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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002599

染色体: Chr05 坐标: 29207848-29211236 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002599
名称SmilChr05G002599
描述alpha-glucosidase-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向29207848 - 29211236 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026351
GeneID131026351
locus_tag-
NCBI NameLOC131026351
原始查询SmilChr05G002599

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述alpha-glucosidase-like
产物alpha-glucosidase-like
ArabidopsisAT1G32540 (LOL1)
lsd one like 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:840148]
identity=53.7; qcov=0.285; evalue=8.22e-10; confidence=weak
RiceOs12g0611000 (OsLOL1)
-
identity=58.1; qcov=0.299; evalue=1.71e-09; confidence=weak
GOGO:0004553 (hydrolase activity, hydrolyzing O-glycosyl compounds)
KEGG-
PfamPF06943 (zf-LSD1); PF21365 (Glyco_hydro_31_3rd)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026351

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057812187.1
2 Secreted 分泌到胞外 1.00000 XP_057812189.1
3 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057812195.1
4 Cytosol 细胞质基质 1.00000 XP_057812195.1
5 Cytoplasmic granule 细胞质颗粒 0.20000 XP_057812193.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:29208399 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B27,B42,B43,B65
Chr5:29208417 G GTT 2bp_insertion frameshift_variant 26 A11,A16,A20,B118,B120,B126,B128,B14,B19,B39,B44,B55,B56,B67,B79,B85,B96,C15,C23,C27,C53,C54,C7,C77,C79,C81
Chr5:29209579 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C8
Chr5:29210362 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B122
Chr5:29210379 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A13,C4
Chr5:29210406 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:29210416 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:29210478 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr5:29210522 CCA C 2bp_deletion frameshift_variant 98 A1,A14,A19,A6,A8,B100,B103,B105,B106,B109,B11,B112,B113,B114,B122,B124,B127,B129,B132,B137,B139,B14,B15,B17,B18,B26,B27,B30,B34,B36,B37,B38,B39,B43,B44,B47,B49,B5,B53,B55,B56,B59,B60,B65,B66,B69,B7,B71,B72,B73,B74,B76,B80,B83,B86,B90,B92,B95,B97,C10,C11,C15,C16,C17,C18,C19,C21,C29,C30,C32,C33,C36,C37,C38,C4,C41,C43,C44,C47,C48,C49,C55,C57,C6,C67,C68,C69,C70,C71,C72,C74,C78,C79,C83,C84,D2,D3,D8
Chr5:29210525 A AGC 2bp_insertion frameshift_variant 39 A1,A19,A6,B100,B103,B113,B122,B14,B15,B26,B30,B36,B5,B55,B59,B65,B66,B69,B74,B76,B83,B90,B92,B95,B97,C19,C21,C32,C37,C41,C44,C55,C68,C71,C74,C79,C83,C84,D8
Chr5:29210526 G GC 1bp_insertion frameshift_variant 57 A14,A8,B105,B106,B109,B11,B112,B114,B122,B124,B127,B129,B132,B137,B139,B17,B18,B27,B34,B37,B38,B39,B43,B44,B47,B53,B56,B60,B7,B71,B72,B73,B80,B86,C10,C11,C15,C16,C17,C18,C29,C30,C33,C36,C38,C4,C43,C48,C49,C57,C67,C69,C70,C72,C78,D2,D3
Chr5:29210529 G GT 1bp_insertion stop_gained,frameshift_variant 59 A14,A8,B105,B106,B109,B11,B112,B114,B122,B124,B127,B129,B132,B137,B139,B17,B18,B27,B34,B37,B38,B39,B43,B44,B47,B49,B53,B56,B60,B7,B71,B72,B73,B80,B86,C10,C11,C15,C16,C17,C18,C29,C30,C33,C36,C38,C4,C43,C47,C48,C49,C57,C6,C69,C70,C72,C78,D2,D3

