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Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002802

染色体: Chr05 坐标: 32781802-32785703 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002802
名称SmilChr05G002802
描述uncharacterized SmilChr05G002802
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向32781802 - 32785703 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986888
GeneID130986888
locus_tag-
NCBI NameLOC130986888
原始查询SmilChr05G002802

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述SEC61; symbol=SEC61; hit=Os09g0347700; species=rice; confidence=high
产物SEC61; symbol=SEC61; hit=Os09g0347700; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT2G34250 (AT2G34250)
SecY protein transport family protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:817986]
identity=93.9; qcov=1; evalue=0; confidence=high
RiceOs09g0347700 (SEC61)
-
identity=95; qcov=1; evalue=0; confidence=high
GOGO:0005048 (signal sequence receptor activity); GO:0005784 (Sec61 translocon complex); GO:0006616 (SRP-dependent cotranslational protein targeting to membrane, translocation); GO:0008320 (transmembrane protein transporter activity); GO:0016020 (membrane); GO:0031204 (post-translational protein targeting to membrane, translocation); GO:0043022 (ribosome binding)
KEGGsmil03060 (Protein export - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04141 (Protein processing in endoplasmic reticulum - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil04145 (Phagocytosis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
PfamPF00344 (SecY); PF10559 (Plug_translocon)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986888

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057766403.1
2 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.80000 XP_057766403.1
3 Chloroplast thylakoid 类囊体 0.20000 XP_057766403.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057766403.1
5 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057766403.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:32783110 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C28
Chr5:32783246 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B40
Chr5:32783310 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:32783713 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B38
Chr5:32783885 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B107,C28
Chr5:32784125 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B121,B99,C4
Chr5:32784135 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B140
Chr5:32784262 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B121,B27,B99,C4

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766403.1
475 aa
N
1
238
475
Plug_translocon
SecY
C
PF10559 Plug_translocon 42-76 aa PF00344 SecY 77-459 aa
XP_057766404.1
475 aa
N
1
238
475
Plug_translocon
SecY
C
PF10559 Plug_translocon 42-76 aa PF00344 SecY 77-459 aa
XP_057766405.1
475 aa
N
1
238
475
Plug_translocon
SecY
C
PF10559 Plug_translocon 42-76 aa PF00344 SecY 77-459 aa
XP_057766406.1
475 aa
N
1
238
475
Plug_translocon
SecY
C
PF10559 Plug_translocon 42-76 aa PF00344 SecY 77-459 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766403.1 Pfam PF10559 Plug_translocon Domain 42 76 1.2e-17 64.0 Plug domain of Sec61p
XP_057766403.1 Pfam PF00344 SecY Family 77 459 1.2e-80 271.9 SecY
XP_057766404.1 Pfam PF10559 Plug_translocon Domain 42 76 1.2e-17 64.0 Plug domain of Sec61p
XP_057766404.1 Pfam PF00344 SecY Family 77 459 1.2e-80 271.9 SecY
XP_057766405.1 Pfam PF10559 Plug_translocon Domain 42 76 1.2e-17 64.0 Plug domain of Sec61p
XP_057766405.1 Pfam PF00344 SecY Family 77 459 1.2e-80 271.9 SecY
XP_057766406.1 Pfam PF10559 Plug_translocon Domain 42 76 1.2e-17 64.0 Plug domain of Sec61p
XP_057766406.1 Pfam PF00344 SecY Family 77 459 1.2e-80 271.9 SecY

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

4 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910422.1
CTAAATGCGGAGTAATAAAAAACGCTCTCCGACGATATAAATAATAAAATCCAGTATTTGGGAGAATAAACCAAAACGCTCTCCCAACTAGCAAATTCCGACCGATCTTGACTGTTCCTGAATAATTTAATCAACGAGAATGGGAGGTGGATTTAGAGTGCTCCATCTGGTTCGACCTTTCCTTTCGTTTCTCCCAGAGGTTCAAAGTGCAGACAGGAAGGTTCCGTTCAGAGAGAAGGTTATATACACTGTCATATCTC...
XM_057910423.1
GACCGATCTTGACTGGTTTGTAAAATTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCGCATTCTGATTATCCTCAGATCTGTTTCGTAATTTCCTGAATAATTTAATCAACGAGAATGGGAGGTGGATTTAGAGTGCTCCATCTGGTTCGACCTTTCCTTTCGTTTCTCCCAGAGGTTCAAAGTGCAGACAGGAAGGTTCCGTTCAGAGAGAAGGTTATATACACTGTCATATCTCTGTTCATTTTCCTGGTCTGCAGCCAGCTTCCATTG...

CDS

4 records

下载 CDS FASTA
LOC130986888
ATGGGAGGTGGATTTAGAGTGCTCCATCTGGTTCGACCTTTCCTTTCGTTTCTCCCAGAGGTTCAAAGTGCAGACAGGAAGGTTCCGTTCAGAGAGAAGGTTATATACACTGTCATATCTCTGTTCATTTTCCTGGTCTGCAGCCAGCTTCCATTGTATGGCATACACTCTACAACTGGCGCAGATCCATTCTATTGGATGCGTGTCATTCTTGCCTCAAACAGAGGCACAGTGATGGAGCTTGGAATAACCCCAATAGT...
LOC130986888
ATGGGAGGTGGATTTAGAGTGCTCCATCTGGTTCGACCTTTCCTTTCGTTTCTCCCAGAGGTTCAAAGTGCAGACAGGAAGGTTCCGTTCAGAGAGAAGGTTATATACACTGTCATATCTCTGTTCATTTTCCTGGTCTGCAGCCAGCTTCCATTGTATGGCATACACTCTACAACTGGCGCAGATCCATTCTATTGGATGCGTGTCATTCTTGCCTCAAACAGAGGCACAGTGATGGAGCTTGGAATAACCCCAATAGT...

Protein

4 records

下载 Protein FASTA
XP_057766403.1
MGGGFRVLHLVRPFLSFLPEVQSADRKVPFREKVIYTVISLFIFLVCSQLPLYGIHSTTGADPFYWMRVILASNRGTVMELGITPIVTSGLVMQLLAGSKIIEVDNNVREDRALLNGAQKLLGILIAVGEAVAYVLSGMYGSVGQLGVGNAILIILQLCFAGIIVICLDELLQKGYGLGSGISLFIATNICENIIWKAFSPTTINSGRGAEFEGAVIALFHLLITRTDKVRALREAFYRQNLPNVTNLLATVLVFLIVIY...
XP_057766404.1
MGGGFRVLHLVRPFLSFLPEVQSADRKVPFREKVIYTVISLFIFLVCSQLPLYGIHSTTGADPFYWMRVILASNRGTVMELGITPIVTSGLVMQLLAGSKIIEVDNNVREDRALLNGAQKLLGILIAVGEAVAYVLSGMYGSVGQLGVGNAILIILQLCFAGIIVICLDELLQKGYGLGSGISLFIATNICENIIWKAFSPTTINSGRGAEFEGAVIALFHLLITRTDKVRALREAFYRQNLPNVTNLLATVLVFLIVIY...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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