当前解析结果
SmilChr05G002724| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002724 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002724 |
| 描述 | protein NARROW LEAF 1-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 31339663 - 31345731 / - |
| NCBI Gene ID | LOC131026459 |
|---|---|
| GeneID | 131026459 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC131026459 |
| 原始查询 | SmilChr05G002724 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | protein NARROW LEAF 1-like |
| 产物 | protein NARROW LEAF 1-like |
| Arabidopsis | AT5G45030 (AT5G45030)Trypsin family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:834534] identity=66.1; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high |
| Rice | Os08g0407200 (PAY1)- identity=67.1; qcov=0.987; evalue=0; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF25608 (NAL1_N); PF25819 (Nal1_C) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:131026459 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057812314.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.80000 | XP_057812314.1 |
| 3 | Vesicle | 囊泡 | 0.20000 | XP_057812314.1 |
| 4 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057812314.1 |
| 5 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057812314.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:31340091 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D1 |
Chr5:31340179 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B49,C47,C6 |
Chr5:31340302 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
Chr5:31341008 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C8 |
Chr5:31342674 |
TAA |
T |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B85 |
Chr5:31342674 |
TAA |
T |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | B85 |
Chr5:31344359 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B35,C85 |
Chr5:31344659 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B59,B89 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057812314.1PF25608
NAL1_N 96-175 aa
PF25819
Nal1_C 188-455 aa
XP_057812315.1PF25608
NAL1_N 96-175 aa
PF25819
Nal1_C 188-455 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057812314.1 |
Pfam | PF25608 |
NAL1_N | Domain | 96 | 175 | 7.7e-44 | 148.1 | NARROW LEAF 1 N-terminal domain |
XP_057812314.1 |
Pfam | PF25819 |
Nal1_C | Domain | 188 | 455 | 1.4e-159 | 530.1 | Nal1 C-terminal domain |
XP_057812315.1 |
Pfam | PF25608 |
NAL1_N | Domain | 96 | 175 | 7.7e-44 | 148.1 | NARROW LEAF 1 N-terminal domain |
XP_057812315.1 |
Pfam | PF25819 |
Nal1_C | Domain | 188 | 455 | 1.4e-159 | 530.1 | Nal1 C-terminal domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。