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812187.1
194 aa
N
1
97
194
zf-LSD1
zf-LSD1
C
PF06943 zf-LSD1 45-69 aa PF06943 zf-LSD1 96-120 aa
XP_057812188.1
182 aa
N
1
91
182
zf-LSD1
C
PF06943 zf-LSD1 45-69 aa
XP_057812189.1
177 aa
N
1
88
177
Glyco_hydro_31_3rd
C
PF21365 Glyco_hydro_31_3rd 8-97 aa
XP_057812190.1
177 aa
N
1
88
177
Glyco_hydro_31_3rd
C
PF21365 Glyco_hydro_31_3rd 8-97 aa
XP_057812191.1
177 aa
N
1
88
177
Glyco_hydro_31_3rd
C
PF21365 Glyco_hydro_31_3rd 8-97 aa
XP_057812192.1
177 aa
N
1
88
177
Glyco_hydro_31_3rd
C
PF21365 Glyco_hydro_31_3rd 8-97 aa
XP_057812193.1
156 aa
N
1
78
156
zf-LSD1
zf-LSD1
C
PF06943 zf-LSD1 7-31 aa PF06943 zf-LSD1 58-82 aa
XP_057812194.1
156 aa
N
1
78
156
zf-LSD1
zf-LSD1
C
PF06943 zf-LSD1 7-31 aa PF06943 zf-LSD1 58-82 aa
XP_057812195.1
144 aa
N
1
72
144
zf-LSD1
C
PF06943 zf-LSD1 7-31 aa
XP_057812196.1
144 aa
N
1
72
144
zf-LSD1
C
PF06943 zf-LSD1 7-31 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812187.1 Pfam PF06943 zf-LSD1 Domain 45 69 4.7e-24 84.7 LSD1 zinc finger
XP_057812187.1 Pfam PF06943 zf-LSD1 Domain 96 120 4.7e-24 84.7 LSD1 zinc finger
XP_057812188.1 Pfam PF06943 zf-LSD1 Domain 45 69 1.5e-11 44.7 LSD1 zinc finger
XP_057812189.1 Pfam PF21365 Glyco_hydro_31_3rd Domain 8 97 1.4e-23 83.9 Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain
XP_057812190.1 Pfam PF21365 Glyco_hydro_31_3rd Domain 8 97 1.4e-23 83.9 Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain
XP_057812191.1 Pfam PF21365 Glyco_hydro_31_3rd Domain 8 97 1.4e-23 83.9 Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain
XP_057812192.1 Pfam PF21365 Glyco_hydro_31_3rd Domain 8 97 1.4e-23 83.9 Glycosyl hydrolase family 31 C-terminal domain
XP_057812193.1 Pfam PF06943 zf-LSD1 Domain 7 31 2e-24 85.9 LSD1 zinc finger
XP_057812193.1 Pfam PF06943 zf-LSD1 Domain 58 82 2e-24 85.9 LSD1 zinc finger
XP_057812194.1 Pfam PF06943 zf-LSD1 Domain 7 31 2e-24 85.9 LSD1 zinc finger
XP_057812194.1 Pfam PF06943 zf-LSD1 Domain 58 82 2e-24 85.9 LSD1 zinc finger
XP_057812195.1 Pfam PF06943 zf-LSD1 Domain 7 31 1e-11 45.2 LSD1 zinc finger
XP_057812196.1 Pfam PF06943 zf-LSD1 Domain 7 31 1e-11 45.2 LSD1 zinc finger

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

12 records

下载 cDNA FASTA
XR_009102258.1
TTCCCCTTTTTGTTTGATTATTTTGGATCGATTTTGTTTCAAAATTATTGTTTCGTGGTTTTTTATCCACAGAATAAGATAATCCTTATAGTTTCTTTGATGTTAGCTTTTCGATGAATGTTAACACTATAAATTAAATTACCATATTTTCTGGAAGTGAATCCATTTCCCCATATCTGAAACTCTAGATATGCTCGGAAGTTACTTAGAATTTTCCCATAGGCCTGTATATGCTATTTTTTCTTTATCGTATGCTAACT...
XR_009102259.1
TTTTTGTTTGATTATTTTGGATCGATTTTGTTTCAAAATTATTGTTTCGTGGTTTTTTATCCACAGAATAAGATAATCCTTATAGTTTCTTTGATGTTAGCTTTTCGATGAATGTTAACACTATAAATTAAATTACCATATTTTCTGGAAGTGAATCCATTTCCCCATATCTGAAACTCTAGATATGCTCGGAAGTTACTTAGAATTTTCCCATAGGCCTGTATATGCTATTTTTTCTTTATCGTATGCTAACTTTTTTT...

CDS

10 records

下载 CDS FASTA
LOC131026351
ATGCTCGGAAGTTACTTAGAATTTTCCCATAGGCCTGTATATGCTATTTTTTCTTTATCGTATGCTAACTTTTTTTGTTTTTTTTTTCCCTTTCGGGTTTTGGATTTTGTAGATATGCGAAGCAAGATTTTTTGCGCCGGGTGTAGAACGGTGCTTCTTTACCCCAGAGGAGCTACTAATGTTTGCTGCGCAATATGTAATATGATCACTCCTGCGCCTCCTGGTGTTGATATTGCCGGTGGTAGTTTGCTTATTCCTCT...
LOC131026351
ATGCTCGGAAGTTACTTAGAATTTTCCCATAGGCCTGTATATGCTATTTTTTCTTTATCGTATGCTAACTTTTTTTGTTTTTTTTTTCCCTTTCGGGTTTTGGATTTTGTAGATATGCGAAGCAAGATTTTTTGCGCCGGGTGTAGAACGGTGCTTCTTTACCCCAGAGGAGCTACTAATGTTTGCTGCGCAATATGTAATATGATCACTCCTGCGCCTCCTGGTGCATCAGCAGCACCACCACCAGCACCTCCACCAGC...

Protein

10 records

下载 Protein FASTA
XP_057812187.1
MLGSYLEFSHRPVYAIFSLSYANFFCFFFPFRVLDFVDMRSKIFCAGCRTVLLYPRGATNVCCAICNMITPAPPGASAAPPPAPPPAPSNVAHVNCGNCHTMLMYPAGAPSVKCAICHFITNVNNGNTRVPIPVHRPGGITTSASPPTYLAPSQSHSQTVVVHNPRSSTSGTPWRRRLAQSWRFATSCCRISTR
XP_057812188.1
MLGSYLEFSHRPVYAIFSLSYANFFCFFFPFRVLDFVDMRSKIFCAGCRTVLLYPRGATNVCCAICNMITPAPPGVDIAGGSLLIPLKLQEMATQGSLFLYIDLEGSRHLHHHLLTWHHLSLTVKQSSCIIPGALPLGLRGGVGSHSLGASLQAVAVFLHVDVRGQHQGRAYCEAALLLLPC

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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