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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002528

染色体: Chr05 坐标: 28115600-28116492 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002528
名称SmilChr05G002528
描述protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A9-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向28115600 - 28116492 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026322
GeneID131026322
locus_tag-
NCBI NameLOC131026322
原始查询SmilChr05G002528

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A9-like
产物protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A9-like
ArabidopsisAT1G10155 (PP2-A10)
phloem protein 2-A10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837553]
identity=37.8; qcov=0.97; evalue=3.06e-32; confidence=medium
Rice-
-
GO-
KEGG-
PfamPF14299 (PP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026322

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057812158.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057812158.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.20000 XP_057812158.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812158.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812158.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:28115707 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C52
Chr5:28115830 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:28115988 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B132,C24,C38
Chr5:28116102 T TCC 2bp_insertion frameshift_variant 7 B22,B27,B41,B45,B77,C16,D4
Chr5:28116117 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr5:28116125 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 53 A11,A16,A8,B103,B11,B118,B12,B120,B124,B126,B132,B14,B19,B20,B28,B29,B30,B31,B38,B39,B44,B48,B51,B53,B55,B58,B67,B70,B73,B76,B79,B80,B84,B85,B97,B98,C23,C24,C26,C27,C3,C33,C38,C42,C53,C54,C59,C61,C78,C79,C80,C81,D8
Chr5:28116161 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 1 B48
Chr5:28116161 A AC 1bp_insertion CDS_variant 1 B48
Chr5:28116168 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B101
Chr5:28116168 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B101
Chr5:28116173 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 2 B101,C51
Chr5:28116173 A AG 1bp_insertion CDS_variant 2 B101,C51

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812158.1
169 aa
N
1
84
169
PP2
C
PF14299 PP2 23-161 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812158.1 Pfam PF14299 PP2 Family 23 161 1e-22 81.4 Phloem protein 2

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956175.1
GCTGCAAATGACGAAAACATCAAACTAAAACTCATTCTTGTGTTAAACTTTTCAATCTGTGTGGTTTGATTTGGAAAATGGGTTCTTACTCCAGCCCACACCATTCAGGAAATCCTTCACTTAAATTCATGCCCAAGGAGGGGAAGACGATGATCATCCATCCCAAGGATCTCACTATTGTTTGGGGCAACGACAACCGATACTGGAGTGTACCCAAAAAAGAGAATTCGTTTGCAGAACTACAGCAGGTGAGCTGGCTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026322
ATGGGTTCTTACTCCAGCCCACACCATTCAGGAAATCCTTCACTTAAATTCATGCCCAAGGAGGGGAAGACGATGATCATCCATCCCAAGGATCTCACTATTGTTTGGGGCAACGACAACCGATACTGGAGTGTACCCAAAAAAGAGAATTCGTTTGCAGAACTACAGCAGGTGAGCTGGCTGGAGGTGACGGGAGTGGTGGACGACACCACTCCAAACAAGAACTGCGAAGTAGGGTTTCGGGTATCATTGAATCCGGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812158.1
MGSYSSPHHSGNPSLKFMPKEGKTMIIHPKDLTIVWGNDNRYWSVPKKENSFAELQQVSWLEVTGVVDDTTPNKNCEVGFRVSLNPDAFGWGKYPIYIMIKKGGNTSWTKITINPNQKGXEFEIRGRWMKADHHIQNNDRKLFFGLYEVWSGKWKGGLKIHYAYIKDLP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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