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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002492

染色体: Chr05 坐标: 27597530-27601933 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002492
名称SmilChr05G002492
描述potassium transporter 10-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向27597530 - 27601933 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026263
GeneID131026263
locus_tag-
NCBI NameLOC131026263
原始查询SmilChr05G002492

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述potassium transporter 10-like
产物potassium transporter 10-like
ArabidopsisAT2G35060 (KUP11)
K+ uptake permease 11 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818071]
identity=79.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0613900 (OsHAK11)
-
identity=75; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0015079 (potassium ion transmembrane transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0071805 (potassium ion transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF02705 (K_trans); PF22776 (K_trans_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026263

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057812047.1
2 Vacuole membrane 液泡膜 0.80000 XP_057812047.1
3 Vacuole 液泡 0.60000 XP_057812047.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812047.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812047.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:27597609 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:27597702 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C52,C84
Chr5:27597732 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A15,D1
Chr5:27597803 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr5:27597813 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B140,C52,C84
Chr5:27598172 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:27598581 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:27598857 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B94
Chr5:27599313 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B97
Chr5:27599521 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B27
Chr5:27600069 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39
Chr5:27600075 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812047.1
786 aa
N
1
393
786
K_trans
K_trans_C
C
PF02705 K_trans 51-521 aa PF22776 K_trans_C 551-783 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812047.1 Pfam PF02705 K_trans Domain 51 521 5.4e-161 536.8 K+ potassium transporter integral membrane domain
XP_057812047.1 Pfam PF22776 K_trans_C Domain 551 783 2.9e-25 89.6 K+ potassium transporter C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956064.1
GTTTTTATTCGAATCTTGCGATCCAACCTCAAGATTTAGGATTTGTATTACTCCATTATTCAGTCAGTCAAAAAAATCGATAATATTTAAAAATCCACGACTGCAAGCCACGTGGCAGTTAGAAAAATAAGCGACGCTCAGACATACAGCAATCGCTCGTGTCAAATGTGTATGATAGAGAGCAAGACTCTGAGAGAGAGAGAGAGAGGAGCTGGGGTCCTCTGTCTCTAGACATACGTGAAAGCGCAATCAAAATTCAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026263
ATGGCATCTGGAGTGGATTTTGATGAAGGCGGCCAAACGAAAGGGGAGATGTGGGATTTGGAGCAGAAACTTGATCAGCCCATGGATGAAGAGGCTGTAAGGCTTAAAAATATGTATAGAGAAAAGAAATTCTCGTCACTTTTGCTCTTGAGGCTTGCATTTCAGAGCCTGGGAGTGGTATATGGCGACTTAGGAACATCTCCGCTGTATGTATTCTACAATACTTTTCCTCGTGGAGTAGATGATACAGAGGACATTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812047.1
MASGVDFDEGGQTKGEMWDLEQKLDQPMDEEAVRLKNMYREKKFSSLLLLRLAFQSLGVVYGDLGTSPLYVFYNTFPRGVDDTEDIIGALSLIIYSLTLIPLLKYVFIVCRANDNGQGGTFALYSLLCRHAKVRTIPNQHRTDEELTTYSRNTVHERSFAAKTKTWLEANAFRKTSLLILVLVGTCMVIGDGILTPAISVLSASGGIKVDHPKMSNDVVVLVAVIILVGLFSMQHYGTDRVGWLFAPIVLLWFLIIGGIG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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