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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002548

染色体: Chr05 坐标: 28522320-28523873 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002548
名称SmilChr05G002548
描述uncharacterized SmilChr05G002548
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向28522320 - 28523873 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025750
GeneID131025750
locus_tag-
NCBI NameLOC131025750
原始查询SmilChr05G002548

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=weak
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=33.7; qcov=0.244; evalue=2.37e-11; confidence=weak
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025750

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811519.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057811519.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057811519.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811519.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811519.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:28522346 AAC A 2bp_deletion frameshift_variant 2 A9,B110
Chr5:28522346 AAC A 2bp_deletion CDS_variant 2 A9,B110
Chr5:28522356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B112
Chr5:28522357 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A18,B117,C68
Chr5:28522372 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 28 A18,A20,B103,B119,B128,B137,B138,B139,B17,B2,B32,B38,B5,B54,B64,B69,B70,B8,B88,B97,C16,C29,C36,C47,C49,C74,D1,D9
Chr5:28522390 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 A20
Chr5:28522390 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 A20
Chr5:28522523 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B136,B27
Chr5:28522554 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 15 A20,A8,B111,B135,B139,B2,B47,B83,C24,C30,C47,C56,C59,C74,C86
Chr5:28522562 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 1 B102
Chr5:28522562 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B102
Chr5:28522568 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C74

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955536.1
ATGGAGAAGTTCAAGTGCTCAAAAAGAACGGTGAGTCGTCTTTGGGCTGAAACAAAAAACAACAAGGCATTGGGACAACAATACATTTACAAAATCGAAAGGAGCTTAGCACATGGAGTTAGCTGTTCAAAAACAACTGTGTGGAGATGGATTCAACAAGGGCTGATCAGAGCACATACTTCAGCCATACGGCCTGATTTAACGGCTCCAAACAAGCTACTGAGATTGAGGTTTTCATTACAAGCACTTGAAGTCGATAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025750
ATGGAGAAGTTCAAGTGCTCAAAAAGAACGGTGAGTCGTCTTTGGGCTGAAACAAAAAACAACAAGGCATTGGGACAACAATACATTTACAAAATCGAAAGGAGCTTAGCACATGGAGTTAGCTGTTCAAAAACAACTGTGTGGAGATGGATTCAACAAGGGCTGATCAGAGCACATACTTCAGCCATACGGCCTGATTTAACGGCTCCAAACAAGCTACTGAGATTGAGGTTTTCATTACAAGCACTTGAAGTCGATAG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811519.1
MEKFKCSKRTVSRLWAETKNNKALGQQYIYKIERSLAHGVSCSKTTVWRWIQQGLIRAHTSAIRPDLTAPNKLLRLRFSLQALEVDSILRNLRFRSMHNTVHIDEKWFYMTKGTHRPLFGPDGEVIFDEKIGIFPFTQKVPAQRASKNRPVGTMVTKSIESVTKEVYRECLIQKMLPAIMAKWPTGASKVIYIQQDNAKPHITNDDPIWRQHANQNGFTFILVQQPPNSPDTNVNDLRWFRAIQSFPTQTSSQTINQLIE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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