当前解析结果
SmilChr05G002812| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002812 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002812 |
| 描述 | multiprotein-bridging factor 1a-like |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 33001603 - 33005344 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986897 |
|---|---|
| GeneID | 130986897 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986897 |
| 原始查询 | SmilChr05G002812 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | multiprotein-bridging factor 1a-like |
| 产物 | multiprotein-bridging factor 1a-like |
| Arabidopsis | AT3G58680 (MBF1B)multiprotein bridging factor 1B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825037] identity=79.6; qcov=1.02; evalue=4.21e-80; confidence=high |
| Rice | Os08g0366100 (Edf)- identity=78.9; qcov=1.02; evalue=6e-72; confidence=high |
| GO | GO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF01381 (HTH_3); PF08523 (MBF1) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986897 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057766419.1 |
| 2 | Nucleolus | 核仁 | 0.80000 | XP_057766419.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057766419.1 |
| 4 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766419.1 |
| 5 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766419.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:33004948 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B104,C54 |
Chr5:33004993 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 4 | A13,B75,C38,C4 |
Chr5:33005037 |
CT |
C |
1bp_deletion | frameshift_variant | 1 | B52 |
Chr5:33005037 |
CT |
C |
1bp_deletion | CDS_variant | 1 | B52 |
Chr5:33005039 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B52 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766419.1PF08523
MBF1 6-76 aa
PF01381
HTH_3 84-136 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766419.1 |
Pfam | PF08523 |
MBF1 | Family | 6 | 76 | 6.1e-23 | 81.8 | Multiprotein bridging factor 1 |
XP_057766419.1 |
Pfam | PF01381 |
HTH_3 | Domain | 84 | 136 | 2.1e-13 | 50.8 | Helix-turn-helix |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。