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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002542

染色体: Chr05 坐标: 28363893-28367556 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002542
名称SmilChr05G002542
描述putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向28363893 - 28367556 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026281
GeneID131026281
locus_tag-
NCBI NameLOC131026281
原始查询SmilChr05G002542

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN
产物putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN
ArabidopsisAT3G06880 (AT3G06880)
Transducin/WD40 repeat-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:819873]
identity=24.8; qcov=0.435; evalue=5.28e-19; confidence=weak
RiceOs02g0168400
-
identity=44; qcov=0.598; evalue=1.17e-140; confidence=medium
GO-
KEGG-
PfamPF23568 (ARM_LIN); PF23628 (ARM_LIN_C); PF23654 (ARM_LIN_2nd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026281

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 0.80000 XP_057812072.1
2 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057812072.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057812072.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057812072.1
5 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812072.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:28365090 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B129,B137,B64,B80
Chr5:28365172 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C82
Chr5:28365182 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C45,C47,C85
Chr5:28365185 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B140,B41
Chr5:28365342 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A4
Chr5:28365621 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,C51,C80
Chr5:28365642 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A5,C51,C80
Chr5:28365664 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 C50,C71,C9
Chr5:28365704 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 64 A1,A14,A15,A18,A22,A23,A3,A4,A5,B101,B106,B107,B108,B109,B11,B114,B123,B125,B126,B132,B133,B138,B139,B16,B25,B26,B3,B4,B40,B56,B71,B74,B8,B81,B82,B85,B91,B95,B96,B97,B98,C1,C20,C21,C22,C25,C27,C30,C44,C46,C51,C52,C56,C60,C62,C64,C68,C69,C78,C79,C80,C87,D5,D6
Chr5:28365744 A AAC 2bp_insertion frameshift_variant 3 C30,C5,C79
Chr5:28365744 A AAC 2bp_insertion CDS_variant 3 C30,C5,C79
Chr5:28365745 A AC 1bp_insertion frameshift_variant 63 A3,A5,A7,A8,B102,B103,B106,B112,B121,B128,B135,B15,B16,B19,B23,B29,B32,B33,B34,B39,B41,B46,B47,B48,B53,B58,B61,B63,B72,B77,B79,B8,B83,B84,B85,B86,B90,C1,C12,C17,C19,C20,C23,C27,C3,C40,C44,C45,C50,C51,C52,C6,C61,C64,C7,C73,C80,C83,C9,D2,D5,D6,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812072.1
1017 aa
N
1
508
1017
ARM_LIN
ARM_LIN_2nd
ARM_LIN_C
C
PF23568 ARM_LIN 115-335 aa PF23654 ARM_LIN_2nd 462-624 aa PF23628 ARM_LIN_C 627-945 aa
XP_057812073.1
1016 aa
N
1
508
1016
ARM_LIN
ARM_LIN_2nd
ARM_LIN_C
C
PF23568 ARM_LIN 115-335 aa PF23654 ARM_LIN_2nd 461-623 aa PF23628 ARM_LIN_C 626-944 aa
XP_057812074.1
992 aa
N
1
496
992
ARM_LIN
ARM_LIN_2nd
ARM_LIN_C
C
PF23568 ARM_LIN 115-335 aa PF23654 ARM_LIN_2nd 462-624 aa PF23628 ARM_LIN_C 627-979 aa
XP_057812075.1
991 aa
N
1
496
991
ARM_LIN
ARM_LIN_2nd
ARM_LIN_C
C
PF23568 ARM_LIN 115-335 aa PF23654 ARM_LIN_2nd 461-623 aa PF23628 ARM_LIN_C 626-978 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812072.1 Pfam PF23568 ARM_LIN Repeat 115 335 5.3e-86 288.3 E3 ubiquitin-protein ligase LIN-like, ARM repeat
