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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002677

染色体: Chr05 坐标: 30244050-30246705 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002677
名称SmilChr05G002677
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g53600, mitochondrial-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向30244050 - 30246705 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026418
GeneID131026418
locus_tag-
NCBI NameLOC131026418
原始查询SmilChr05G002677

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At1g53600, mitochondrial-like
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At1g53600%2C mitochondrial-like
ArabidopsisAT1G53600 (AT1G53600)
Tetratricopeptide repeat (TPR)-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841795]
identity=53; qcov=0.926; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0131000 (P0582D05.138)
-
identity=46.9; qcov=0.875; evalue=0; confidence=high
GOGO:0003723 (RNA binding); GO:0005515 (protein binding); GO:0009451 (RNA modification)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF20431 (E_motif)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026418

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057812269.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812269.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812269.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812269.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812269.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:30244184 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,B33
Chr5:30244209 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 1 B140
Chr5:30244209 C CT 1bp_insertion CDS_variant 1 B140
Chr5:30244843 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B9
Chr5:30244964 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,B33
Chr5:30244973 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A20,B54
Chr5:30244998 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B13,B94
Chr5:30245175 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C75
Chr5:30246232 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,B33

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812269.1
728 aa
N
1
364
728
PPR_3
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_1
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR
PPR_2
PPR_3
PPR
PPR
PPR_2
PPR
PPR
PPR
E_motif
C
PF13812 PPR_3 77-122 aa PF01535 PPR 79-107 aa PF01535 PPR 111-140 aa PF01535 PPR 145-168 aa PF01535 PPR 181-208 aa PF12854 PPR_1 206-235 aa PF01535 PPR 209-236 aa PF01535 PPR 241-270 aa PF01535 PPR 315-336 aa PF01535 PPR 343-371 aa PF01535 PPR 374-400 aa PF13041 PPR_2 402-448 aa PF13812 PPR_3 402-448 aa PF01535 PPR 405-435 aa PF01535 PPR 478-500 aa PF13041 PPR_2 503-550 aa PF01535 PPR 506-535 aa PF01535 PPR 541-567 aa PF01535 PPR 579-602 aa PF20431 E_motif 621-682 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812269.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 77 122 1.5e-25 89.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 79 107 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 111 140 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 145 168 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 181 208 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 206 235 1.9e-59 197.8 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 209 236 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 241 270 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 315 336 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 343 371 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 374 400 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 402 448 5.4e-86 283.3 PPR repeat family
XP_057812269.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 402 448 1.5e-25 89.8 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 405 435 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 478 500 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 503 550 5.4e-86 283.3 PPR repeat family
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 506 535 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 541 567 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 579 602 1.9e-90 291.7 PPR repeat
XP_057812269.1 Pfam PF20431 E_motif Repeat 621 682 1.3e-12 48.5 E motif

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956286.1
GTTCAAAATTTTCTTGTCCAAGAAACATACATAGATTCTTCTTATTTCCAATAAAAGATTCCTGCGCTCTTTTGTTTTCTACCTTCATGCCCTCTGTTTTATTTATCGACAGAGTTTTTCATGTTGGCGGTGAAGAAGCCAACTTCTAGTTATCTTAATCTGTTTAATTCTCTCCGCCATCATGGATTCTCAGTTCAACGACAACGAGCACATTCATCTCCGCCTGCCCAAACCACCCTCGCCAAAACTAACAATTTTGT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026418
ATGTTGGCGGTGAAGAAGCCAACTTCTAGTTATCTTAATCTGTTTAATTCTCTCCGCCATCATGGATTCTCAGTTCAACGACAACGAGCACATTCATCTCCGCCTGCCCAAACCACCCTCGCCAAAACTAACAATTTTGTTGCAAACTGCAACTCTCAGATTACAAGATATGGCCGAATCGGAAACATTGCGGGGGCCGAGTCGTTGTTCCACGGCATGCCGGAGAAAAGTGTTGTTACCTACACCGCCATGCTTTCTGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812269.1
MLAVKKPTSSYLNLFNSLRHHGFSVQRQRAHSSPPAQTTLAKTNNFVANCNSQITRYGRIGNIAGAESLFHGMPEKSVVTYTAMLSAYANSSKIISARKLFEEMPQRTVTTWNAMITAYVKNMNRVDGVEEAFRLFLRMPVRNAVSYSVMVMGLVNSGKFDYAEKLYSSTPLGWRDPFCSNLLMNGYLKIGRLDEAVRIFDGMVEKNVVSWSSMVDGFCKRGRVDEAREFFDLMEETKNEFTWCSMVDGYMKVGRFEDGF...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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