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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002536

染色体: Chr05 坐标: 28304812-28310280 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002536
名称SmilChr05G002536
描述protein NARROW LEAF 1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向28304812 - 28310280 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026288
GeneID131026288
locus_tag-
NCBI NameLOC131026288
原始查询SmilChr05G002536

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述protein NARROW LEAF 1-like
产物protein NARROW LEAF 1-like
ArabidopsisAT5G45030 (AT5G45030)
Trypsin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834534]
identity=67; qcov=1.02; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0615000 (NAL1)
Protein NARROW LEAF 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:4336986]
identity=61.9; qcov=0.997; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
PfamPF25608 (NAL1_N); PF25819 (Nal1_C)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026288

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057812085.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.80000 XP_057812085.1
3 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057812085.1
4 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812085.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812085.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:28305436 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:28305442 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B104
Chr5:28306140 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B58
Chr5:28306472 T TA 1bp_insertion frameshift_variant 6 B121,B32,B54,B89,C36,C87
Chr5:28306958 TTG T 2bp_deletion frameshift_variant 1 C78
Chr5:28306958 TTG T 2bp_deletion CDS_variant 1 C78
Chr5:28307412 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D3
Chr5:28307656 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B117,B46

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812085.1
593 aa
N
1
296
593
NAL1_N
Nal1_C
C
PF25608 NAL1_N 99-177 aa PF25819 Nal1_C 191-455 aa
XP_057812086.1
593 aa
N
1
296
593
NAL1_N
Nal1_C
C
PF25608 NAL1_N 99-177 aa PF25819 Nal1_C 191-455 aa
XP_057812087.1
593 aa
N
1
296
593
NAL1_N
Nal1_C
C
PF25608 NAL1_N 99-177 aa PF25819 Nal1_C 191-455 aa
XP_057812088.1
593 aa
N
1
296
593
NAL1_N
Nal1_C
C
PF25608 NAL1_N 99-177 aa PF25819 Nal1_C 191-455 aa
XP_057812089.1
593 aa
N
1
296
593
NAL1_N
Nal1_C
C
PF25608 NAL1_N 99-177 aa PF25819 Nal1_C 191-455 aa
XP_057812090.1
593 aa
N
1
296
593
NAL1_N
Nal1_C
C
PF25608 NAL1_N 99-177 aa PF25819 Nal1_C 191-455 aa
XP_057812091.1
593 aa
N
1
296
593
NAL1_N
Nal1_C
C
PF25608 NAL1_N 99-177 aa PF25819 Nal1_C 191-455 aa
XP_057812092.1
593 aa
N
1
296
593
NAL1_N
Nal1_C
C
PF25608 NAL1_N 99-177 aa PF25819 Nal1_C 191-455 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812085.1 Pfam PF25608 NAL1_N Domain 99 177 1.2e-41 141.0 NARROW LEAF 1 N-terminal domain
XP_057812085.1 Pfam PF25819 Nal1_C Domain 191 455 8.1e-155 514.5 Nal1 C-terminal domain
XP_057812086.1 Pfam PF25608 NAL1_N Domain 99 177 1.2e-41 141.0 NARROW LEAF 1 N-terminal domain
XP_057812086.1 Pfam PF25819 Nal1_C Domain 191 455 8.1e-155 514.5 Nal1 C-terminal domain
XP_057812087.1 Pfam PF25608 NAL1_N Domain 99 177 1.2e-41 141.0 NARROW LEAF 1 N-terminal domain
XP_057812087.1 Pfam PF25819 Nal1_C Domain 191 455 8.1e-155 514.5 Nal1 C-terminal domain
XP_057812088.1 Pfam PF25608 NAL1_N Domain 99 177 1.2e-41 141.0 NARROW LEAF 1 N-terminal domain
XP_057812088.1 Pfam PF25819 Nal1_C Domain 191 455 8.1e-155 514.5 Nal1 C-terminal domain
XP_057812089.1 Pfam PF25608 NAL1_N Domain 99 177 1.2e-41 141.0 NARROW LEAF 1 N-terminal domain
XP_057812089.1 Pfam PF25819 Nal1_C Domain 191 455 8.1e-155 514.5 Nal1 C-terminal domain
XP_057812090.1 Pfam PF25608 NAL1_N Domain 99 177 1.2e-41 141.0 NARROW LEAF 1 N-terminal domain
XP_057812090.1 Pfam PF25819 Nal1_C Domain 191 455 8.1e-155 514.5 Nal1 C-terminal domain
XP_057812091.1 Pfam PF25608 NAL1_N Domain 99 177 1.2e-41 141.0 NARROW LEAF 1 N-terminal domain
XP_057812091.1 Pfam PF25819 Nal1_C Domain 191 455 8.1e-155 514.5 Nal1 C-terminal domain
XP_057812092.1 Pfam PF25608 NAL1_N Domain 99 177 1.2e-41 141.0 NARROW LEAF 1 N-terminal domain
XP_057812092.1 Pfam PF25819 Nal1_C Domain 191 455 8.1e-155 514.5 Nal1 C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

