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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002730

染色体: Chr05 坐标: 31449081-31453089 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002730
名称SmilChr05G002730
描述cytochrome P450 CYP72A219-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向31449081 - 31453089 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131026464
GeneID131026464
locus_tag-
NCBI NameLOC131026464
原始查询SmilChr05G002730

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述cytochrome P450 CYP72A219-like
产物cytochrome P450 CYP72A219-like
ArabidopsisAT3G14690 (CYP72A15)
cytochrome P450, family 72, subfamily A, polypeptide 15 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:820697]
identity=52.3; qcov=0.974; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0627500 (OsCYP72A18)
-
identity=49; qcov=0.972; evalue=0; confidence=high
GOGO:0004497 (monooxygenase activity); GO:0005506 (iron ion binding); GO:0016705 (oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen); GO:0020037 (heme binding)
KEGG-
PfamPF00067 (p450)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131026464

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 1.00000 XP_057812323.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057812323.1
3 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057812323.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057812323.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057812323.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:31449277 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr5:31451396 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B22,D9
Chr5:31451405 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B14
Chr5:31451925 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B24,B44,C35
Chr5:31452026 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C83
Chr5:31452386 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B130,B136,C33
Chr5:31452492 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B10,B17
Chr5:31452495 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 A8,B35
Chr5:31452657 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B41
Chr5:31452663 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B17

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812323.1
504 aa
N
1
252
504
p450
C
PF00067 p450 80-480 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057812323.1 Pfam PF00067 p450 Domain 80 480 1.8e-79 268.4 Cytochrome P450

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057956340.1
AGTTAACCCTAGCCCCTCCCCAGAAGAAGAAAGAAAGAAAATGTTTGCAATGTTGTTATTTTTGTCAATGATATATATGGGTTGGAAGATTGTAAATTGGGTGTGGATTAGGCCTAAGAAGATCGAGAAACAGCTGAGGGCGCAAGGCCTCGCTGGGAACCCTTACAGGCTGCTGTACGGAGACACCAACGACATGGCCGCCATGATCAGCCGAGCAAAATCCAACCCCATCAAACTCTCCGACGACATCGTGCCCAGAG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131026464
ATGTTTGCAATGTTGTTATTTTTGTCAATGATATATATGGGTTGGAAGATTGTAAATTGGGTGTGGATTAGGCCTAAGAAGATCGAGAAACAGCTGAGGGCGCAAGGCCTCGCTGGGAACCCTTACAGGCTGCTGTACGGAGACACCAACGACATGGCCGCCATGATCAGCCGAGCAAAATCCAACCCCATCAAACTCTCCGACGACATCGTGCCCAGAGTCTTGCCGCTCCACCACCACGTCATCAACAAATACGGAAA...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057812323.1
MFAMLLFLSMIYMGWKIVNWVWIRPKKIEKQLRAQGLAGNPYRLLYGDTNDMAAMISRAKSNPIKLSDDIVPRVLPLHHHVINKYGKASFIWIGPVARVLIMEPELIKQILINNHIFKKPTHNPLAKFLVCGLSGYEDQKWAKHRRIITPAFYVEKLKHMVPAMHTSCCEMIKKWEKLVVEEKKGIEIDVQPYLEDLTSEIIARTAFGSRHEEGRRIFELQKEQSELTRQVLQSVYIPGWRYIPTKRNRRMKEINNQVCR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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