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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002519

染色体: Chr05 坐标: 28018494-28021627 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002519
名称SmilChr05G002519
描述vesicle-associated membrane protein 721-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向28018494 - 28021627 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026311
GeneID131026311
locus_tag-
NCBI NameLOC131026311
原始查询SmilChr05G002519

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述vesicle-associated membrane protein 721-like
产物vesicle-associated membrane protein 721-like
ArabidopsisAT1G04750 (VAMP721)
vesicle-associated membrane protein 721 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839419]
identity=81.8; qcov=0.982; evalue=1.17e-123; confidence=high
RiceOs03g0165800
-
identity=69.2; qcov=1; evalue=1.11e-118; confidence=high
GOGO:0016020 (membrane); GO:0016192 (vesicle-mediated transport)
KEGGsmil04130 (SNARE interactions in vesicular transport - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04142 (Lysosome biogenesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04145 (Phagocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00957 (Synaptobrevin); PF13774 (Longin)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026311

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Vesicle 囊泡 1.00000 XP_057812139.1
2 Endosome 内体 1.00000 XP_057812139.1
3 Endosome membrane 内体膜 1.00000 XP_057812139.1
4 Cytoplasmic vesicle 细胞质囊泡 0.80000 XP_057812139.1
5 Secretory vesicle Secretory vesicle 0.80000 XP_057812139.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:28020262 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B80
Chr5:28020439 C CAT 2bp_insertion frameshift_variant 31 A24,A25,B10,B105,B113,B115,B120,B125,B134,B140,B16,B28,B29,B32,B49,B52,B6,B71,B84,B89,C11,C16,C18,C38,C40,C47,C62,C69,C70,D2,D4
Chr5:28020444 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 30 A25,B10,B105,B113,B115,B120,B125,B134,B16,B28,B29,B32,B49,B52,B6,B71,B84,B89,C11,C16,C18,C29,C38,C40,C47,C62,C69,C70,D2,D4
Chr5:28020459 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 193 A1,A10,A11,A13,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A5,A6,A8,A9,B1,B10,B101,B103,B104,B105,B106,B109,B110,B111,B112,B113,B114,B117,B118,B12,B120,B121,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B132,B133,B134,B136,B137,B139,B14,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B25,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B35,B36,B39,B4,B40,B41,B42,B43,B44,B45,B48,B49,B5,B52,B53,B55,B56,B6,B60,B61,B62,B63,B65,B66,B67,B68,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B79,B82,B83,B84,B85,B86,B88,B89,B9,B90,B93,B94,B95,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C31,C33,C34,C36,C38,C39,C40,C41,C42,C43,C44,C46,C47,C48,C49,C5,C52,C53,C54,C56,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C77,C79,C8,C80,C85,C86,C87,D1,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9
Chr5:28020462 AC A 1bp_deletion frameshift_variant 180 A1,A10,A11,A13,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A5,A6,A8,A9,B1,B10,B103,B104,B105,B106,B109,B110,B111,B112,B113,B114,B117,B118,B12,B120,B121,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B136,B137,B139,B14,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B35,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B49,B5,B52,B56,B6,B60,B61,B62,B63,B65,B66,B67,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B79,B82,B83,B84,B85,B86,B88,B9,B90,B93,B94,B95,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C31,C33,C34,C36,C38,C39,C40,C41,C42,C43,C44,C46,C47,C48,C49,C52,C53,C54,C56,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C79,C8,C80,C85,C86,C87,D1,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9
Chr5:28020466 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 180 A1,A10,A11,A13,A16,A18,A19,A2,A20,A21,A22,A23,A25,A3,A5,A6,A8,A9,B1,B10,B103,B104,B105,B106,B109,B110,B111,B112,B113,B114,B117,B118,B12,B120,B121,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B136,B137,B139,B14,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B35,B36,B39,B4,B41,B42,B43,B44,B45,B49,B5,B52,B56,B6,B60,B61,B62,B63,B65,B66,B67,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B79,B82,B83,B84,B85,B86,B88,B9,B93,B94,B95,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C19,C2,C21,C22,C24,C25,C26,C27,C28,C29,C3,C31,C33,C34,C36,C38,C39,C40,C41,C42,C43,C44,C46,C47,C48,C49,C52,C53,C54,C56,C59,C60,C61,C62,C63,C64,C66,C67,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C74,C75,C79,C8,C80,C85,C86,C87,D1,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D8,D9
Chr5:28020475 T TGA 2bp_insertion frameshift_variant 161 A10,A11,A13,A16,A18,A19,A2,A20,A22,A23,A25,A3,A5,A6,A8,A9,B1,B10,B103,B104,B105,B110,B111,B112,B113,B114,B117,B118,B12,B120,B121,B122,B124,B125,B126,B127,B128,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B137,B139,B14,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B21,B22,B23,B26,B27,B28,B29,B3,B30,B32,B33,B34,B35,B39,B4,B44,B45,B49,B5,B52,B56,B6,B60,B61,B62,B63,B65,B66,B67,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B75,B77,B79,B82,B83,B84,B85,B86,B88,B93,B94,B95,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C15,C16,C17,C18,C19,C21,C22,C24,C26,C27,C28,C29,C3,C31,C33,C34,C36,C38,C39,C40,C42,C43,C44,C46,C47,C48,C49,C51,C52,C54,C56,C60,C62,C66,C67,C69,C7,C70,C71,C72,C73,C75,C79,C8,C80,C85,C86,C87,D1,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D9
Chr5:28020480 CGT C 2bp_deletion frameshift_variant 133 A10,A13,A18,A19,A2,A20,A25,A5,A6,A8,A9,B1,B10,B103,B104,B105,B110,B111,B112,B113,B114,B118,B12,B120,B121,B124,B125,B128,B129,B13,B130,B131,B133,B134,B137,B15,B16,B17,B19,B2,B20,B23,B26,B28,B29,B3,B30,B32,B34,B35,B39,B4,B44,B45,B49,B5,B52,B6,B60,B61,B62,B63,B65,B66,B69,B7,B72,B73,B74,B75,B79,B82,B83,B84,B85,B86,B88,B93,B94,B95,B99,C1,C10,C11,C12,C13,C16,C17,C18,C2,C21,C24,C26,C27,C28,C29,C3,C31,C33,C34,C38,C39,C40,C42,C44,C46,C49,C51,C52,C54,C56,C60,C62,C66,C67,C69,C7,C71,C72,C75,C79,C8,C80,C85,C86,C87,D11,D2,D3,D4,D6,D7,D9
Chr5:28021155 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr5:28021200 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B23
Chr5:28021272 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C34,C73
Chr5:28021296 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B131,C32

