Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002662`

染色体: Chr05 坐标: 30127866-30128839 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002662`
名称	SmilChr05G002662
描述	uncharacterized SmilChr05G002662
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	30127866 - 30128839 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025784`
GeneID	`131025784`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025784`
原始查询	`SmilChr05G002662`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os02g0328500; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT5G27260` (AT5G27260) Myb/SANT-like DNA-binding domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832784] identity=26.7; qcov=0.514; evalue=4.65e-06; confidence=low
Rice	`Os02g0328500` - identity=31.6; qcov=0.602; evalue=3.16e-22; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF12776 (Myb_DNA-bind_3)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025784

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057811553.1`
2	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811553.1`
3	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811553.1`
4	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811553.1`
5	Telomere	端粒	0.00000	`XP_057811553.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:30127935`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,C46
`Chr5:30127989`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B2
`Chr5:30127992`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C22
`Chr5:30128015`	`GA`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	10	A2,B111,B134,B135,B17,B84,C28,C29,C40,C56
`Chr5:30128038`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	4	B135,B17,B84,C29
`Chr5:30128038`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B135,B17,B84,C29
`Chr5:30128044`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B135,B84,C29
`Chr5:30128052`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:30128096`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr5:30128100`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C53
`Chr5:30128123`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C53,D9
`Chr5:30128147`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811553.1

284 aa

142

284

Myb_DNA-bind_3

PF12776 Myb_DNA-bind_3 23-120 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811553.1`	Pfam	`PF12776`	Myb_DNA-bind_3	Domain	23	120	6.2e-08	34.2	Myb/SANT-like DNA-binding domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955570.1
ATGGATCGATGTAGCACAGGAACTACACGTTCTGGCCGTGTCAACAAGACGGACCAAAAGCGCCGCAGTTGGTCCGTTAGGGAAGAAGAAGTTCTAATCGTTGCATTGAAAGAGCTCGTTGCACTTGGATGGAAATCTGACAACGGGTTCCGAGCCGGCTATTTGAGTAAGTTAGAGGAGGCTATGAAGAAGGAATTTCCGACCACCGACTTGAAGGGAATGCCTTATATAAACTCGAAGGTGACAACGTGGAAAAAGAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025784
ATGGATCGATGTAGCACAGGAACTACACGTTCTGGCCGTGTCAACAAGACGGACCAAAAGCGCCGCAGTTGGTCCGTTAGGGAAGAAGAAGTTCTAATCGTTGCATTGAAAGAGCTCGTTGCACTTGGATGGAAATCTGACAACGGGTTCCGAGCCGGCTATTTGAGTAAGTTAGAGGAGGCTATGAAGAAGGAATTTCCGACCACCGACTTGAAGGGAATGCCTTATATAAACTCGAAGGTGACAACGTGGAAAAAGAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811553.1
MDRCSTGTTRSGRVNKTDQKRRSWSVREEEVLIVALKELVALGWKSDNGFRAGYLSKLEEAMKKEFPTTDLKGMPYINSKVTTWKKTYSSLWNILKTSGVGFNVNGKHMIDCDDEQWENFVRVDDNVRNFRYKSWPYVEDWKLIFGKDRATGDKAEDVMEAAFTMYRKLDINQPLDDGEYHVSLEDILENGETGDNVSQTQPREETVTAEKEAPTSSKKRRRSVGFDDRFFEALTNIGRGTETRLDTISSRMGYDYDISK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器