Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002534`

染色体: Chr05 坐标: 28272132-28276035 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002534`
名称	SmilChr05G002534
描述	uncharacterized SmilChr05G002534
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	28272132 - 28276035 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026315`
GeneID	`131026315`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026315`
原始查询	`SmilChr05G002534`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	confidence=no_hit
产物	confidence=no_hit
Arabidopsis	`-` -
Rice	`-` -
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026315

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057812143.1`
2	Nucleus	细胞核	0.20000	`XP_057812143.1`
3	Endoplasmic reticulum	内质网	0.20000	`XP_057812143.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812143.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057812143.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:28272391`	`G`	`GT`	1bp_insertion	frameshift_variant	17	A14,A19,B101,B109,B11,B122,B140,B15,B29,B34,B72,B73,B83,B95,C55,C57,C71
`Chr5:28272403`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B78,B93,C69,D4
`Chr5:28272425`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B12,B133,B59,B63,C49
`Chr5:28272427`	`CAA`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	7	A24,B100,B125,B45,B92,C31,C84
`Chr5:28272435`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B78,B93,C11,C69,D4
`Chr5:28272495`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	3	A18,A8,B140
`Chr5:28272495`	`GT`	`G`	1bp_deletion	CDS_variant	3	A18,A8,B140
`Chr5:28272498`	`G`	`GA`	1bp_insertion	frameshift_variant	3	A18,A8,B140
`Chr5:28272498`	`G`	`GA`	1bp_insertion	CDS_variant	3	A18,A8,B140
`Chr5:28272523`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C68
`Chr5:28272647`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D2
`Chr5:28272661`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C12,C47,C79,C84

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956160.1
CTCTCTGTCGTGTGTGTGTGTGTGTGTGTGAGAGAGAGAGAGAGTAGTTGGGGTTGGGATAGATATCCTATTTGAAGGAGAAGAAGGGGTTTGGACAGGCAACAAATCAGTGTCAATAGCTGTAAGGAAAGGGCAGAAAAAACACAGCCATTAAAGCTGTGAAGACACTGCACAGTTCTCAACTTTATTCACCAAATCTTTTCGAATCAAGGCATATATATGATGATGCATGGCTTCTCTTGTGTTCCCATATCCTCCTC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026315
ATGATAGGGGCGGTGAAGATTACAGGCTGCAGAATTGTTCTTGCAGTGATTGAGGTTTTGTTTCTTGATTTGGAGGAGGAGAGAAGAGCGGCGCTGCGAGTCTGTGACGGCGTAGGGGCCGGCGCAGGTGGCGAAGAAGTAATTGACATGTTGGATCGGGGAGAATTTGGGTCTAGATCTGGGGCCATCTTTGGAACTGGGTTTGATTTTTTCTTGGAGATTACGGGCTACAGAATTGTTCTGGAAGCGATTGAGGTTTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812143.1
MIGAVKITGCRIVLAVIEVLFLDLEEERRAALRVCDGVGAGAGGEEVIDMLDRGEFGSRSGAIFGTGFDFFLEITGYRIVLEAIEVLVLDLEDKRRAARRVCDGVRADAGGDGLEELRREEDEGEGLKRNRGEEEFYRGEEELIKEKHRGGGRGHGTAANRRLLAVATVILQTEKEIWARFGREQQQRDFEKQRQHLRPLFKH

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器