Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002674`

染色体: Chr05 坐标: 30216484-30217662 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002674`
名称	SmilChr05G002674
描述	uncharacterized SmilChr05G002674
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	30216484 - 30217662 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025787`
GeneID	`131025787`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025787`
原始查询	`SmilChr05G002674`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013]; symbol=AT3G24255; hit=AT3G24255; species=arabidopsis; confidence=low
产物	RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013]; symbol=AT3G24255; hit=AT3G24255; species=arabidopsis; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G24255` (AT3G24255) RNA-directed DNA polymerase (reverse transcriptase)-related family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:822013] identity=29; qcov=1; evalue=2.34e-41; confidence=low
Rice	`Os03g0643433` - identity=29.5; qcov=0.684; evalue=3.92e-32; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025787

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811557.1`
2	Nucleus	细胞核	0.80000	`XP_057811557.1`
3	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057811557.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811557.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811557.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:30216511`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B33,B9,C48
`Chr5:30216550`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B33,C48
`Chr5:30216633`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B113,B127,B138,B37,B95
`Chr5:30216689`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C17
`Chr5:30216765`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B23,D1
`Chr5:30216786`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B120,B48,C24
`Chr5:30216819`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B37,C79
`Chr5:30216856`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B140,B35,B48,C87
`Chr5:30216858`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B113,B127,B138,B37,B95
`Chr5:30216912`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B20,B54,B86
`Chr5:30216933`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C69
`Chr5:30216947`	`CAT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	4	B47,B64,C9,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955574.1
ATGAAGTGGAGCAGGGGTTCTTCCTTCCCCACTCATCTTTTGTACGCCGATGACATCTTAGTCTTCTGCCCGGCTAATGAAAGAAATGCTCAGACCATTATCAATATTCTAGATTATTACGGGAAGATTTCGGGGCAAAGCTTCAATCCTGAAAAGTCTCAGATTTTCTTTTCCAACAAAGTTCCGACCTTCTTGCGTCACTCGATCACTAGAACTCTTCCGTTCTCTGTTGGGAATCTTCCTTTTATTTATCTTGGAGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025787
ATGAAGTGGAGCAGGGGTTCTTCCTTCCCCACTCATCTTTTGTACGCCGATGACATCTTAGTCTTCTGCCCGGCTAATGAAAGAAATGCTCAGACCATTATCAATATTCTAGATTATTACGGGAAGATTTCGGGGCAAAGCTTCAATCCTGAAAAGTCTCAGATTTTCTTTTCCAACAAAGTTCCGACCTTCTTGCGTCACTCGATCACTAGAACTCTTCCGTTCTCTGTTGGGAATCTTCCTTTTATTTATCTTGGAGT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811557.1
MKWSRGSSFPTHLLYADDILVFCPANERNAQTIINILDYYGKISGQSFNPEKSQIFFSNKVPTFLRHSITRTLPFSVGNLPFIYLGVPIFKGKVRAAHLRSIHDKILNKFSRWKGLKLSMAGRLCLVKSVIQSSLTHSMMVYRWPRQLLHELDSKCRNFIWTGDTCKKPSCTVAWNRVCSIKTEGGLGVRSFSIMNKCFLMKIAWKIICGKDFGFDLIKDRYLNRFCRTKNLTTPSTLWMGIREEVGSLVDNSYSFIGDG...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器