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同源 qcov 为最佳单个 HSP 在查询序列上的坐标跨度／序列长度；置信度是规则分级，不是已验证的正交关系。

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及有 accession 序列支持的文献基因名查询；未闭环名称仅提供候选导航。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002509

染色体: Chr05 坐标: 27853314-27856168 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002509
名称SmilChr05G002509
描述putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向27853314 - 27856168 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026303
GeneID131026303
locus_tag-
NCBI NameLOC131026303
原始查询SmilChr05G002509

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1
产物putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN-1
ArabidopsisAT3G06880 (AT3G06880)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819873]
identity=24.48; qcov=0.941; evalue=2.93e-12; confidence=weak
RiceOs02g0168400
-
identity=42.43; qcov=0.953; evalue=8.5e-71; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF23628 (ARM_LIN_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026303

打开注释模块

非零投票定位候选（最多五项）

特征证据限制：抽查两个保留的历史缓存共 206 行，PROFEAT 特征全部为零；第二块缓存为 106 行，比对应 FASTA 的 100 个蛋白多 6 个。ESM2 特征在抽查范围内为有限非零值。缓存与当前定位结果的历史执行链仍未核实，不能据蛋白编号重合认定这些特征用于线上预测，也不能将抽查推广到全蛋白组。当前结果仅作为探索性候选，特征完整性与预测可靠性尚未建立。

Rank定位位置中文五折投票比例Protein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057812122.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057812119.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057812119.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:27855828 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B17,C29,C35,C7
Chr5:27855869 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 23 B101,B112,B12,B13,B130,B131,B22,B27,B32,B35,B41,B45,B56,B65,B68,B75,B89,B96,C2,C33,C39,C71,C87
Chr5:27855951 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812119.1
362 aa
N
1
181
362
ARM_LIN_C
C
PF23628 ARM_LIN_C 2-290 aa
XP_057812120.1
362 aa
N
1
181
362
ARM_LIN_C
C
PF23628 ARM_LIN_C 2-290 aa
XP_057812121.1
362 aa
N
1
181
362
ARM_LIN_C
C
PF23628 ARM_LIN_C 2-290 aa
XP_057812122.1
337 aa
N
1
168
337
ARM_LIN_C
C
PF23628 ARM_LIN_C 2-324 aa
XP_057812123.1
337 aa
N
1
168
337
ARM_LIN_C
C
PF23628 ARM_LIN_C 2-324 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812119.1 Pfam PF23628 ARM_LIN_C Repeat 2 290 2.1e-90 304.1 Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN, ARM-like domain
XP_057812120.1 Pfam PF23628 ARM_LIN_C Repeat 2 290 2.1e-90 304.1 Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN, ARM-like domain
XP_057812121.1 Pfam PF23628 ARM_LIN_C Repeat 2 290 2.1e-90 304.1 Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN, ARM-like domain
XP_057812122.1 Pfam PF23628 ARM_LIN_C Repeat 2 324 4.5e-95 319.4 Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN, ARM-like domain
XP_057812123.1 Pfam PF23628 ARM_LIN_C Repeat 2 324 4.5e-95 319.4 Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN, ARM-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

5 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956139.1
AGATGGGAATTGAGAGCATCGAGAGGTTGGTGGAGGTGAGGAGTGAGAAGATGGATTTGGAGTCGCTGCAGAGATGCATCAAGATTCTCAACGCCGTCGCCGACTCTACCAATAACGATTCATCATCATCTTGTCGGAAGACCAACTCGTACATCTCAGCCTGCGCGCATCTCTACTTATCCATCGTCTATAAAATTGGTAAGAACGACAAGATTTCAGCTCGGAATCTGCTGCAGGTTTTCTGCGACGCGCCCTTCTTG...
XM_057956138.1
TGAGAGCATCGAGAGGTTGGTGGAGGTGAGGAGTGAGAAGATGGATTTGGAGTCGCTGCAGAGATGCATCAAGATTCTCAACGCCGTCGCCGACTCTACCAATAACGATTCATCATCATCTTGTCGGAAGACCAACTCGTACATCTCAGCCTGCGCGCATCTCTACTTATCCATCGTCTATAAAATTGGTAAGAACGACAAGATTTCAGCTCGGAATCTGCTGCAGGTTTTCTGCGACGCGCCCTTCTTGCTCGGACGCG...

CDS

5 records

下载 CDS FASTA
lcl|NC_080391.1_cds_XP_057812119.1_28224
ATGGATGTGGGGGACATGCCTGAGAAGACCCGGGCTGCATCTGTTCTTCGTCTCTGCATACGAGCAGACGGAAGCTGTCGCCACTTCTTGGTCAAGAACGTCAAGAGAGACGCGATTCTAAGCCTATTAGTCCTTGAGCAGTGGCAGGGGCAAGGGCAAGGGCATGCTCTGGCTTTGCTGTATGAGTTGCTATGTGTTAGCAGGAGACACAAGAGGATAGAGTTGTTGAGTGGACTCAAGGAGGGGTGGAAGTGGTTGAA...
lcl|NC_080391.1_cds_XP_057812120.1_28225
ATGGATGTGGGGGACATGCCTGAGAAGACCCGGGCTGCATCTGTTCTTCGTCTCTGCATACGAGCAGACGGAAGCTGTCGCCACTTCTTGGTCAAGAACGTCAAGAGAGACGCGATTCTAAGCCTATTAGTCCTTGAGCAGTGGCAGGGGCAAGGGCAAGGGCATGCTCTGGCTTTGCTGTATGAGTTGCTATGTGTTAGCAGGAGACACAAGAGGATAGAGTTGTTGAGTGGACTCAAGGAGGGGTGGAAGTGGTTGAA...

Protein

5 records

下载 Protein FASTA
XP_057812119.1
MDVGDMPEKTRAASVLRLCIRADGSCRHFLVKNVKRDAILSLLVLEQWQGQGQGHALALLYELLCVSRRHKRIELLSGLKEGWKWLNTLQILLLRLHKARPEERPMVAVVLLELDLFVGDASECSVYREDAVDAIIEALDCCVMDERIQQQVARALLILGGRFSYTGEEEVERWLLRKAEIRESCIPSQNEDEKMRREWQRKAALVLLTSGNTRLLSALSDSLANSIPSLARACLITIGWISHSLADTDLRLAACSIIAP...
XP_057812120.1
MDVGDMPEKTRAASVLRLCIRADGSCRHFLVKNVKRDAILSLLVLEQWQGQGQGHALALLYELLCVSRRHKRIELLSGLKEGWKWLNTLQILLLRLHKARPEERPMVAVVLLELDLFVGDASECSVYREDAVDAIIEALDCCVMDERIQQQVARALLILGGRFSYTGEEEVERWLLRKAEIRESCIPSQNEDEKMRREWQRKAALVLLTSGNTRLLSALSDSLANSIPSLARACLITIGWISHSLADTDLRLAACSIIAP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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