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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002569`

染色体: Chr05 坐标: 28851087-28857684 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002569`
名称	SmilChr05G002569
描述	vacuolar sorting protein 3
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	28851087 - 28857684 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026284`
GeneID	`131026284`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026284`
原始查询	`SmilChr05G002569`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	vacuolar sorting protein 3
产物	vacuolar sorting protein 3
Arabidopsis	`AT1G22860` (AT1G22860) Vacuolar sorting protein 39 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838891] identity=56.2; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os05g0104100` (OsFH14) - identity=60.5; qcov=0.841; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006886 (intracellular protein transport); GO:0006914 (autophagy); GO:0016020 (membrane); GO:0016192 (vesicle-mediated transport); GO:0034058 (endosomal vesicle fusion)
KEGG	smil04148 (Efferocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF00780 (CNH); PF10366 (Vps39_1); PF10367 (zf-Vps39_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026284

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057812079.1`
2	Golgi apparatus	高尔基体	0.60000	`XP_057812079.1`
3	Trans-golgi network	Trans-golgi network	0.20000	`XP_057812079.1`
4	Vacuole	液泡	0.20000	`XP_057812079.1`
5	Vacuole membrane	液泡膜	0.20000	`XP_057812079.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:28851456`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C74,C86
`Chr5:28851515`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C74,C86
`Chr5:28851696`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B112
`Chr5:28851740`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr5:28852139`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C42
`Chr5:28852332`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr5:28852339`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr5:28852369`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B39,C11
`Chr5:28853042`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B114,B25,D9
`Chr5:28853136`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B24,B94,C43,C85
`Chr5:28854517`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B103,B18,B37,C67
`Chr5:28854541`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C74,C86

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812079.1

958 aa

479

958

CNH

Vps39_1

zf-Vps39_C

PF00780 CNH 86-303 aa PF10366 Vps39_1 509-590 aa PF10367 zf-Vps39_C 894-933 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812079.1`	Pfam	`PF00780`	CNH	Repeat	86	303	6.4e-08	33.4	CNH domain
`XP_057812079.1`	Pfam	`PF10366`	Vps39_1	Repeat	509	590	6.6e-08	33.5	Vacuolar sorting protein 39 domain 1
`XP_057812079.1`	Pfam	`PF10367`	zf-Vps39_C	Domain	894	933	1.7e-15	57.0	Vacuolar sorting protein 39 C-terminal zinc finger domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956096.1
GCCAAAAGACAAGGGGAAAAGAGAAAAAGAAAAGATAGAGACGCATTATAGTTCCAACGACTTTCACTTGGAAAGCTTCCCCATACACACGGCAGTCGGTGGCGACCACATCAACCAAACCGATCTGGCGGCGGCCGAGTTCTTGACCGGCCGACGACGTCGTACGTGTGCAAATTCCGTTTCTTCTAATTTTAATTGCACCAGTATCGATCCACTAAACCCTAGATTTCATCAATGGCTGTAAAACCCAAGCCCCGTAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026284
ATGGCTGTAAAACCCAAGCCCCGTACGATTCTCGAACCCTTTGCAGAATCCGCCGTCGACTCCTCCAACTCTCCGATCAAACACGCCGCTCTTTCCAAACTATCCGACGACCAAACTCTAATTTACATCGGCAATCTCTCCGGCGTTCTGTTGCTCTACTCGCTGCGAACTTCCCAGACTTCCCCACCTCAAATTGCTTTCGTGAGACGACTCGCGTTGCCCGGCACCGGGGTATTGAGTTTGATCCTCCCGCTTGTTCA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812079.1
MAVKPKPRTILEPFAESAVDSSNSPIKHAALSKLSDDQTLIYIGNLSGVLLLYSLRTSQTSPPQIAFVRRLALPGTGVLSLILPLVHIGKIIVLVDGYLYLIDSNLVEQPKRIILFKGVTAFSRKFRSRSGSALHSNGGGQANYVHRNGDSNDGKSFFAVGIGKKLVLAELVLGGSLVILKEIQGVFDGFITTVVWFDDSVFVGTKTGYYLYNRVNGRCELIFSLPDSSSLPRLKLLAKESRVLLMVDNVGIVVDVAGQP...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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