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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002837

染色体: Chr05 坐标: 33710784-33711275 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002837
名称SmilChr05G002837
描述uncharacterized mitochondrial protein AtMg00810-like
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向33710784 - 33711275 / +

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025826
GeneID131025826
locus_tag-
NCBI NameLOC131025826
原始查询SmilChr05G002837

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=medium
产物orf490; symbol=orf490; hit=gene-orf490; species=rice; confidence=medium
ArabidopsisATMG00810
-
identity=39; qcov=1.04; evalue=7.57e-35; confidence=medium
Ricegene-orf490 (orf490)
-
identity=43.8; qcov=0.994; evalue=3.57e-37; confidence=medium
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025826

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811596.1
2 Nucleus 细胞核 0.20000 XP_057811596.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811596.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811596.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811596.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:33710799 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C22
Chr5:33710814 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 13 B1,B102,B115,B121,B32,B54,B65,B68,B89,C26,C36,C87,D4
Chr5:33710827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B77
Chr5:33710841 C T EMS_canonical_SNV stop_gained 37 A25,B102,B107,B111,B115,B119,B128,B132,B138,B139,B140,B15,B18,B24,B4,B62,B64,B84,B88,C1,C19,C25,C34,C40,C41,C43,C49,C51,C6,C65,C67,C71,C77,C80,D3,D7,D9
Chr5:33710853 GCC G 2bp_deletion frameshift_variant 9 A9,B128,B133,B35,B42,C30,C51,C76,C84
Chr5:33710858 A AAT 2bp_insertion frameshift_variant 8 A9,B128,B133,B35,C30,C51,C76,C84
Chr5:33710903 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B83
Chr5:33710930 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B93
Chr5:33710934 CT C 1bp_deletion frameshift_variant 23 A11,A2,A24,A3,A7,B135,B17,B33,B52,B70,B82,B99,C11,C2,C29,C47,C54,C69,C7,C75,C78,C82,C9
Chr5:33710941 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C2
Chr5:33711006 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 C7,C73
Chr5:33711020 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B91

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955613.1
ATGAATTTCTTTCTGGGCTTACAAGTAAATCAGACTAAAGGAGGAATACTGATCAACCAGTCAAAGTATGCCAAAGAACTGATCAACAACTTTGGCATTCAATGTATGAAATCAGTAAAGATTCCAATGAACACCAACTGGAAGTTGGATCTAGGATCTGAAGGAAAATCTGTATCATCAACAAAGTACAGAAAGATCATTGGATCACTACTCTATTTGACTGCTAGCACACCAGACATTGCATTTGCAGTCGGAGTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025826
ATGAATTTCTTTCTGGGCTTACAAGTAAATCAGACTAAAGGAGGAATACTGATCAACCAGTCAAAGTATGCCAAAGAACTGATCAACAACTTTGGCATTCAATGTATGAAATCAGTAAAGATTCCAATGAACACCAACTGGAAGTTGGATCTAGGATCTGAAGGAAAATCTGTATCATCAACAAAGTACAGAAAGATCATTGGATCACTACTCTATTTGACTGCTAGCACACCAGACATTGCATTTGCAGTCGGAGTTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811596.1
MNFFLGLQVNQTKGGILINQSKYAKELINNFGIQCMKSVKIPMNTNWKLDLGSEGKSVSSTKYRKIIGSLLYLTASTPDIAFAVGVCARYQSDPKEAHMDAAKRILRYLKGTPNLHLWYPADDKFKLIGYSDSDFAGCKIDRKLTSGTCQFLGNKLISWFSKK

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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