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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002605`

染色体: Chr05 坐标: 29250443-29250949 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002605`
名称	SmilChr05G002605
描述	uncharacterized SmilChr05G002605
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	29250443 - 29250949 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025771`
GeneID	`131025771`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025771`
原始查询	`SmilChr05G002605`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os06g0683500; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os06g0683500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT2G04420` (AT2G04420) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814982] identity=33.9; qcov=0.685; evalue=6.51e-10; confidence=low
Rice	`Os06g0683500` - identity=30.7; qcov=0.756; evalue=1.89e-12; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity)
KEGG	-
Pfam	PF13456 (RVT_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025771

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057811539.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.60000	`XP_057811539.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.40000	`XP_057811539.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811539.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811539.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:29250445`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B115,B53,C42
`Chr5:29250446`	`GC`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	14	A10,B10,B114,B120,B16,B53,B97,C12,C24,C25,C32,C51,C7,D9
`Chr5:29250477`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C46,D10
`Chr5:29250498`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B104
`Chr5:29250503`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,B132,C1
`Chr5:29250510`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B104,B57,B88
`Chr5:29250515`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B133,B78,C82
`Chr5:29250572`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A21,C8
`Chr5:29250579`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B33
`Chr5:29250585`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	5	A14,A24,B46,B50,D3
`Chr5:29250585`	`TG`	`T`	1bp_deletion	CDS_variant	5	A14,A24,B46,B50,D3
`Chr5:29250588`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B112,B132,C1

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811539.1

168 aa

168

RVT_3

PF13456 RVT_3 42-161 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811539.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	42	161	5.4e-15	56.1	Reverse transcriptase-like

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955556.1
ATGGCGAATGATTGGAAAGAATATCTCACGTTACGTGAGCTTGGCGTGAGGTCGCGATCTGCCCCCCCTCCAGATTATATTGATGTTCACTGGTGGCCTCCGGACTTGAACTGGATGAAAGTAAATACGGATGGCTCGGCGTTGGGGGCGCCGGGAAGGATTTTTGCCGGGGACGTTTTTCGAGATCACCAAGCTGAGGTTCGTGGATGTTTTCATGTGAAGGGGGGCTCGGGCTTTGCGCTGGAGGAAGAGCTGCTGGC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025771
ATGGCGAATGATTGGAAAGAATATCTCACGTTACGTGAGCTTGGCGTGAGGTCGCGATCTGCCCCCCCTCCAGATTATATTGATGTTCACTGGTGGCCTCCGGACTTGAACTGGATGAAAGTAAATACGGATGGCTCGGCGTTGGGGGCGCCGGGAAGGATTTTTGCCGGGGACGTTTTTCGAGATCACCAAGCTGAGGTTCGTGGATGTTTTCATGTGAAGGGGGGCTCGGGCTTTGCGCTGGAGGAAGAGCTGCTGGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811539.1
MANDWKEYLTLRELGVRSRSAPPPDYIDVHWWPPDLNWMKVNTDGSALGAPGRIFAGDVFRDHQAEVRGCFHVKGGSGFALEEELLAVIKAIAIAESRGWRKLWLESDSTYVVELLRKKLMEVPWRFLTSWKATIAFLNNFELRVSHIYREGNAAADIMAHNSRHEGW

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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