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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002680

染色体: Chr05 坐标: 30287798-30290452 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002680
名称SmilChr05G002680
描述transcription factor AS1-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向30287798 - 30290452 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025789
GeneID131025789
locus_tag-
NCBI NameLOC131025789
原始查询SmilChr05G002680

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述transcription factor AS1-like
产物transcription factor AS1-like
ArabidopsisAT2G37630 (AS1)
myb-like HTH transcriptional regulator family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:818340]
identity=75.3; qcov=0.63; evalue=4.74e-43; confidence=medium
RiceOs12g0572000 (OsMYB91)
-
identity=62.1; qcov=0.753; evalue=3.28e-35; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025789

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811559.1
2 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811559.1
3 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811559.1
4 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811559.1
5 Telomere 端粒 0.00000 XP_057811559.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:30290014 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B114,B25,B88,D11,D3
Chr5:30290022 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C77
Chr5:30290037 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 1 D10
Chr5:30290037 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:30290054 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C8,C82
Chr5:30290099 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B12,B91,C85
Chr5:30290113 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B11,B55,B89
Chr5:30290132 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 50 A1,A10,A15,A19,A20,A5,B104,B105,B11,B114,B12,B122,B131,B138,B14,B25,B27,B32,B38,B39,B45,B46,B48,B51,B55,B58,B65,B67,B77,B78,B86,B87,B88,B89,B91,B97,C21,C29,C4,C46,C48,C50,C60,C70,C77,C8,C87,D10,D11,D3
Chr5:30290148 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A15,B11,B55,B89
Chr5:30290158 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:30290160 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B122,B91,C8
Chr5:30290161 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B105,B58,B97,C50

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955576.1
ATGAACACCGTTGTTCATGTGACTCGCCGGAAATCTTGTCTCGAGAGGTGGAAGAACTATCTCAAGCTGGGCATCAAGAAAGGCTCCCTCACCCAAGAGGAGCAGTCTCTCGTCATCCATCTTCAGGCAAAGCACGACAACAAACGAAAAAAGATCGCAGCTGAGGTCCCCGGCCGCACTGCCAAGCGTCTAGGGAAGTGGTGGGAGGTCTTTAAGGACAAGCAGCCGCGCGACCACAAGGATAACAACAAGGAGGCCCT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025789
ATGAACACCGTTGTTCATGTGACTCGCCGGAAATCTTGTCTCGAGAGGTGGAAGAACTATCTCAAGCTGGGCATCAAGAAAGGCTCCCTCACCCAAGAGGAGCAGTCTCTCGTCATCCATCTTCAGGCAAAGCACGACAACAAACGAAAAAAGATCGCAGCTGAGGTCCCCGGCCGCACTGCCAAGCGTCTAGGGAAGTGGTGGGAGGTCTTTAAGGACAAGCAGCCGCGCGACCACAAGGATAACAACAAGGAGGCCCT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811559.1
MNTVVHVTRRKSCLERWKNYLKLGIKKGSLTQEEQSLVIHLQAKHDNKRKKIAAEVPGRTAKRLGKWWEVFKDKQPRDHKDNNKEALDPILDSKYDHLLETFGEKLLNSITMPPTPNGGGTFLQHTDPSPAPLSWEVVWREEILERAYLVHSIF

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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