Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002577`

染色体: Chr05 坐标: 28966207-28969680 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002577`
名称	SmilChr05G002577
描述	protein CHUP1, chloroplastic-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	28966207 - 28969680 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026333`
GeneID	`131026333`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026333`
原始查询	`SmilChr05G002577`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein CHUP1, chloroplastic-like
产物	protein CHUP1%2C chloroplastic-like
Arabidopsis	`AT3G25690` (CHUP1) Hydroxyproline-rich glycoprotein family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822157] identity=59.4; qcov=0.348; evalue=1.12e-101; confidence=low
Rice	`Os08g0129600` - identity=49.2; qcov=1.04; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0009658 (chloroplast organization); GO:0009707 (chloroplast outer membrane)
KEGG	-
Pfam	PF26700 (IPGAL1_C)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026333

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoskeleton	细胞骨架	1.00000	`XP_057812168.1`
2	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057812168.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057812168.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812168.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812168.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:28967684`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B101,B13
`Chr5:28968273`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C15
`Chr5:28968299`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B117,B46,D11
`Chr5:28969010`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:28969233`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B68,C48
`Chr5:28969262`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,B99
`Chr5:28969306`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812168.1

793 aa

396

793

IPGAL1_C

PF26700 IPGAL1_C 639-784 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812168.1`	Pfam	`PF26700`	IPGAL1_C	Domain	639	784	3.2e-63	212.9	IPGAL1-like, C-terminal domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956185.1
TCAAAATTTGAAATTTCAAAGTGGCAAAGGATAGGGAAAAAGCAGTGAGACGAAAGCTGCGACATTGTGCCACTTTTTGCTCTTTCGAGTTTCAGTATATCACAACAGAACAGAAACCTCGATGTAACCTTTTCCTCCCTGCCCATTAAATTACTCTGATTTAATTAATAAGATATCATTCAAGAATTCTGCGCAGCATTCCTCTGCTGCTATATGTATATATATTAAAGCCCTCCCGCTTTCTTTATTCCTAAACTTGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026333
ATGAAAGAAGAAATCCCATCCGAGAACAGAGCGAAAGCATCAAGATTCGCTGATCAAAACGAAGTTCTGAAAGATCAAAACCGCAGCAATGTGAAAGGAAACAGCAATTTTTCGAGGATGAAATCTTCGTGGGGCTCTCACATAGTGAAGGGATTCTCAGCCGCGGACAAGAAGACTAAAACACGAGTGCTGCAGACCACAGCTCAGGTGAAGAAGCCTCCCCTCAACGCCTCCGACACCACCAAGAATCATGCCGCGGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812168.1
MKEEIPSENRAKASRFADQNEVLKDQNRSNVKGNSNFSRMKSSWGSHIVKGFSAADKKTKTRVLQTTAQVKKPPLNASDTTKNHAAVPNSRIKRSLIADLTCSINATQVHPQALHSHTKTKSIGSSEDLFHEIDHLRTLLQESKDRELSLQADLSEFKRNSKELESKKIEMDGLLKRVELLEKEKANLSGQLVSLASVMGKQDEVAVGVAVSQEHDTATSVELEVVELRRLNMELQLQKRNLSGRISSLEAQLTTNTKVS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器