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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002650

染色体: Chr05 坐标: 29980698-29983384 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002650
名称SmilChr05G002650
描述uncharacterized SmilChr05G002650
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向29980698 - 29983384 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026400
GeneID131026400
locus_tag-
NCBI NameLOC131026400
原始查询SmilChr05G002650

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026400

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.60000 XP_057812260.1
2 Cytoplasm 细胞质 0.60000 XP_057812260.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812260.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812260.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812260.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:29982222 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 17 A22,B101,B106,B108,B109,B120,B121,B140,B15,B18,B30,B36,B50,C17,C19,C78,C82
Chr5:29982234 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 14 A15,A4,B133,B48,B75,B90,C12,C21,C22,C24,C37,C9,D11,D8
Chr5:29982244 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 91 A1,A15,A2,A20,A22,A23,A4,A7,A9,B1,B101,B102,B106,B108,B109,B113,B117,B118,B120,B121,B123,B126,B127,B129,B136,B138,B140,B15,B18,B2,B22,B26,B35,B36,B4,B41,B45,B48,B5,B50,B51,B57,B60,B67,B68,B70,B72,B73,B75,B76,B82,B83,B85,B86,B9,B99,C14,C15,C17,C19,C2,C20,C23,C24,C27,C29,C34,C41,C42,C43,C49,C51,C52,C57,C58,C59,C60,C64,C7,C71,C75,C76,C78,C8,C82,C84,C9,D10,D6,D7,D9
Chr5:29982258 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C73
Chr5:29982262 GA G 1bp_deletion frameshift_variant 6 B14,B15,B83,B9,C51,C59
Chr5:29982266 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 6 B14,B15,B83,B9,C51,C59
Chr5:29982285 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 36 A23,B101,B105,B117,B129,B131,B132,B134,B20,B28,B51,B57,B62,B63,B66,B69,B74,B82,B91,B97,C15,C33,C35,C4,C40,C50,C52,C56,C61,C63,C67,C75,C82,C9,D3,D5
Chr5:29982315 CAG C 2bp_deletion frameshift_variant 51 A10,A2,A24,A3,A6,A9,B100,B107,B108,B111,B12,B124,B131,B135,B136,B18,B2,B23,B33,B36,B37,B38,B41,B42,B43,B5,B59,B65,B7,B70,B80,B81,B97,B99,C14,C20,C21,C33,C38,C40,C41,C6,C64,C71,C75,C77,C79,C83,C87,D10,D3
Chr5:29982318 T TAC 2bp_insertion frameshift_variant 48 A10,A24,A3,A6,A9,B100,B107,B108,B111,B12,B124,B131,B135,B18,B2,B23,B33,B36,B37,B38,B41,B42,B43,B5,B59,B65,B7,B80,B81,B97,B99,C14,C20,C21,C33,C38,C40,C41,C6,C64,C71,C75,C77,C79,C83,C87,D10,D3
Chr5:29982319 A ACT 2bp_insertion frameshift_variant 2 A2,B70
Chr5:29982319 A ACT 2bp_insertion CDS_variant 2 A2,B70
Chr5:29982519 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B47,C52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

3 records

下载 cDNA FASTA
XR_009102278.1
CACATGTAATATTTTTTTTAAAATCATGTAACTTTATTTTCATTTTATATTTAATATCCTTAATTTCTCTACCTCCATTCGATCTCAAATCTGAAAACTATGACCAGGAACCATTCGTTGTTCATCGCTCTCACCACCAGAAATCTGCAACTCTCACCGCCACCGGCGCCTTCGCCGCCGCCGCCGCCATCTGCCCTCCATTTCTCCCCTCCCCGAAATTCCGCCATCTGCCACCTCCTTTCGAATAAATCTGGAAAACC...
XR_009102277.1
ACATGTAATATTTTTTTTAAAATCATGTAACTTTATTTTCATTTTATATTTAATATCCTTAATTTCTCTACCTCCATTCGATCTCAAATCTGAAAACTATGACCAGGAACCATTCGTTGTTCATCGCTCTCACCACCAGAAATCTGCAACTCTCACCGCCACCGGCGCCTTCGCCGCCGCCGCCGCCATCTGCCCTCCATTTCTCCCCTCCCCGAAATTCCGCCATCTGCCACCTCCTTTCGAATAAATCTGGAAAACCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026400
ATGACCAGTCGCCGCCCCCACCACCAGAAATCGATCTGCCACCTCCCTTCCCCACCGTGGTTCGCCGCGCCGGAACCCTCCGCTATCTGCCGTGATTCTTCCTATACAGCCATGATTTTTAGCTATAAATTCCACGAATCATTCAGAAATTGGTGGCGGCTCCTTCCGATTTCATTATGTTTTTACAGCCAACGCAAGCGCCAATATTTCTCATTCTTTTTGCCTTTCCTTTCTGTTACAATTGCAAATACTGAAAATGA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812260.1
MTSRRPHHQKSICHLPSPPWFAAPEPSAICRDSSYTAMIFSYKFHESFRNWWRLLPISLCFYSQRKRQYFSFFLPFLSVTIANTENDNISKDYLQDLFGRFLFGFAGGNEMQDDP

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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