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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002611

染色体: Chr05 坐标: 29395540-29396278 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002611
名称SmilChr05G002611
描述uncharacterized SmilChr05G002611
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向29395540 - 29396278 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026362
GeneID131026362
locus_tag-
NCBI NameLOC131026362
原始查询SmilChr05G002611

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026362

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057812212.1
2 Chromosome 染色体 0.60000 XP_057812212.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812212.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812212.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057812212.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:29395629 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 37 A20,A24,A3,A5,B108,B125,B126,B138,B22,B24,B42,B49,B51,B52,B54,B57,B63,B81,B87,B88,B90,B92,C22,C28,C30,C34,C35,C40,C54,C55,C61,C73,C85,D1,D4,D7,D9
Chr5:29395660 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr5:29395771 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B134,B58,C11,C52
Chr5:29395793 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 81 A1,A13,A16,A21,A24,A3,A7,B10,B102,B105,B109,B111,B115,B12,B120,B125,B127,B128,B129,B134,B135,B136,B139,B140,B16,B17,B19,B21,B22,B27,B28,B3,B32,B38,B40,B42,B43,B47,B48,B51,B53,B56,B59,B61,B66,B70,B73,B75,B77,B81,B83,B96,B98,C14,C21,C22,C23,C25,C28,C29,C33,C38,C4,C41,C45,C49,C5,C50,C55,C63,C64,C66,C68,C74,C78,C85,C87,D10,D5,D8,D9
Chr5:29395816 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr5:29395833 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B102,B123,C16
Chr5:29395855 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 28 A18,B1,B108,B112,B117,B118,B13,B137,B2,B37,B51,B59,B78,B80,B84,B89,B9,C20,C23,C25,C26,C31,C32,C50,C51,C59,C68,C76
Chr5:29395880 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 30 A18,B1,B102,B108,B112,B117,B118,B13,B137,B2,B37,B51,B59,B78,B80,B84,B89,B9,C20,C23,C25,C26,C31,C32,C50,C51,C59,C68,C76,D4
Chr5:29395896 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B134
Chr5:29395898 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B127,B23,B32,B64
Chr5:29395918 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B101,B13,D1
Chr5:29395950 G GA 1bp_insertion frameshift_variant 23 A2,A23,B11,B113,B121,B138,B26,B29,B34,B41,B42,B43,B44,B5,B6,B81,B83,B97,C13,C24,C49,C59,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956229.1
ACTTACGTACTACTCAGGTGGCACAAGACACTCAAGCTTCAACTTCAGCTTTGCCTACAAAGGTGAAGACAAAGAGGAGTTCTCAAGGCATGGGCTTGTACATCAATCCTGAAACTGGAAGGAGTGTTCTAAATCCCGGGATGTCTACATCACTAGTCATAAATGAGGGTAGGTCCATGGAGCCTGAACCAAACACACGGTTTGCAATACCAAATGAAAGTGAATTGAGGAAAGGCAAGAGAAAACAAACTCAGACAGTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026362
ATGGGCTTGTACATCAATCCTGAAACTGGAAGGAGTGTTCTAAATCCCGGGATGTCTACATCACTAGTCATAAATGAGGGTAGGTCCATGGAGCCTGAACCAAACACACGGTTTGCAATACCAAATGAAAGTGAATTGAGGAAAGGCAAGAGAAAACAAACTCAGACAGTGGCTGATCCATCAAAGCTTAGGAAGGTGGCCTCAAAGTCATTTAAGGCTCCACGAGGAAACAAAGAAGAAGTGGTCCTAAGAAGATTCCC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812212.1
MGLYINPETGRSVLNPGMSTSLVINEGRSMEPEPNTRFAIPNESELRKGKRKQTQTVADPSKLRKVASKSFKAPRGNKEEVVLRRFPRGKNIASTVDSTTTS

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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