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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002713

染色体: Chr05 坐标: 31249526-31250652 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002713
名称SmilChr05G002713
描述uncharacterized SmilChr05G002713
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向31249526 - 31250652 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025799
GeneID131025799
locus_tag-
NCBI NameLOC131025799
原始查询SmilChr05G002713

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
产物hit=Os06g0523701; species=rice; confidence=low
Arabidopsis-
-
RiceOs06g0523701
-
identity=41; qcov=0.382; evalue=4.21e-23; confidence=low
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025799

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811571.1
2 Chromosome 染色体 0.20000 XP_057811571.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057811571.1
4 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057811571.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811571.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:31249547 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 19 A10,A14,A22,A25,B136,B26,B28,B33,B79,C31,C4,C46,C5,C59,C64,C71,C74,D10,D8
Chr5:31249564 T TAA 2bp_insertion frameshift_variant 6 A19,B26,B60,C4,C46,C74
Chr5:31249565 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 6 A19,B26,B60,C4,C46,C74
Chr5:31249578 C CA 1bp_insertion frameshift_variant 1 A14
Chr5:31249578 C CA 1bp_insertion CDS_variant 1 A14
Chr5:31249596 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A25
Chr5:31249660 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A25,B136
Chr5:31249665 AT A 1bp_deletion frameshift_variant 1 C83
Chr5:31249665 AT A 1bp_deletion CDS_variant 1 C83
Chr5:31249682 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C75,C82
Chr5:31249812 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B71
Chr5:31249826 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B108,C83,D8

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955588.1
ATGGATCTCAATGGGCTAATCAGAGCTCATTCAAGTGCCATCCGACCAGATTTGACAGCTCCCAACAAGTTATTGAGGCTTCGGTTCTCTCTCGAACACATTGTGTATGATAGGATATGCAATGTCCTAAAGTTCAAGAATATGCACAATGTAGTGCATGTTGATGAGAAGTGGTTCTACATCACATCAAACCACAAATTTTACTTGACTCCAGCAGAAATAGATCCACATCGCACATGCAAAAGTAAGAAGTTCATTAA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025799
ATGGATCTCAATGGGCTAATCAGAGCTCATTCAAGTGCCATCCGACCAGATTTGACAGCTCCCAACAAGTTATTGAGGCTTCGGTTCTCTCTCGAACACATTGTGTATGATAGGATATGCAATGTCCTAAAGTTCAAGAATATGCACAATGTAGTGCATGTTGATGAGAAGTGGTTCTACATCACATCAAACCACAAATTTTACTTGACTCCAGCAGAAATAGATCCACATCGCACATGCAAAAGTAAGAAGTTCATTAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811571.1
MDLNGLIRAHSSAIRPDLTAPNKLLRLRFSLEHIVYDRICNVLKFKNMHNVVHVDEKWFYITSNHKFYLTPAEIDPHRTCKSKKFIKKVMFLCAVCRPLFNEDGSVLFDGKIGIFPFTEMVPAKRTSKNREAGTMEEKPIQSITKQVMKDCFIYKLIPAIMAKWPQFASKTIYIQQDNAMPHIKNSDPGFRDAATTNGFDIKIVHQPPNSPDTNINDLGWFRAIQSLQVQSVCTNEGELVKAVQKSKRAELLQAPTHEEE...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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