8 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956109.1
AATGGAAGAAATTTCAAAGCGATGATTATATGATAATTGACAAATCGAGCAAAGACGATTTATACAAAAGCGGAGAAGATAATGAAAAGATAATGACAGCCGTCCTCTCTGTCTCCTCAGTCCTCCCTCTCTCTCTCTCCTCCCACGAAATGACGAAATCGCGCCAAAAAGAGGTCGAGGTAGGGGTCCTTTCGGAGCTCGTCGTCTAGGCGCGTGTGCTGGCCGTGGAGATAGCCCTACAAGCAATAATGAGCTAGGCG...
XM_057956105.1
ATACAAAAGCGGAGAAGATAATGAAAAGATAATGACAGCCGTCCTCTCTGTCTCCTCAGTCCTCCCTCTCTCTCTCTCCTCCCACGAAATGACGAAATCGCGCCAAAAAGAGGTCGAGGTAGGGGTCCTTTCGGAGCTCGTCGTCTAGGCGCGTGTGCTGGCCGTGGAGATAGCCCTACAAGCAATAATGAGCTAGGCGCATCGTCAATGGAGGGGGAATGGAGAACGTGACTCTCAAAGATAAGGTGCTTTTGCCAGAT...

CDS

8 records

下载 CDS FASTA
LOC131026288
ATGGATATGAATACAGCTAAAATGGACTTAAGAGTCCATAAGTCTGGATCTTCTCAGTCTGAGGAATCAGAACTTGATTTGGAGAGGAATTACTGCAACAATCTTTATCTACTTGGATCAAGTTCGCCGCCATCACAAGCCTTTGCATTAGGTGGCCAGATCTCTGAGAGCAATGCAGCTTACTTTTCATGGCCTGCTTGCAGGATAGCACCTTGCACAGAAGATAGGGAACATTACTTTGGGAACCTTCAGAAAGGGGT...
LOC131026288
ATGGATATGAATACAGCTAAAATGGACTTAAGAGTCCATAAGTCTGGATCTTCTCAGTCTGAGGAATCAGAACTTGATTTGGAGAGGAATTACTGCAACAATCTTTATCTACTTGGATCAAGTTCGCCGCCATCACAAGCCTTTGCATTAGGTGGCCAGATCTCTGAGAGCAATGCAGCTTACTTTTCATGGCCTGCTTGCAGGATAGCACCTTGCACAGAAGATAGGGAACATTACTTTGGGAACCTTCAGAAAGGGGT...

Protein

8 records

下载 Protein FASTA
XP_057812085.1
MDMNTAKMDLRVHKSGSSQSEESELDLERNYCNNLYLLGSSSPPSQAFALGGQISESNAAYFSWPACRIAPCTEDREHYFGNLQKGVLPENFGFPKGLQATTLLELMTIRAFHSKILRRVSMGTAVGFRIRRGLLTDIPAILVFVARKVHRNWLHSTCCLPQALEGPGGVWCEVDVVEFAYYGAPAATPTEQLYTELVDDFGGSDPCIGSGSQVASQGTYGTLGAIVKSRTGNKQVGFLTNRHVAVDLDFPSQKMFHPLP...
XP_057812086.1
MDMNTAKMDLRVHKSGSSQSEESELDLERNYCNNLYLLGSSSPPSQAFALGGQISESNAAYFSWPACRIAPCTEDREHYFGNLQKGVLPENFGFPKGLQATTLLELMTIRAFHSKILRRVSMGTAVGFRIRRGLLTDIPAILVFVARKVHRNWLHSTCCLPQALEGPGGVWCEVDVVEFAYYGAPAATPTEQLYTELVDDFGGSDPCIGSGSQVASQGTYGTLGAIVKSRTGNKQVGFLTNRHVAVDLDFPSQKMFHPLP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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