Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002557`

染色体: Chr05 坐标: 28703940-28705015 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002557`
名称	SmilChr05G002557
描述	uncharacterized SmilChr05G002557
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	28703940 - 28705015 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025753`
GeneID	`131025753`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025753`
原始查询	`SmilChr05G002557`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os07g0267400; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os07g0267400; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT1G40087` (AT1G40087) Plant transposase (Ptta/En/Spm family) [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840721] identity=27.4; qcov=0.785; evalue=1.9e-08; confidence=low
Rice	`Os07g0267400` - identity=27.6; qcov=0.981; evalue=9.99e-14; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025753

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811523.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811523.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811523.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811523.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057811523.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:28703976`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,C75
`Chr5:28704035`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:28704048`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr5:28704074`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C75
`Chr5:28704105`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A8,B35
`Chr5:28704204`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	frameshift_variant	1	A18
`Chr5:28704204`	`TGG`	`T`	2bp_deletion	CDS_variant	1	A18
`Chr5:28704303`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr5:28704332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,C75
`Chr5:28704361`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	154	A1,A10,A11,A14,A15,A16,A20,A23,A24,A25,A4,A5,A6,A7,A8,A9,B10,B100,B101,B103,B105,B106,B107,B108,B111,B113,B114,B118,B119,B12,B120,B122,B123,B124,B125,B126,B127,B129,B131,B133,B136,B137,B138,B139,B14,B16,B18,B19,B20,B22,B24,B26,B28,B30,B31,B36,B37,B38,B39,B4,B44,B46,B48,B49,B5,B53,B55,B58,B59,B6,B60,B62,B63,B64,B66,B67,B69,B7,B70,B71,B72,B74,B75,B76,B79,B82,B85,B86,B88,B9,B90,B92,B95,B97,B98,C1,C10,C14,C15,C17,C18,C19,C20,C21,C22,C23,C25,C27,C28,C30,C31,C32,C33,C34,C36,C37,C40,C41,C42,C44,C47,C49,C5,C51,C53,C54,C57,C59,C6,C60,C61,C63,C64,C65,C66,C67,C68,C7,C70,C74,C76,C78,C79,C80,C81,C83,C84,C86,C9,D1,D10,D3,D5,D8
`Chr5:28704362`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B66
`Chr5:28704374`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B79,D10

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955540.1
ATGGCTAGTGATCCTTCTACCCCGGAACCTTCTACAGATATAACTTCAACAAGTAGAGCCAAAAGGGGGAAGGAATGTCTGACTAAAGTTGCTCAGCAGAGGGCAAAAGGGATTATCCAACATGTTGATTTCAACGCACGTGGACAGCCAGTGGGTGATGCAGCAGCTGAATTGCAAAGTTACATTGGCCTCCTTACACGTGATCACGTGAAAATCAATATTAAGAAGTGGAAAGATGTCATGCAAGATGTTAAAGACTT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025753
ATGGCTAGTGATCCTTCTACCCCGGAACCTTCTACAGATATAACTTCAACAAGTAGAGCCAAAAGGGGGAAGGAATGTCTGACTAAAGTTGCTCAGCAGAGGGCAAAAGGGATTATCCAACATGTTGATTTCAACGCACGTGGACAGCCAGTGGGTGATGCAGCAGCTGAATTGCAAAGTTACATTGGCCTCCTTACACGTGATCACGTGAAAATCAATATTAAGAAGTGGAAAGATGTCATGCAAGATGTTAAAGACTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811523.1
MASDPSTPEPSTDITSTSRAKRGKECLTKVAQQRAKGIIQHVDFNARGQPVGDAAAELQSYIGLLTRDHVKINIKKWKDVMQDVKDLIWDTIKSSYDVPEKWKAGCMEFANFKWRSWKTRMYNDFIVPNQDDASKLQEPPPGSGILPLDWNQFVVSHLSSEFKTFSEQQKERRSKNIYPHRLSRKGYAKLAEEIKIQQIKFTLIGNIQRQNAIN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器