XP_057812072.1 Pfam PF23654 ARM_LIN_2nd Repeat 462 624 1.8e-50 171.4 E3 ubiquitin-protein ligase LIN-like, ARM repeat
XP_057812072.1 Pfam PF23628 ARM_LIN_C Repeat 627 945 5.1e-101 339.0 Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN, ARM-like domain
XP_057812073.1 Pfam PF23568 ARM_LIN Repeat 115 335 5.3e-86 288.3 E3 ubiquitin-protein ligase LIN-like, ARM repeat
XP_057812073.1 Pfam PF23654 ARM_LIN_2nd Repeat 461 623 1.8e-50 171.4 E3 ubiquitin-protein ligase LIN-like, ARM repeat
XP_057812073.1 Pfam PF23628 ARM_LIN_C Repeat 626 944 4.5e-101 339.2 Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN, ARM-like domain
XP_057812074.1 Pfam PF23568 ARM_LIN Repeat 115 335 5e-86 288.4 E3 ubiquitin-protein ligase LIN-like, ARM repeat
XP_057812074.1 Pfam PF23654 ARM_LIN_2nd Repeat 462 624 1.8e-50 171.5 E3 ubiquitin-protein ligase LIN-like, ARM repeat
XP_057812074.1 Pfam PF23628 ARM_LIN_C Repeat 627 979 1.9e-106 356.9 Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN, ARM-like domain
XP_057812075.1 Pfam PF23568 ARM_LIN Repeat 115 335 5e-86 288.4 E3 ubiquitin-protein ligase LIN-like, ARM repeat
XP_057812075.1 Pfam PF23654 ARM_LIN_2nd Repeat 461 623 1.8e-50 171.5 E3 ubiquitin-protein ligase LIN-like, ARM repeat
XP_057812075.1 Pfam PF23628 ARM_LIN_C Repeat 626 978 1.9e-106 356.9 Putative E3 ubiquitin-protein ligase LIN, ARM-like domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956092.1
GATAATCAAACCACTGACATTATTAACAAAGGTAGCCACTTCTCCAACTAACCAACAAATGCAATAAAAACCCATTTCTAAATATATGGAATAATATATATATATTAGTAAAAAAAGAAAAGGTTATTGGAAATGAAATGGGTGCAATCTTGTCCTGATTTCCATGCTTAGCAAGGCACCACCTCCAATCAACTTCTGCAAATTTGTCCAATTCTGCGTGATTCCGTTATCTCTTAAAAACGATGCCCACAGTTATTATA...
XM_057956091.1
GATAATCAAACCACTGACATTATTAACAAAGGTAGCCACTTCTCCAACTAACCAACAAATGCAATAAAAACCCATTTCTAAATATATGGAATAATATATATATATTAGTAAAAAAAGAAAAGGTTATTGGAAATGAAATGGGTGCAATCTTGTCCTGATTTCCATGCTTAGCAAGGCACCACCTCCAATCAACTTCTGCAAATTTGTCCAATTCTGCGTGATTCCGTTATCTCTTAAAAACGATGCCCACAGTTATTATA...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC131026281
ATGCTTAGCAAGGCACCACCTCCAATCAACTTCTGCAAATTTGTCCAATTCTGCGTGATTCCGTTATCTCTTAAAAACGATGCCCACAGTTATTATACATCTGGTCCTAAACCTACGCCCATGCCCATGGCCTCCCTCCATAAGCTGCTGTCTCAAGACGGCTTCCACCCTCGCAAACCCATCAAAAAGGTCAACTGGAAAATTAAAGACGACTCCATCACTCTCCCCATCTATATCTGCCATGATCGCCGGAGCTTCGA...
LOC131026281
ATGCTTAGCAAGGCACCACCTCCAATCAACTTCTGCAAATTTGTCCAATTCTGCGTGATTCCGTTATCTCTTAAAAACGATGCCCACAGTTATTATACATCTGGTCCTAAACCTACGCCCATGCCCATGGCCTCCCTCCATAAGCTGCTGTCTCAAGACGGCTTCCACCCTCGCAAACCCATCAAAAAGGTCAACTGGAAAATTAAAGACGACTCCATCACTCTCCCCATCTATATCTGCCATGATCGCCGGAGCTTCGA...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057812072.1
MLSKAPPPINFCKFVQFCVIPLSLKNDAHSYYTSGPKPTPMPMASLHKLLSQDGFHPRKPIKKVNWKIKDDSITLPIYICHDRRSFDSSSSRPRSIAASDAKPVADRPGPAIEDVATKAMVAILSGYVAQYSRDPSFRASTREKCRCCCERRKKADAEILSLLEMGIESIERLVEVRSEKMDLESLQRCIKILNAVADSTNNDSSSSSCRKTNSYISACAHLYLSIVYKIGKNDKISARNLLQVFCDAPFLARTRLLPQL...
XP_057812073.1
MLSKAPPPINFCKFVQFCVIPLSLKNDAHSYYTSGPKPTPMPMASLHKLLSQDGFHPRKPIKKVNWKIKDDSITLPIYICHDRRSFDSSSSRPRSIAASDAKPVADRPGPAIEDVATKAMVAILSGYVAQYSRDPSFRASTREKCRCCCERRKKADAEILSLLEMGIESIERLVEVRSEKMDLESLQRCIKILNAVADSTNNDSSSSSCRKTNSYISACAHLYLSIVYKIGKNDKISARNLLQVFCDAPFLARTRLLPQL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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