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812139.1
224 aa
N
1
112
224
Longin
Synaptobrevin
C
PF13774 Longin 23-118 aa PF00957 Synaptobrevin 135-215 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812139.1 Pfam PF13774 Longin Domain 23 118 1.5e-27 96.3 Regulated-SNARE-like domain
XP_057812139.1 Pfam PF00957 Synaptobrevin Domain 135 215 1.1e-29 102.9 Synaptobrevin

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956156.1
TATCTAAAAATATTTAAGCAGGGGGATTATATATTAATATTACGTTTGTCAAAGTTGAGCAAAATCATTAATTGGGTTGCCCGCGTCGAGAGTCTCGTTTATCTCTCTCACTCTACTTTCCCAAATACAAAAGCAAACGAAAGCGGTAGAGAGAGAAGCAGAAAAAGGGGTTCCGCTCTCTTAAAATTCAACTAAAGTGATCCAACTCGAGATCTGGCAAGGAAGGAATTTGTAAGGCCGAGAAGAAGAACCCTAACTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026311
ATGGGGCAAAACAGCCGGAAGACGCTGATCTACGCGCTGGTGGCGCGTGGAACGCCGCCGGTGGTGCTGGCGGAGTACACGGAGTTCAGCGGGAACTTCAATTCTATAGCCTATCAGTGCCTCCAGAAGCTTCCAGCCTCCAACAACAAGTTCACCTACAACTGCGACAATCACACCTTCAATTACCTCGTTCACGATGGATTCACTTACTGTGTTGTTGCTGAAGAGTCAGCTGGAAGGCAGGTTCCTATGGCTTTTCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812139.1
MGQNSRKTLIYALVARGTPPVVLAEYTEFSGNFNSIAYQCLQKLPASNNKFTYNCDNHTFNYLVHDGFTYCVVAEESAGRQVPMAFLERIKDDFVAKYGGGKAATAPANGLNKEFGPKLKEQMQYCIEHPEEISKFAKVKAQVSEVKGVMMENIEKVLDRGEKIELLVDKTENLHHQAQDFRTTGTQIRRKMWLQNMKIKLIVLAIIVALILIIVLSVCKGFKC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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