTTGCAGATTATGCGCAGTGTGTGCTTTTTGTGTGCAGTTGCTTAGTTGTGATAGTGGCATCAGTAGTCTCTCTCTGTATCTCCAATTCATCG...

CDS

3 records

下载 CDS FASTA
LOC131026260
ATGAGACTTGATCCTCCGCATCCGTCAACTGGAAACCGTAACGACAGTGCAGGAGTTAAATCATGCAATGGAGGAGATAAACCAGCTGATTCCGCTCCAATCATCATTGACTGTGAAACGAGCAGTCGAAAATCATCTGAGCCGCACGAGAGCAAGGAATTCGAGTCAAAAGAGGAGGCTTTCAACTTCTACAAAGCACACGCACTATCCGTTGGATTTTCCGCCATCATAAAGGCCAGCCGTCGATCGAGAATTTCTGG...
LOC131026260
ATGAGACTTGATCCTCCGCATCCGTCAACTGGAAACCGTAACGACAGTGCAGGAGTTAAATCATGCAATGGAGGAGATAAACCAGCTGATTCCGCTCCAATCATCATTGACTGTGAAACGAGCAGTCGAAAATCATCTGAGCCGCACGAGAGCAAGGAATTCGAGTCAAAAGAGGAGGCTTTCAACTTCTACAAAGCACACGCACTATCCGTTGGATTTTCCGCCATCATAAAGGCCAGCCGTCGATCGAGAATTTCTGG...

Protein

3 records

下载 Protein FASTA
XP_057812040.1
MRLDPPHPSTGNRNDSAGVKSCNGGDKPADSAPIIIDCETSSRKSSEPHESKEFESKEEAFNFYKAHALSVGFSAIIKASRRSRISGKFIDAKFVCTRYGAKPETSSLAESSELTRNAHVKKKRGRINRSWSKTDCKACMHVKRRQDGRWIVSSFVKEHNHDLVIDSAGLRNVCSSNSAQVRRKKMCPSLARHESTGLNSSGSISGFREGDVQVLLEYFSCMQDDNPFFFYAIDLNKKQLLRNVFWADAKGRIDYLNFGD...
XP_057812041.1
MRLDPPHPSTGNRNDSAGVKSCNGGDKPADSAPIIIDCETSSRKSSEPHESKEFESKEEAFNFYKAHALSVGFSAIIKASRRSRISGKFIDAKFVCTRYGAKPETSSLAESSELTRNAHVKKKRGRINRSWSKTDCKACMHVKRRQDGRWIVSSFVKEHNHDLVIDSAGLRNVCSSNSAQVRRKKMCPSLARHESTGLNSSGSISGFREGDVQVLLEYFSCMQDDNPFFFYAIDLNKKQLLRNVFWADAKGRIDYLNFGD...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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