Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002742`

染色体: Chr05 坐标: 31589091-31593529 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002742`
名称	SmilChr05G002742
描述	peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP42-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	31589091 - 31593529 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131026474`
GeneID	`131026474`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131026474`
原始查询	`SmilChr05G002742`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP42-like
产物	peptidyl-prolyl cis-trans isomerase FKBP42-like
Arabidopsis	`AT3G21640` (TWD1) FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821718] identity=73.6; qcov=1; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os12g0145500` (OsFKBP42a) - identity=73.7; qcov=0.959; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0003755 (peptidyl-prolyl cis-trans isomerase activity); GO:0005515 (protein binding)
KEGG	-
Pfam	PF00254 (FKBP_C); PF13181 (TPR_8)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131026474

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057812332.1`
2	Cytoplasm	细胞质	0.80000	`XP_057812332.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.40000	`XP_057812332.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057812332.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057812332.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:31589420`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B102,B124
`Chr5:31590622`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B96
`Chr5:31591948`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B47,B78,C33,C61
`Chr5:31592021`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B32,B5,B57

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057812332.1

365 aa

182

365

FKBP_C

TPR_8

PF00254 FKBP_C 64-158 aa PF13181 TPR_8 267-298 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057812332.1`	Pfam	`PF00254`	FKBP_C	Domain	64	158	3e-15	57.0	FKBP-type peptidyl-prolyl cis-trans isomerase
`XP_057812332.1`	Pfam	`PF13181`	TPR_8	Repeat	267	298	5e-06	27.0	Tetratricopeptide repeat

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057956349.1
CAGAACTGGATCGGGGTATTTCACCATTTTGGTTCCGGCTAGTGGTCAATAGTTTAAGCCCCAAACCGTTGATGATGGACTGGTTTCGGATCGGTTCATCGGAATGCGTTAACGGTTAACCGATAGATTTACTACTCACCCTAAAGTAAATAAAGAAATAAATTCCTCACTGGCCCTCTCTAATCTCTATGTGCAGAATCTTCTCGAACTCTCTCAAATTCCTTTCCAAAATTTCCAGCGAAACTCACATTTCTAGCACT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131026474
ATGGTGGAAGTGGAGGAGCACCAGAGAGCACATTCAGATCAAGATGGAGAAGATGATATAGTTGTTGAAGGCGCCTCTGTTGTTAATGGAGAACCTCCCCAAGATGAAAGTGGTCCTCCTAAAGTAGATTCTGAAGTGGAAGTTCTTCATGAGAAAGTGAGGAAGCAAATTATTAAGAAGGGCCATGGCCAGAAGCCATCAAAATATTCAACATGCTTCTTGCATTACAGAGCATGGACTGAAAGCACACTACACAAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057812332.1
MVEVEEHQRAHSDQDGEDDIVVEGASVVNGEPPQDESGPPKVDSEVEVLHEKVRKQIIKKGHGQKPSKYSTCFLHYRAWTESTLHKFEDTWHEQQPLELVLGKEKTEMTGLAVGISSMKSGERALLHVGWELGYGKEGNFSFPNVAPMADIVYEVELIGFDETKEGKARGDMTVEERIGSADRRKMDGNALFKEEKLEAAMQQYEMAIAYLGDDFMFQLFGKYRDMALAVKNPCHLNMAACLIKLKRYDEAIAQCGIVLV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器