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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002750

染色体: Chr05 坐标: 31722956-31724159 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002750
名称SmilChr05G002750
描述proline-rich receptor-like protein kinase PERK1
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向31722956 - 31724159 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025807
GeneID131025807
locus_tag-
NCBI NameLOC131025807
原始查询SmilChr05G002750

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述proline-rich receptor-like protein kinase PERK1
产物proline-rich receptor-like protein kinase PERK1
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025807

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811579.1
2 Chromosome 染色体 1.00000 XP_057811579.1
3 Nucleoplasm 核质 0.60000 XP_057811579.1
4 Nuclear body 核内小体 0.20000 XP_057811579.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811579.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:31722979 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 36 A1,B102,B105,B122,B140,B29,B30,B32,B36,B44,B55,B58,B63,B66,B73,B84,B90,B92,C21,C25,C26,C27,C39,C41,C47,C52,C54,C56,C61,C70,C79,C8,C81,C84,D3,D8
Chr5:31722993 A AG 1bp_insertion frameshift_variant 49 A1,A14,A15,A7,B103,B105,B106,B113,B117,B127,B128,B131,B17,B2,B29,B34,B37,B46,B53,B56,B67,B76,B78,B79,B83,B93,B94,B95,B96,C19,C2,C33,C34,C35,C37,C38,C45,C46,C49,C52,C55,C57,C60,C68,C71,C75,C8,C83,D10
Chr5:31723003 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 4 B38,B39,B69,C5
Chr5:31723003 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B38,B39,B69,C5
Chr5:31723033 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A18,B30,B45,B47,D2
Chr5:31723041 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D10
Chr5:31723069 G A EMS_canonical_SNV stop_gained 8 B107,B15,B53,B75,B84,C28,C31,C6
Chr5:31723100 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B13
Chr5:31723177 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B9,C79
Chr5:31723191 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B127,B23,C10,C19
Chr5:31723195 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,C10,C19
Chr5:31723197 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B127,C10,C19

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955596.1
ATGCTTTGGCAAGGCAACTGGGTGACCCAGATCATCCTCAAGAGAACCAGTCACATTCAGGTCTACTGGCCAGAGCAGCTGAAGGTGACTGGTCATTTCCGTCTCTTCAAGCAGGTGAAGGGAGGCTCCAAAACCTCCATGTCGACAAAATTGAAGGGAGTCTCTGAACCTTCTTCATTAGAGACTGAAACTCCAGTGTCTCCAACTGAAGTTTCTAAGCCTTCTTCCAGGCCTAAGCCTTCTGCCATCTATTCTGAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025807
ATGCTTTGGCAAGGCAACTGGGTGACCCAGATCATCCTCAAGAGAACCAGTCACATTCAGGTCTACTGGCCAGAGCAGCTGAAGGTGACTGGTCATTTCCGTCTCTTCAAGCAGGTGAAGGGAGGCTCCAAAACCTCCATGTCGACAAAATTGAAGGGAGTCTCTGAACCTTCTTCATTAGAGACTGAAACTCCAGTGTCTCCAACTGAAGTTTCTAAGCCTTCTTCCAGGCCTAAGCCTTCTGCCATCTATTCTGAAAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811579.1
MLWQGNWVTQIILKRTSHIQVYWPEQLKVTGHFRLFKQVKGGSKTSMSTKLKGVSEPSSLETETPVSPTEVSKPSSRPKPSAIYSEMPSDIPLRPHSTPKKTTTKPKSKTKTKSGRISIRAAPLETGASAAPAPQKPLPTEAIKPLEEVPRTESREKTPVSEKMTSAEPNPPEGQIVDLTDEQAPSPPPEDLVADAIKVDVNTGQIAAKGFIPNIRDFPAEDVQITSAGQATKTKTSEATFVGASTQEVLPQKELLLLFR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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