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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002617

染色体: Chr05 坐标: 29431711-29434335 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002617
名称SmilChr05G002617
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20770
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向29431711 - 29434335 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026368
GeneID131026368
locus_tag-
NCBI NameLOC131026368
原始查询SmilChr05G002617

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20770
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At4g20770
ArabidopsisAT4G20770 (AT4G20770)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:827825]
identity=49.5; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs02g0167200
-
identity=51; qcov=0.638; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026368

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 0.80000 XP_057812215.1
2 Chloroplast 叶绿体 0.20000 XP_057812215.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812215.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812215.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812215.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:29431830 GCA G 2bp_deletion frameshift_variant 1 C8
Chr5:29431830 GCA G 2bp_deletion CDS_variant 1 C8
Chr5:29431834 C CAA 2bp_insertion frameshift_variant 1 C8
Chr5:29431834 C CAA 2bp_insertion CDS_variant 1 C8
Chr5:29431975 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B12,B35,B8,C56,C73
Chr5:29432066 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,C86
Chr5:29432185 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B69
Chr5:29432305 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C86
Chr5:29432428 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D1
Chr5:29432525 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C42,C86
Chr5:29432526 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A14,B136,B16,C43,C74
Chr5:29432570 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B69,B9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812215.1
759 aa
N
1
380
759
PPR
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF01535 PPR 46-72 aa PF12854 PPR_1 72-99 aa PF01535 PPR 74-103 aa PF01535 PPR 105-135 aa PF01535 PPR 206-235 aa PF01535 PPR 287-311 aa PF13041 PPR_2 313-360 aa PF01535 PPR 315-345 aa PF01535 PPR 350-375 aa PF13041 PPR_2 378-426 aa PF13812 PPR_3 379-425 aa PF01535 PPR 382-409 aa PF01535 PPR 482-511 aa PF01535 PPR 555-581 aa PF13812 PPR_3 581-627 aa PF13041 PPR_2 581-628 aa PF01535 PPR 583-611 aa PF01535 PPR 618-645 aa PF01535 PPR 655-681 aa PF20431 E_motif 698-759 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812215.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 46 72 2.1e-76 247.7 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 72 99 5.2e-41 138.8 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 74 103 2.1e-76 247.7 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 105 135 2.1e-76 247.7 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 206 235 2.1e-76 247.7 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 287 311 2.1e-76 247.7 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 313 360 8.8e-87 285.8 PPR repeat family
XP_057812215.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 315 345 2.1e-76 247.7 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 350 375 2.1e-76 247.7 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 378 426 8.8e-87 285.8 PPR repeat family
XP_057812215.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 379 425 1.8e-27 95.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057812215.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 382 409 2.1e-76 247.7 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 482 511 2.1e-76 247.7 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 555 581 2.1e-76 247.7 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 581 627 1.8e-27 95.9 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057812215.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 581 628 8.8e-87 285.8 PPR repeat family
XP_057812215.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 583 611 2.1e-76 247.7 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 618 645 2.1e-76 247.7 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 655 681 2.1e-76 247.7 PPR repeat
XP_057812215.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 698 759 3e-14 53.7 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956232.1
GTTTAATTTGTTAGAAATGCAAAGCAGGAATGCCTCTGTTTCGTTGGCGAATTTGCTGCAAAATTGCATAGATCATAGAGCGTACAAGGCAGGAAAAATAATTCAAGCTCAGATTTTTCGCACCGGCCAAATTTCAAATACTTTTCTGGTGAACCGCCTGATTGAGCTATATTCAAAATGCGGCCGCACGTCAGCCGGCCGCCTCCTGTTCGACCAAATGCCTTTGAGAAACATATTCTCCTACCACGCTATTTTAGATT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026368
ATGCAAAGCAGGAATGCCTCTGTTTCGTTGGCGAATTTGCTGCAAAATTGCATAGATCATAGAGCGTACAAGGCAGGAAAAATAATTCAAGCTCAGATTTTTCGCACCGGCCAAATTTCAAATACTTTTCTGGTGAACCGCCTGATTGAGCTATATTCAAAATGCGGCCGCACGTCAGCCGGCCGCCTCCTGTTCGACCAAATGCCTTTGAGAAACATATTCTCCTACCACGCTATTTTAGATTCTTACTGCAAATTAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812215.1
MQSRNASVSLANLLQNCIDHRAYKAGKIIQAQIFRTGQISNTFLVNRLIELYSKCGRTSAGRLLFDQMPLRNIFSYHAILDSYCKLNDVDNAYQVFDQMPERNSVSWNLIISMLSRNGLEDKALVSYYAMRLNGFVPTRFTLASVLSACGGSGNVECGRECHGLATKLGLSANLYVGNALLGMYMKCVSIEDAIMVFEDLPEHNEVSFTAMMEGLVGADRMDEAFDMFRLMQRERIIDCVSLSSVLSVCSKCEFGDGNEG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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