Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002687`

染色体: Chr05 坐标: 30509403-30510785 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002687`
名称	SmilChr05G002687
描述	protein SMY2-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	30509403 - 30510785 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025792`
GeneID	`131025792`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025792`
原始查询	`SmilChr05G002687`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	protein SMY2-like
产物	protein SMY2-like
Arabidopsis	`-` -
Rice	`Os11g0678301` - identity=29.8; qcov=0.318; evalue=1.9e-08; confidence=low
GO	-
KEGG	-
Pfam	PF22936 (Pol_BBD)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025792

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811564.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.20000	`XP_057811564.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811564.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811564.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811564.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:30509408`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B45,B52,C29,C7
`Chr5:30509449`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B38,B39,D6
`Chr5:30509464`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:30509468`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	2	B108,B134
`Chr5:30509468`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B108,B134
`Chr5:30509477`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr5:30509517`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B108
`Chr5:30509532`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B9
`Chr5:30509566`	`A`	`AT`	1bp_insertion	frameshift_variant	95	A14,A15,A18,A24,A7,B1,B10,B100,B102,B103,B105,B108,B109,B112,B114,B117,B118,B125,B127,B13,B130,B132,B136,B137,B14,B16,B18,B2,B23,B24,B27,B30,B31,B34,B36,B37,B4,B42,B43,B49,B51,B58,B59,B6,B63,B65,B66,B72,B73,B76,B78,B80,B84,B89,B90,B92,B97,C16,C20,C21,C22,C23,C24,C25,C26,C3,C30,C31,C32,C33,C34,C35,C39,C40,C47,C49,C50,C51,C54,C56,C57,C59,C6,C67,C68,C70,C72,C73,C74,C75,C76,C79,C83,C84,D4
`Chr5:30509584`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B140
`Chr5:30509595`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C11,C69
`Chr5:30509736`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B6,C78,D7

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811564.1

358 aa

179

358

Pol_BBD

PF22936 Pol_BBD 226-301 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811564.1`	Pfam	`PF22936`	Pol_BBD	Domain	226	301	3.4e-16	60.1	Pol polyprotein, beta-barrel domain

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955581.1
ATGTCGGACATCCTCGAGAAGATGTGTGTCGGATCAGAAGATATCAAGGAGAACAAGCTGTCAATTACATGCCAGAAGTTTCGTAGTTTCCAGATGATCAAAGGCGAAACCATTGACGAGATGGATTTCAGATTCAACAAACTACTGAACGAAGTGCAAGCCACCTCGAAGGACAAGCTGAGAGATCCCAACAAGACTAAAATCTCTGACGAAGAAGCTCCACCAGCTTCTAAGGGAGAAGCACTGAAGGCTATCTCTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025792
ATGTCGGACATCCTCGAGAAGATGTGTGTCGGATCAGAAGATATCAAGGAGAACAAGCTGTCAATTACATGCCAGAAGTTTCGTAGTTTCCAGATGATCAAAGGCGAAACCATTGACGAGATGGATTTCAGATTCAACAAACTACTGAACGAAGTGCAAGCCACCTCGAAGGACAAGCTGAGAGATCCCAACAAGACTAAAATCTCTGACGAAGAAGCTCCACCAGCTTCTAAGGGAGAAGCACTGAAGGCTATCTCTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811564.1
MSDILEKMCVGSEDIKENKLSITCQKFRSFQMIKGETIDEMDFRFNKLLNEVQATSKDKLRDPNKTKISDEEAPPASKGEALKAISKDSKKQSKEKTELSSEDLLNQYAMMTEIFNKMESRLKKFKKIQKRNYKERKALCAKRDKHFEKKKAVVAEYAEDSSSSSSSSSSNSTSSNDESQALMAHDVESVPDNNLNSYDNRINRPKDKSRKQNKKKEEAQAPKNTWYLDSGCSKHMTGFKEYLSQYVEKAGSKVAFGDNS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器