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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002678

染色体: Chr05 坐标: 30247555-30249011 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002678
名称SmilChr05G002678
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g14580, mitochondrial
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向30247555 - 30249011 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026419
GeneID131026419
locus_tag-
NCBI NameLOC131026419
原始查询SmilChr05G002678

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述pentatricopeptide repeat-containing protein At3g14580, mitochondrial
产物pentatricopeptide repeat-containing protein At3g14580%2C mitochondrial
ArabidopsisAT3G14580 (AT3G14580)
Pentatricopeptide repeat (PPR) superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820684]
identity=55; qcov=0.888; evalue=5.01e-148; confidence=high
RiceOs04g0618050
-
identity=45.3; qcov=0.86; evalue=8.05e-110; confidence=high
GOGO:0005515 (protein binding)
KEGG-
PfamPF01535 (PPR); PF12854 (PPR_1); PF13041 (PPR_2); PF13812 (PPR_3); PF17177 (PPR_long); PF23276 (TPR_24)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026419

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Mitochondrion 线粒体 1.00000 XP_057812270.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812270.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812270.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812270.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057812270.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:30247840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:30248179 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:30248188 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B49
Chr5:30248189 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B39,C5,D6
Chr5:30248301 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B17,B33,C68
Chr5:30248506 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B65
Chr5:30248627 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B80,D1
Chr5:30248644 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,C5,D6
Chr5:30248699 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B17,B33
Chr5:30248712 GC G 1bp_deletion frameshift_variant 1 C49
Chr5:30248712 GC G 1bp_deletion CDS_variant 1 C49
Chr5:30248740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812270.1
385 aa
N
1
192
385
PPR_long
TPR_24
PPR_3
PPR_1
PPR_2
PPR
PPR_1
PPR
PPR_3
PPR_2
PPR
PPR_3
C
PF17177 PPR_long 149-261 aa PF23276 TPR_24 155-278 aa PF13812 PPR_3 177-231 aa PF12854 PPR_1 179-209 aa PF13041 PPR_2 183-230 aa PF01535 PPR 187-212 aa PF12854 PPR_1 215-246 aa PF01535 PPR 221-250 aa PF13812 PPR_3 241-294 aa PF13041 PPR_2 253-293 aa PF01535 PPR 255-285 aa PF13812 PPR_3 276-336 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812270.1 Pfam PF17177 PPR_long Repeat 149 261 6e-16 59.2 Pentacotripeptide-repeat region of PRORP
XP_057812270.1 Pfam PF23276 TPR_24 Repeat 155 278 8e-16 58.9 Pentatricopeptide repeat-containing protein
XP_057812270.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 177 231 5.7e-21 75.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057812270.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 179 209 3.3e-29 101.0 PPR repeat
XP_057812270.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 183 230 6e-43 145.4 PPR repeat family
XP_057812270.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 187 212 7.4e-25 86.1 PPR repeat
XP_057812270.1 Pfam PF12854 PPR_1 Repeat 215 246 3.3e-29 101.0 PPR repeat
XP_057812270.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 221 250 7.4e-25 86.1 PPR repeat
XP_057812270.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 241 294 5.7e-21 75.1 Pentatricopeptide repeat domain
XP_057812270.1 Pfam PF13041 PPR_2 Repeat 253 293 6e-43 145.4 PPR repeat family
XP_057812270.1 Pfam PF01535 PPR Repeat 255 285 7.4e-25 86.1 PPR repeat
XP_057812270.1 Pfam PF13812 PPR_3 Repeat 276 336 5.7e-21 75.1 Pentatricopeptide repeat domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956287.1
TTTTCTTAAATTCTATTGGATTGAAAATTTTGGTAAACTCGAGGAAAGAAATGGAATAGTGAAGGCTGTGATAGCAGAAATCCGTTTCCGAGTAGCAAATGGAAGAATGATGCATCTCCTCCGGCGACCCATCTCCCGAATTCTCCATCTTTGTGTTTCCTTCCATGAATTCGCGCCCTCTAAAAGCCGCCCAATCCCCTCTCCCGACCTCCTCCGCCACAAAGACTGGCTGAGCCCGCCGGAAGTAATCAGGATCTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026419
ATGATGCATCTCCTCCGGCGACCCATCTCCCGAATTCTCCATCTTTGTGTTTCCTTCCATGAATTCGCGCCCTCTAAAAGCCGCCCAATCCCCTCTCCCGACCTCCTCCGCCACAAAGACTGGCTGAGCCCGCCGGAAGTAATCAGGATCTTCCAAACCCTGAAAGACCCCAATTCGGCCCTCCCTCTCCTCGCCCAGCTCTCCACCCGCAAGGACTACAACCCCAATGAATCCCTCTACGCCACCATCATCCACAAGCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812270.1
MMHLLRRPISRILHLCVSFHEFAPSKSRPIPSPDLLRHKDWLSPPEVIRIFQTLKDPNSALPLLAQLSTRKDYNPNESLYATIIHKLALANNFDSIEALMQQIKADRKCRLSDAFFRNLIKIYGHSAGRINAAVETLFAMPDYKCWPSVATFNTVLNLLVTTKQFEVVHEVYVGAAKLGVEIDACCLNIIIKGLCESGQIEAALKVLDEFPQQRCSPTARTFSTIMHALCGRGRVEDSFGLLERMEAEGVEADAVVFNVL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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