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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002812

染色体: Chr05 坐标: 33001603-33005344 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002812
名称SmilChr05G002812
描述multiprotein-bridging factor 1a-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向33001603 - 33005344 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986897
GeneID130986897
locus_tag-
NCBI NameLOC130986897
原始查询SmilChr05G002812

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述multiprotein-bridging factor 1a-like
产物multiprotein-bridging factor 1a-like
ArabidopsisAT3G58680 (MBF1B)
multiprotein bridging factor 1B [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:825037]
identity=79.6; qcov=1.02; evalue=4.21e-80; confidence=high
RiceOs08g0366100 (Edf)
-
identity=78.9; qcov=1.02; evalue=6e-72; confidence=high
GOGO:0003677 (DNA binding); GO:0005634 (nucleus)
KEGG-
PfamPF01381 (HTH_3); PF08523 (MBF1)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986897

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057766419.1
2 Nucleolus 核仁 0.80000 XP_057766419.1
3 Cytoplasm 细胞质 0.20000 XP_057766419.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766419.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766419.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:33004948 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B104,C54
Chr5:33004993 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A13,B75,C38,C4
Chr5:33005037 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 1 B52
Chr5:33005037 CT C 1bp_deletion CDS_variant 1 B52
Chr5:33005039 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B52

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766419.1
139 aa
N
1
70
139
MBF1
HTH_3
C
PF08523 MBF1 6-76 aa PF01381 HTH_3 84-136 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766419.1 Pfam PF08523 MBF1 Family 6 76 6.1e-23 81.8 Multiprotein bridging factor 1
XP_057766419.1 Pfam PF01381 HTH_3 Domain 84 136 2.1e-13 50.8 Helix-turn-helix

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910436.1
AAAAGCAAAAGGAGATGTTTATTCTCCAGAAAATGTAAAAAAGTCAGTAAACTTTTGTAGAGGCGATATATATTGAGCAAAAAGATATTCTCCTATCCCATTGTTGGTAAAATACAAAATGCCGCACCCATGTGGGCTTTACCAAAACACCGTTCCCAAACAGAACCAGAAGCCGAGCATCTCTCCTATAAATATAAACCCTCCCTAGTCTCATCGCTGAAAGATCCCAAAAATTCTCTTCTATCTTCTTCCTTCATCCA...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986897
ATGGCAGGAATATCACAGGACTGGGAGCCGGTAGTTATCCGCAAGAAGGCGCCCACCTCCGCTGCTCGCAAGGATGAGAAAGCCGTCAACGCTGCCCGCCGCGTCGGAGCAGAGATCGAGACTGTCAAAAAGTCAAATGCGGGGACGAATAAAGCTGCTTCCAGCAGTACCTCATTGAACACTAGGAAGCTTGATGAGGATTCAGAAAATCTTACTCATGACAAGGTTCCGACTGAATTAAAGAAGGCTATCATGCAAGC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766419.1
MAGISQDWEPVVIRKKAPTSAARKDEKAVNAARRVGAEIETVKKSNAGTNKAASSSTSLNTRKLDEDSENLTHDKVPTELKKAIMQARMDKKLTQAQLAQVINEKPQIIQEYESGKAIPNQQIISKLERALGVKLRGKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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