Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002741

染色体: Chr05 坐标: 31579540-31582866 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002741
名称SmilChr05G002741
描述uncharacterized SmilChr05G002741
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向31579540 - 31582866 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025805
GeneID131025805
locus_tag-
NCBI NameLOC131025805
原始查询SmilChr05G002741

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025805

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811577.1
2 Chromosome 染色体 0.40000 XP_057811577.1
3 Telomere 端粒 0.20000 XP_057811577.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057811577.1
5 Nucleoplasm 核质 0.20000 XP_057811577.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:31579539 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 C21
Chr5:31579543 A AT 1bp_insertion frameshift_variant 41 B103,B104,B105,B111,B118,B128,B134,B136,B137,B16,B36,B39,B50,B58,B60,B65,B70,B73,B8,B81,B83,B97,C15,C16,C18,C25,C31,C36,C38,C49,C5,C50,C55,C56,C57,C59,C64,C66,D1,D6,D9
Chr5:31579616 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B38,B39,C56
Chr5:31579774 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B69,C38,C71
Chr5:31580192 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 C29,C56,C67,C72,D2
Chr5:31580213 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A11,A4,B78,B81
Chr5:31580289 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 3 B38,B39,C13
Chr5:31580289 CT C 1bp_deletion CDS_variant 3 B38,B39,C13
Chr5:31580363 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr5:31580364 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B130
Chr5:31580368 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B53
Chr5:31580374 C CT 1bp_insertion frameshift_variant 80 A1,A11,A13,A14,A15,A19,A20,A24,A3,A4,A6,A8,A9,B105,B106,B11,B110,B111,B114,B121,B129,B133,B134,B137,B139,B18,B19,B22,B23,B25,B29,B33,B45,B52,B55,B57,B6,B60,B66,B73,B74,B75,B79,B81,B86,B87,B88,B9,B97,B99,C10,C26,C27,C28,C30,C31,C35,C36,C37,C39,C41,C48,C50,C51,C52,C54,C59,C7,C71,C75,C76,C77,C79,C82,C83,C84,D1,D11,D3,D9

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955594.1
CTCACTATCATAACAGCTTAAAAATGATTTTTTTAAATATCAATTGAATTTGTTTCTACGCTAACACCAAGTTAATTCGAAACCAAAAGGCTAAACTCACATGCTGGTGACATAAAAACTGCACAGCAGAATAAACTAATCAGCAATATTATATCTAATAATCTGTGCTTCGTAACAAACCCACATTGTATCACCTCCATTACTCTTTCTCTCACTCTCTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTTTACCTAAATCTTTTTTCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025805
ATGAGGAAGATAACCAAGTCTACTACAATTGGGAAGCAACACAGAAAGTTTCAAACAAGTGAAGATGATTTGAGTCATCAGCCATTTAAATTGCCGCGTATTAATGTGTCTACAAGTCAACGTGGAGCACCTTTCAGAGATATAACTAATGTTGTGGGAAGTAGTTCATCTTCTCGGAATAACACATTTCAAGTGAATGAATCATGTCCCTCACAAGATCATATAATTCACACAAGTAGTAATAAAATGTCAGATTTTAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811577.1
MRKITKSTTIGKQHRKFQTSEDDLSHQPFKLPRINVSTSQRGAPFRDITNVVGSSSSSRNNTFQVNESCPSQDHIIHTSSNKMSDFIDLTDEGFAGVHAQKSMIAQALSSKSFTPEMMTIDPLIINLEEAEDSNPLPSSACDERLPTTHDGTLASSIMDCNPIPSDIEEESENSDDDSTADMEEFCSYSATSGMCPNLNQKKN

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器