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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002828

染色体: Chr05 坐标: 33546649-33547371 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002828
名称SmilChr05G002828
描述amino-acid permease BAT1 homolog
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向33546649 - 33547371 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986925
GeneID130986925
locus_tag-
NCBI NameLOC130986925
原始查询SmilChr05G002828

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述amino-acid permease BAT1 homolog
产物amino-acid permease BAT1 homolog
ArabidopsisAT2G01170 (BAT1)
bidirectional amino acid transporter 1 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:814645]
identity=78.3; qcov=0.968; evalue=4.47e-47; confidence=medium
RiceOs01g0607200 (OsBAT1)
-
identity=80.4; qcov=0.968; evalue=1.11e-46; confidence=medium
GOGO:0005313 (L-glutamate transmembrane transporter activity); GO:0015180 (L-alanine transmembrane transporter activity); GO:0015185 (gamma-aminobutyric acid transmembrane transporter activity); GO:0015189 (L-lysine transmembrane transporter activity); GO:0015812 (gamma-aminobutyric acid transport); GO:0016020 (membrane); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG-
PfamPF13520 (AA_permease_2)
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986925

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Endoplasmic reticulum 内质网 0.80000 XP_057766477.1
2 Cell membrane 细胞膜 0.40000 XP_057766477.1
3 Endoplasmic reticulum membrane 内质网膜 0.20000 XP_057766477.1
4 Vacuole 液泡 0.20000 XP_057766477.1
5 Vacuole membrane 液泡膜 0.20000 XP_057766477.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

该基因暂未检索到已上线的精选 EMS CDS / LoF 突变,或 EMS 突变库仍在构建。

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766477.1
95 aa
N
1
48
95
AA_permease_2
C
PF13520 AA_permease_2 2-84 aa
Protein ID 来源 结构域编号 结构域名称 类型 起始 aa 终止 aa E-value Score 说明
XP_057766477.1 Pfam PF13520 AA_permease_2 Family 2 84 5.1e-15 56.0 Amino acid permease

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910494.1
ATGGCGTATGCCTTCTCCAGAGACGGCGCCATGCCATTCTCTGAGTTCTGGCATAAGGTCAACGAGCACGAGGTCCCCCTCAACGCGGTCTGGCTCTCAGCGATCATAGCCTTCTGCATGGCTCTAACGTCGCTAGGGAGCTTAGTAGAGTTTCAAGAGATGGTGTCCATAGCTACCATCAGGCTCTACATCGCGTATGCTCTGCCGATCTTCTTCAGAGTGACTCTGGCTCGGAAGTCTTTCAGGCCGGGGCCGTTCAC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986925
ATGGCGTATGCCTTCTCCAGAGACGGCGCCATGCCATTCTCTGAGTTCTGGCATAAGGTCAACGAGCACGAGGTCCCCCTCAACGCGGTCTGGCTCTCAGCGATCATAGCCTTCTGCATGGCTCTAACGTCGCTAGGGAGCTTAGTAGAGTTTCAAGAGATGGTGTCCATAGCTACCATCAGGCTCTACATCGCGTATGCTCTGCCGATCTTCTTCAGAGTGACTCTGGCTCGGAAGTCTTTCAGGCCGGGGCCGTTCAC...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766477.1
MAYAFSRDGAMPFSEFWHKVNEHEVPLNAVWLSAIIAFCMALTSLGSLVEFQEMVSIATIRLYIAYALPIFFRVTLARKSFRPGPFTLGRYGGGG

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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