当前解析结果
SmilChr05G002528| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002528 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002528 |
| 描述 | protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A9-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 28115600 - 28116492 / + |
| NCBI Gene ID | LOC131026322 |
|---|---|
| GeneID | 131026322 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026322 |
| 原始查询 | SmilChr05G002528 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A9-like |
| 产物 | protein PHLOEM PROTEIN 2-LIKE A9-like |
| Arabidopsis | AT1G10155 (PP2-A10)phloem protein 2-A10 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:837553] identity=37.8; qcov=0.97; evalue=3.06e-32; confidence=medium |
| Rice | -- |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF14299 (PP2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026322 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057812158.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.20000 | XP_057812158.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057812158.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812158.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057812158.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:28115707 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C52 |
Chr5:28115830 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C82 |
Chr5:28115988 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B132,C24,C38 |
Chr5:28116102 |
T |
TCC |
2bp_insertion | frameshift_variant | 7 | B22,B27,B41,B45,B77,C16,D4 |
Chr5:28116117 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr5:28116125 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 53 | A11,A16,A8,B103,B11,B118,B12,B120,B124,B126,B132,B14,B19,B20,B28,B29,B30,B31,B38,B39,B44,B48,B51,B53,B55,B58,B67,B70,B73,B76,B79,B80,B84,B85,B97,B98,C23,C24,C26,C27,C3,C33,C38,C42,C53,C54,C59,C61,C78,C79,C80,C81,D8 |
Chr5:28116161 |
A |
AC |
1bp_insertion | frameshift_variant | 1 | B48 |
Chr5:28116161 |
A |
AC |
1bp_insertion | CDS_variant | 1 | B48 |
Chr5:28116168 |
TC |
T |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B101 |
Chr5:28116168 |
TC |
T |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr5:28116173 |
A |
AG |
1bp_insertion | frameshift_variant | 2 | B101,C51 |
Chr5:28116173 |
A |
AG |
1bp_insertion | CDS_variant | 2 | B101,C51 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812158.1PF14299
PP2 23-161 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812158.1 |
Pfam | PF14299 |
PP2 | Family | 23 | 161 | 1e-22 | 81.4 | Phloem protein 2 |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。