Red Sage Omics 丹参基因组信息平台
首页 基因查询 ID 对照表 功能注释 结构域预测 Pfam 基因组工具 蛋白互作 亚细胞定位 表达量 共表达 同源/共线性 GO/KEGG 注释 TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变 JBrowse BLAST 下载 关于 帮助
数据资源
ID 对照表 功能注释 功能检索 次生代谢专题 文献证据 结构域预测 Pfam 同源/共线性
分析工具
基因组工具 引物设计 同源重组引物设计 核酸翻译 BLAST 蛋白互作 亚细胞定位 共表达 GO/KEGG 注释 功能检索
调控/突变
TF 结合位点 TF 靶基因 EMS 突变
帮助
关于 帮助 资源与版本
中文 EN

Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002788

染色体: Chr05 坐标: 32587537-32597710 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002788
名称SmilChr05G002788
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53440
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向32587537 - 32597710 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986875
GeneID130986875
locus_tag-
NCBI NameLOC130986875
原始查询SmilChr05G002788

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53440
产物probable LRR receptor-like serine/threonine-protein kinase At1g53440
ArabidopsisAT1G53440 (AT1G53440)
Leucine-rich repeat transmembrane protein kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:841779]
identity=60.2; qcov=1.03; evalue=0; confidence=high
RiceOs08g0203400 (SHR5)
-
identity=41.3; qcov=0.955; evalue=0; confidence=medium
GOGO:0004672 (protein kinase activity); GO:0005515 (protein binding); GO:0005524 (ATP binding); GO:0006468 (protein phosphorylation)
KEGG-
PfamPF00069 (Pkinase); PF00560 (LRR_1); PF07714 (PK_Tyr_Ser-Thr); PF11721 (Malectin); PF13855 (LRR_8); PF23598 (LRR_14)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986875

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cell membrane 细胞膜 1.00000 XP_057766388.1
2 Nucleus 细胞核 0.00000 XP_057766388.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766388.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766388.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057766388.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:32589056 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B112,C61,C82,C86
Chr5:32594614 TG T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B128
Chr5:32594614 TG T 1bp_deletion CDS_variant 1 B128
Chr5:32595001 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C28
Chr5:32595277 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 B122,B130,B31,B80,C47
Chr5:32597319 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B122,B58

