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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002582

染色体: Chr05 坐标: 29038133-29041006 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002582
名称SmilChr05G002582
描述coatomer subunit epsilon-1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向29038133 - 29041006 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026337
GeneID131026337
locus_tag-
NCBI NameLOC131026337
原始查询SmilChr05G002582

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述coatomer subunit epsilon-1
产物coatomer subunit epsilon-1
ArabidopsisAT1G30630 (AT1G30630)
Coatomer epsilon subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839943]
identity=82.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs04g0612600 (COPE1)
-
identity=78.2; qcov=0.99; evalue=1.38e-166; confidence=high
GOGO:0005198 (structural molecule activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0006890 (retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum); GO:0006891 (intra-Golgi vesicle-mediated transport); GO:0030126 (COPI vesicle coat)
KEGG-
PfamPF04733 (Coatomer_E)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026337

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Golgi apparatus 高尔基体 0.80000 XP_057812173.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057812173.1
3 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057812173.1
4 Trans-golgi network Trans-golgi network 0.20000 XP_057812173.1
5 Vesicle 囊泡 0.20000 XP_057812173.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:29038473 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C5
Chr5:29039616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B136,C76,C9
Chr5:29040824 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B68,B99,C48

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812173.1
292 aa
N
1
146
292
Coatomer_E
C
PF04733 Coatomer_E 7-290 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812173.1 Pfam PF04733 Coatomer_E Repeat 7 290 7.9e-135 449.6 Coatomer epsilon subunit

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956190.1
GCATAAAAGCGCTGGGCACATTCACACGCTTTTCTTTCTTCTCAGCTGTGTAAAATCATCCGCATCTGATCTTGCGCGTTTCATTCGATCGCTCTGGGAATTTGCTTCCTTCTCAAGATCTGATCTTCACCCCCAGATTTAAGCTTAAAAGAATCAGAAATGGCGGCGATTGGAGGACCCGACCCTTTGTTCGGATTGAGGAACAACTTTTACTTAGGGGCGTACCAGGCCGCAATCAACAACAGCGAAATCCCTAATCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026337
ATGGCGGCGATTGGAGGACCCGACCCTTTGTTCGGATTGAGGAACAACTTTTACTTAGGGGCGTACCAGGCCGCAATCAACAACAGCGAAATCCCTAATCTCTCGGCCGACGACGCCGTTGAGAGGGACTGCCTCGTTTACCGCTCTTACATTGCTCTTGGAAGTTATCAGCTCGTGATAAGTGAGATTGATTCATCTGCGGCAACACCACTTCAGGCGGTGAAATTGTTGGCTCTATATCTCTCCAGCCCTGACAACAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812173.1
MAAIGGPDPLFGLRNNFYLGAYQAAINNSEIPNLSADDAVERDCLVYRSYIALGSYQLVISEIDSSAATPLQAVKLLALYLSSPDNKETVISSLHEWLADPAIGSNPILRLIAGTVFMHEQDYNEALKHTNAGGTMELHALNVQIFLKMHRSDYAEKQLRVMQGIDEDHTLTQLANAWLNLAVGGSKIQEAYLIFQDFSEKYPMTSLVLNGKAVCCMHKGEFDEAETLLLEALNRDAKDPETLANLVVCSLHLGKSASRY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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