Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002572

染色体: Chr05 坐标: 28935003-28938758 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002572
名称SmilChr05G002572
描述AP2-like ethylene-responsive transcription factor At2g41710
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向28935003 - 28938758 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026331
GeneID131026331
locus_tag-
NCBI NameLOC131026331
原始查询SmilChr05G002572

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述AP2-like ethylene-responsive transcription factor At2g41710
产物AP2-like ethylene-responsive transcription factor At2g41710
ArabidopsisAT2G41710 (AT2G41710)
Integrase-type DNA-binding superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818770]
identity=61; qcov=0.969; evalue=1.32e-146; confidence=high
RiceOs05g0389000 (ERF142)
-
identity=49.6; qcov=0.971; evalue=8.64e-108; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0003700 (DNA-binding transcription factor activity); GO:0006355 (regulation of DNA-templated transcription)
KEGG-
PfamPF00847 (AP2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026331

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057812164.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812164.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812164.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812164.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057812164.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:28935285 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B34
Chr5:28935354 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B132
Chr5:28935356 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C50
Chr5:28935417 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B33,C75
Chr5:28936097 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C35
Chr5:28936145 GGA G 2bp_deletion frameshift_variant 31 A14,A2,B1,B102,B103,B111,B118,B123,B130,B133,B139,B18,B2,B33,B34,B48,B50,B55,B69,B75,B80,B84,B98,B99,C13,C17,C26,C37,C67,C8,C81
Chr5:28936153 T TTC 2bp_insertion frameshift_variant 41 A14,A2,B1,B102,B103,B111,B118,B123,B130,B133,B137,B139,B18,B2,B33,B34,B42,B48,B50,B52,B55,B69,B72,B75,B79,B80,B84,B88,B98,B99,C13,C17,C26,C27,C30,C37,C67,C77,C8,C81,D2
Chr5:28936165 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B137,B79,B87,B88,C77
Chr5:28936733 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D6
Chr5:28936742 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B68,C48
Chr5:28937102 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 2 B38,B39
Chr5:28937102 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B38,B39

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812164.1
416 aa
N
1
208
416
AP2
C
PF00847 AP2 66-123 aa
XP_057812165.1
415 aa
N
1
208
415
AP2
C
PF00847 AP2 66-123 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812164.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 66 123 1.6e-12 48.3 AP2 domain
XP_057812165.1 Pfam PF00847 AP2 Domain 66 123 3.1e-12 47.3 AP2 domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956181.1
AGGTGTGAGGTGTTTGCTCGTAGCCGTTACAATTTCGAAGATCTCCAAAAAGCCCTTCCTCAATCCTATCCATTGCAACAGTCGCCAAAAATTACCTTAGGGCATTTCGGTCATTCCACAGCACTCCGCCTTCCTCTGTAGAATTCCTCATTCGGTGCAAAGATATCAGAGACCTCTCTCTCTTCACTCTCCACACTCGTCCAGTCTCTCTCTCTCTACTCCAACGATTACTTGTGATTTTCTCTCTCCCTCCGCATCGA...
XM_057956182.1
AGGTGTGAGGTGTTTGCTCGTAGCCGTTACAATTTCGAAGATCTCCAAAAAGCCCTTCCTCAATCCTATCCATTGCAACAGTCGCCAAAAATTACCTTAGGGCATTTCGGTCATTCCACAGCACTCCGCCTTCCTCTGTAGAATTCCTCATTCGGTGCAAAGATATCAGAGACCTCTCTCTCTTCACTCTCCACACTCGTCCAGTCTCTCTCTCTCTACTCCAACGATTACTTGTGATTTTCTCTCTCCCTCCGCATCGA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131026331
ATGGCTTCCTCCTCGTCGGAGCACGCCGCCAAGCCCGAGGAGACCGGCGGCGGAGAAAGCTCGGAAGCGCGCCCGCCGCCTGATCAGCTTCTGCTCTACAGAGGTCTGAAGAAAGCAAAGAAGGAGAGAGGTTGCACGGCGAAAGAGCGAATCAGCAGAATGCCTCCTTGCACGGCCGGCAAACGCAGCTCCATTTATCGAGGGGTCACCAGGCATCGTTGGACTGGTCGTTATGAAGCACATCTATGGGATAAAAGTAC...
LOC131026331
ATGGCTTCCTCCTCGTCGGAGCACGCCGCCAAGCCCGAGGAGACCGGCGGCGGAGAAAGCTCGGAAGCGCGCCCGCCGCCTGATCAGCTTCTGCTCTACAGAGGTCTGAAGAAAGCAAAGAAGGAGAGAGGTTGCACGGCGAAAGAGCGAATCAGCAGAATGCCTCCTTGCACGGCCGGCAAACGCAGCTCCATTTATCGAGGGGTCACCAGGCATCGTTGGACTGGTCGTTATGAAGCACATCTATGGGATAAAAGTAC...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057812164.1
MASSSSEHAAKPEETGGGESSEARPPPDQLLLYRGLKKAKKERGCTAKERISRMPPCTAGKRSSIYRGVTRHRWTGRYEAHLWDKSTWNQNQNKKGKQVYLGAYDDEEAAARAYDLAALKYWGPGTLINFPVTDYARDLEEMQNVSREDYLASLRRKSSGFSRGISKYRPLSSSRWDSQFGRTPGTDYNNNALYGDEAATGSENAGVYNVERKIDLSNYIKWWGTSKSSLTDFQSKAVVDETNPGGSDDVASELKALERS...
XP_057812165.1
MASSSSEHAAKPEETGGGESSEARPPPDQLLLYRGLKKAKKERGCTAKERISRMPPCTAGKRSSIYRGVTRHRWTGRYEAHLWDKSTWNQNQNKKGKQVYLGAYDDEEAAARAYDLAALKYWGPGTLINFPVTDYARDLEEMQNVSREDYLASLRRKSSGFSRGISKYRPLSSRWDSQFGRTPGTDYNNNALYGDEAATGSENAGVYNVERKIDLSNYIKWWGTSKSSLTDFQSKAVVDETNPGGSDDVASELKALERSI...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器