Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002798`

染色体: Chr05 坐标: 32740159-32781470 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002798`
名称	SmilChr05G002798
描述	probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	32740159 - 32781470 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986884`
GeneID	`130986884`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986884`
原始查询	`SmilChr05G002798`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
产物	probable U3 small nucleolar RNA-associated protein 11
Arabidopsis	`AT3G60360` (EDA14) embryo sac development arrest 14 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825207] identity=52.3; qcov=0.83; evalue=1.01e-23; confidence=medium
Rice	`Os01g0810000` - identity=50; qcov=0.849; evalue=2.62e-22; confidence=medium
GO	GO:0005730 (nucleolus); GO:0006364 (rRNA processing); GO:0032040 (small-subunit processome)
KEGG	-
Pfam	PF03998 (Utp11)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986884

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Nucleus	细胞核	1.00000	`XP_057766401.1`
2	Chromosome	染色体	0.40000	`XP_057766401.1`
3	Nucleoplasm	核质	0.20000	`XP_057766401.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766401.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057766401.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:32740319`	`CCT`	`C`	2bp_deletion	frameshift_variant	6	A16,A9,B65,B86,C29,C83
`Chr5:32740433`	`T`	`TA`	1bp_insertion	frameshift_variant	11	A14,B109,B140,B20,B55,B89,B90,C15,C16,C37,C43
`Chr5:32740556`	`GT`	`G`	1bp_deletion	frameshift_variant	14	B109,B119,B140,B19,B34,B47,B5,B55,B65,B83,B89,B90,C16,C43
`Chr5:32740595`	`T`	`TC`	1bp_insertion	frameshift_variant	2	B119,B65
`Chr5:32740595`	`T`	`TC`	1bp_insertion	CDS_variant	2	B119,B65

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766401.1

106 aa

106

Utp11

PF03998 Utp11 20-93 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766401.1`	Pfam	`PF03998`	Utp11	Family	20	93	1.9e-07	32.0	Utp11 protein

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XR_009089468.1
ATGCCTAATTCCCCAATCCCATTCCCTGGAATCCCTGCCCTCCCGTCTCTGAACACCGGCGCTCCCTCGGCGCCGGCCCTGCATCGATCTACCCCATTCAATATTTCTCTCTCTTCAAGCATCTCAAACCATTTCCGACCATGGAGGTGTTGAAAGCTTAATACTGCACTTTCCAACCACGATTCGCTTCGCTGGGCTCCCCCGCGATCTACCACCTCGCTTTCCCCCTCCCCCACCGCGATGCGCCGGCCCTGCATCGA...

XM_057910418.1
ATGCCTAATTCCCCAATCCCATTCCCTGGAATCCCTGCCCTCCCGTCTCTGAACACCGGCGCTCCCTCGGCGCCGGCCCTGCATCGATCTACCCCATTCAATATTTCTCTCTCTTCAAGCATCTCAAACCATTTCCGACCATGGAGGTGTTGAAAGCTTAATACTGCACTTTCCAACCACGATTCGCTTCGCTGGGCTCCCCCGCGATCTACCACCTCGCTTTCCCCCTCCCCCACCGCGATGCGCCGGCCCTGCATCGA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986884
ATGAGGTTTTCTCCTCCATGGACTGAAGCAATAGAAATTCGAGCTCAGGCTTCTGAACACAGAGAAAACCACTCTTTTGAAGACTTTCCCAAAGATATTAAAAGGAAGATAATTGCTTCATACCGTGAGCTAGAGGCTAGAAGAAGCCGAGTTAAAGAGCTAGAGAAGATATACATGGATATGGCAATGCAGAAAGAACTGCAGAAAAAGGGTCGAAAACGAAAGCTTCTTGAAGATGAAATTGTTTATCCAACGGCAGG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766401.1
MRFSPPWTEAIEIRAQASEHRENHSFEDFPKDIKRKIIASYRELEARRSRVKELEKIYMDMAMQKELQKKGRKRKLLEDEIVYPTAGPVFKWTGNKTPRERERERE

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器