当前解析结果
SmilChr05G002526| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002526 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002526 |
| 描述 | uncharacterized SmilChr05G002526 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 28101604 - 28103406 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026323 |
|---|---|
| GeneID | 131026323 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026323 |
| 原始查询 | SmilChr05G002526 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ribonuclease H2 subunit C-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818529]; symbol=AT2G39440; hit=AT2G39440; species=arabidopsis; confidence=high |
| 产物 | ribonuclease H2 subunit C-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818529]; symbol=AT2G39440; hit=AT2G39440; species=arabidopsis; confidence=high |
| Arabidopsis | AT2G39440 (AT2G39440)ribonuclease H2 subunit C-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818529] identity=55.1; qcov=0.863; evalue=1.53e-56; confidence=high |
| Rice | Os02g0168900- identity=55.4; qcov=0.869; evalue=1.09e-48; confidence=medium |
| GO | GO:0006401 (RNA catabolic process); GO:0032299 (ribonuclease H2 complex) |
| KEGG | smil03030 (DNA replication - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF08615 (RNase_H2_suC) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026323 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057812159.1 |
| 2 | Nucleoplasm | 核质 | 0.80000 | XP_057812159.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.20000 | XP_057812159.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057812159.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057812159.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:28101839 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B110,D10 |
Chr5:28102905 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812159.1PF08615
RNase_H2_suC 32-145 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812159.1 |
Pfam | PF08615 |
RNase_H2_suC | Family | 32 | 145 | 4.3e-30 | 105.5 | Ribonuclease H2 non-catalytic subunit (Ylr154p-like) |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。