当前解析结果
SmilChr05G002582| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002582 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002582 |
| 描述 | coatomer subunit epsilon-1 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 29038133 - 29041006 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026337 |
|---|---|
| GeneID | 131026337 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026337 |
| 原始查询 | SmilChr05G002582 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | coatomer subunit epsilon-1 |
| 产物 | coatomer subunit epsilon-1 |
| Arabidopsis | AT1G30630 (AT1G30630)Coatomer epsilon subunit [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:839943] identity=82.2; qcov=1; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os04g0612600 (COPE1)- identity=78.2; qcov=0.99; evalue=1.38e-166; confidence=high |
| GO | GO:0005198 (structural molecule activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0006888 (endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport); GO:0006890 (retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum); GO:0006891 (intra-Golgi vesicle-mediated transport); GO:0030126 (COPI vesicle coat) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF04733 (Coatomer_E) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026337 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.80000 | XP_057812173.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.60000 | XP_057812173.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.40000 | XP_057812173.1 |
| 4 | Trans-golgi network | Trans-golgi network | 0.20000 | XP_057812173.1 |
| 5 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057812173.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:29038473 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C5 |
Chr5:29039616 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B136,C76,C9 |
Chr5:29040824 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B68,B99,C48 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812173.1PF04733
Coatomer_E 7-290 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812173.1 |
Pfam | PF04733 |
Coatomer_E | Repeat | 7 | 290 | 7.9e-135 | 449.6 | Coatomer epsilon subunit |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。