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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002727

染色体: Chr05 坐标: 31380289-31384080 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002727
名称SmilChr05G002727
描述60S ribosomal protein L18a-like protein
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向31380289 - 31384080 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026462
GeneID131026462
locus_tag-
NCBI NameLOC131026462
原始查询SmilChr05G002727

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述60S ribosomal protein L18a-like protein
产物60S ribosomal protein L18a-like protein
ArabidopsisAT1G17080 (AT1G17080)
Ribosomal protein L18ae family [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838278]
identity=57.2; qcov=1.07; evalue=1.51e-54; confidence=high
RiceOs01g0667100
-
identity=57; qcov=1.01; evalue=2.63e-40; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026462

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057812321.1
2 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057812320.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.60000 XP_057812320.1
4 Membrane raft 膜筏 0.20000 XP_057812321.1
5 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812321.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:31380743 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C35
Chr5:31382129 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 17 A23,B120,B128,B14,B17,B55,B56,B70,B79,B85,B96,C23,C27,C39,C53,C74,C81
Chr5:31382281 CA C 1bp_deletion frameshift_variant 53 A16,A22,A4,B105,B110,B120,B125,B135,B140,B18,B21,B24,B25,B44,B47,B56,B58,B6,B60,B63,B68,B8,B82,B85,B86,B91,B95,B96,C10,C12,C14,C15,C16,C18,C29,C35,C37,C38,C42,C48,C56,C63,C64,C65,C66,C70,C72,C8,C86,D1,D10,D2,D5
Chr5:31383827 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B94,C35

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956338.1
TGTAGGTGTTTCACATTTATTTTCCACCTGTTTTGCCTTGGGGAATTTGACAAATATATTATATAAAAATATATGAAAAAGACATGATAATCTCCATCAACTGGTCCGTCGACAGCATCATTATCGTCTCATCTCACTGTTAGTCAATCAGCGCCAACGTTTTCTTCCCGCAGAATTAAGGATTTCATTTTTCCGAAACTCAATCTTTGCTCAAGATTCAATCTTTTCAGCAGAATTTCCTCAAAGAAAGGAGATACACA...
XM_057956337.1
TAGGTGTTTCACATTTATTTTCCACCTGTTTTGCCTTGGGGAATTTGACAAATATATTATATAAAAATATATGAAAAAGACATGATAATCTCCATCAACTGGTCCGTCGACAGCATCATTATCGTCTCATCTCACTGTTAGTCAATCAGCGCCAACGTTTTCTTCCCGCAGAATTAAGGATTTCATTTTTCCGAAACTCAATCTTTGCTCAAGATTCAATCTTTTCAGCAGAATTTCCTCAAAGAAAGGAGATACACATA...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC131026462
ATGAGTGAAGAGAAAAAAGAGGGCTATCATCAACACCATGAGCATCCACCTCCGCCGCCGTACGGAACATTCCAGGGCGTAGCCAACCACCCTCCGTCGCCGGCCATGGGCTTCCCCCAGCCTGTTCCACCGCCTGGCCTTTCCGGTGCTCCTCCGCCGCAATCTCACTATTACGCTCACGGTTATCAAGCTGTCCCAGGTTATGCTGCTGTTGCAACTGGAAGGCCTGTAAGGGAGCAGCGACTTCCTTGCTGTGGAAT...
LOC131026462
ATGAGTGAAGAGAAAAAAGAGGGCTATCATCAACACCATGAGCATCCACCTCCGCCGCCGTACGGAACATTCCAGGGCGTAGCCAACCACCCTCCGTCGCCGGCCATGGGCTTCCCCCAGCCTGTTCCACCGCCTGGCCTTTCCGGTGCTCCTCCGCCGCAATCTCACTATTACGCTCACGGTTATCAAGCTGTCCCAGGTTATGCTGCTGTTGCAACTGGAAGGCCTGTAAGGGAGCAGCGACTTCCTTGCTGTGGAAT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057812320.1
MSEEKKEGYHQHHEHPPPPPYGTFQGVANHPPSPAMGFPQPVPPPGLSGAPPPQSHYYAHGYQAVPGYAAVATGRPVREQRLPCCGIGLGWFLFIIGFFLAGIPWYVAALLLICSRIDPREKPGYVACTIAVSILIYSFSLFSTYFKVGLLLPGAALTSSGSDLNVSVPVVLFHSPCITNKETNSKVDRAISVCSGYTKINFSPLLLSH
XP_057812321.1
MSEEKKEGYHQHHEHPPPPPYGTFQGVANHPPSPAMGFPQPVPPPGLSGAPPPQSHYYAHGYQAVPGYAAVATGRPVREQRLPCCGIGLGWFLFIIGFFLAGIPWYVAALLLICSRIDPREKPGYVACTIAAVMAAIAVIFGLTRIDD

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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