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766388.1
1014 aa
N
1
507
1014
LRR_1
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Malectin
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00560 LRR_1 115-137 aa PF00560 LRR_1 186-208 aa PF13855 LRR_8 283-341 aa PF00560 LRR_1 307-328 aa PF00560 LRR_1 330-350 aa PF11721 Malectin 408-588 aa PF00069 Pkinase 664-930 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 666-931 aa
XP_057766389.1
990 aa
N
1
495
990
LRR_1
LRR_14
LRR_1
LRR_8
LRR_1
LRR_1
Malectin
Pkinase
PK_Tyr_Ser-Thr
C
PF00560 LRR_1 115-137 aa PF23598 LRR_14 176-336 aa PF00560 LRR_1 186-208 aa PF13855 LRR_8 259-317 aa PF00560 LRR_1 283-304 aa PF00560 LRR_1 306-326 aa PF11721 Malectin 384-564 aa PF00069 Pkinase 640-906 aa PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr 642-907 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766388.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 115 137 8.6e-22 73.3 Leucine Rich Repeat
XP_057766388.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 186 208 8.6e-22 73.3 Leucine Rich Repeat
XP_057766388.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 283 341 3.5e-19 69.0 Leucine rich repeat
XP_057766388.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 307 328 8.6e-22 73.3 Leucine Rich Repeat
XP_057766388.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 330 350 8.6e-22 73.3 Leucine Rich Repeat
XP_057766388.1 Pfam PF11721 Malectin Domain 408 588 5.8e-35 121.4 Malectin domain
XP_057766388.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 664 930 3.1e-46 158.6 Protein kinase domain
XP_057766388.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 666 931 5e-48 164.4 Protein tyrosine and serine/threonine kinase
XP_057766389.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 115 137 3.2e-21 71.5 Leucine Rich Repeat
XP_057766389.1 Pfam PF23598 LRR_14 Repeat 176 336 7.2e-27 94.8 Leucine-rich repeat region
XP_057766389.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 186 208 3.2e-21 71.5 Leucine Rich Repeat
XP_057766389.1 Pfam PF13855 LRR_8 Repeat 259 317 2.3e-16 60.0 Leucine rich repeat
XP_057766389.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 283 304 3.2e-21 71.5 Leucine Rich Repeat
XP_057766389.1 Pfam PF00560 LRR_1 Repeat 306 326 3.2e-21 71.5 Leucine Rich Repeat
XP_057766389.1 Pfam PF11721 Malectin Domain 384 564 5.6e-35 121.5 Malectin domain
XP_057766389.1 Pfam PF00069 Pkinase Domain 640 906 3e-46 158.7 Protein kinase domain
XP_057766389.1 Pfam PF07714 PK_Tyr_Ser-Thr Domain 642 907 4.7e-48 164.5 Protein tyrosine and serine/threonine kinase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910405.1
AATCCGACCAAGTCAAATTCATGTCTGTCAAAACCAGTTTGCTTCTTTCTTTGTTTTCGCTTATTATATCCATATGCGATGAATCCTTCCTCTCAACTGCTTCTCTATTTTATCTCTTTTGTTTCTCTCCCGCCATTCATTCTCACTACTCTTTCTTTGTAGAATGTGTTTTGATTTCCTCTGCACGCTCCTTTTACTTTCATTTTTCTCAATCTAACTGAGGAGGAATTTCGTTGTGTTTTGGCAATGGATTTTTTCAT...
XM_057910406.1
CCGACCAAGTCAAATTCATGTCTGTCAAAACCAGTTTGCTTCTTTCTTTGTTTTCGCTTATTATATCCATATGCGATGAATCCTTCCTCTCAACTGCTTCTCTATTTTATCTCTTTTGTTTCTCTCCCGCCATTCATTCTCACTACTCTTTCTTTGTAGAATGTGTTTTGATTTCCTCTGCACGCTCCTTTTACTTTCATTTTTCTCAATCTAACTGAGGAGGAATTTCGTTGTGTTTTGGCAATGGATTTTTTCATCGC...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA
LOC130986875
ATGGATTTTTTCATCGCCGAAAGGGCGAATTTCGTGGAGAAGATCATTCTGGCTAGTCTGTTTGCAACTATACTTCTCATGTCTGACGCTCAACTTCTGCCTCAATCTGAAGTTGAAGTTCTTCAAACAATATCCTCAAAGCTACACAACACTTATTGGAACTATCTTAATCGAAGCTCTTGCAGTGGTGGATTTAACGTCACCATTTGGGGGAGCGATGTATACAGCGGCATAGCATGCAACTGTTCCTTTAACAGCAG...
LOC130986875
ATGGATTTTTTCATCGCCGAAAGGGCGAATTTCGTGGAGAAGATCATTCTGGCTAGTCTGTTTGCAACTATACTTCTCATGTCTGACGCTCAACTTCTGCCTCAATCTGAAGTTGAAGTTCTTCAAACAATATCCTCAAAGCTACACAACACTTATTGGAACTATCTTAATCGAAGCTCTTGCAGTGGTGGATTTAACGTCACCATTTGGGGGAGCGATGTATACAGCGGCATAGCATGCAACTGTTCCTTTAACAGCAG...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA
XP_057766388.1
MDFFIAERANFVEKIILASLFATILLMSDAQLLPQSEVEVLQTISSKLHNTYWNYLNRSSCSGGFNVTIWGSDVYSGIACNCSFNSSTECHVTHIQMKGLNMTGTLPEEFVNLTHLQEIDFSRNYLNGSIPTAFGQLQIVKLSLLGNRISGRIPAEIGDIATLEELILEDNLLEGNLPENLGSLSNLKRLLLSANNLNGTIPVQFRNLRNLTDFRIDGNSLSGKLPDFIGNWTQITRLDMQGTSMEGPIPAAISQLKNLT...
XP_057766389.1
MDFFIAERANFVEKIILASLFATILLMSDAQLLPQSEVEVLQTISSKLHNTYWNYLNRSSCSGGFNVTIWGSDVYSGIACNCSFNSSTECHVTHIQMKGLNMTGTLPEEFVNLTHLQEIDFSRNYLNGSIPTAFGQLQIVKLSLLGNRISGRIPAEIGDIATLEELILEDNLLEGNLPENLGSLSNLKRLRIDGNSLSGKLPDFIGNWTQITRLDMQGTSMEGPIPAAISQLKNLTELRITDVKGTSMTFPNLQNLTEIR...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器