当前解析结果
SmilChr05G002831| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002831 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002831 |
| 描述 | ubiquitin-conjugating enzyme E2 36 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 33617120 - 33622633 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986919 |
|---|---|
| GeneID | 130986919 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986919 |
| 原始查询 | SmilChr05G002831 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | ubiquitin-conjugating enzyme E2 36 |
| 产物 | ubiquitin-conjugating enzyme E2 36 |
| Arabidopsis | AT1G16890 (UBC36)ubiquitin-conjugating enzyme 36 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:838260] identity=99.2; qcov=1; evalue=5.41e-87; confidence=high |
| Rice | Os01g0673600 (OsUBC13)- identity=97.5; qcov=1; evalue=1.54e-85; confidence=high |
| GO | GO:0005634 (nucleus); GO:0006301 (DNA damage tolerance); GO:0061631 (ubiquitin conjugating enzyme activity); GO:0070534 (protein K63-linked ubiquitination) |
| KEGG | smil04120 (Ubiquitin mediated proteolysis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)) |
| Pfam | PF00179 (UQ_con) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986919 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Nucleus | 细胞核 | 1.00000 | XP_057766467.1 |
| 2 | Cytoplasm | 细胞质 | 1.00000 | XP_057766467.1 |
| 3 | Cytosol | 细胞质基质 | 1.00000 | XP_057766468.1 |
| 4 | Nucleoplasm | 核质 | 0.80000 | XP_057766468.1 |
| 5 | Nucleus membrane | 核膜 | 0.20000 | XP_057766467.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:33621840 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | D10 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766467.1PF00179
UQ_con 9-145 aa
XP_057766468.1PF00179
UQ_con 2-112 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766467.1 |
Pfam | PF00179 |
UQ_con | Domain | 9 | 145 | 7.9e-51 | 172.1 | Ubiquitin-conjugating enzyme |
XP_057766468.1 |
Pfam | PF00179 |
UQ_con | Domain | 2 | 112 | 2.4e-45 | 154.3 | Ubiquitin-conjugating enzyme |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
2 records
下载 cDNA FASTA2 records
下载 CDS FASTA2 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。