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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002841`

染色体: Chr05 坐标: 33734243-33740310 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002841`
名称	SmilChr05G002841
描述	tRNA dimethylallyltransferase 9
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	33734243 - 33740310 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986911`
GeneID	`130986911`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986911`
原始查询	`SmilChr05G002841`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	tRNA dimethylallyltransferase 9
产物	tRNA dimethylallyltransferase 9
Arabidopsis	`AT5G20040` (IPT9) isopentenyltransferase 9 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:832126] identity=62.8; qcov=0.966; evalue=4.25e-154; confidence=high
Rice	`Os01g0968700` (OsIPT9) - identity=36.8; qcov=0.474; evalue=1.77e-27; confidence=medium
GO	GO:0006400 (tRNA modification); GO:0009691 (cytokinin biosynthetic process); GO:0052381 (tRNA dimethylallyltransferase activity)
KEGG	smil00908 (Zeatin biosynthesis - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01110 (Biosynthesis of secondary metabolites - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF01715 (IPPT); PF01745 (IPT)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986911

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Mitochondrion	线粒体	1.00000	`XP_057766444.1`
2	Chloroplast	叶绿体	1.00000	`XP_057766445.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766444.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766444.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766444.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:33734572`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C64,C66
`Chr5:33736612`	`C`	`CA`	1bp_insertion	frameshift_variant	7	A21,A9,B119,B123,B134,B87,C3
`Chr5:33736647`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,A3,B33
`Chr5:33736901`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	C2
`Chr5:33736902`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D1
`Chr5:33736977`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C18,C29,C72,D2
`Chr5:33737298`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B57
`Chr5:33737357`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B65,B75,C5,D6
`Chr5:33737393`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B104,B9,C30,C32,C68
`Chr5:33738050`	`C`	`CT`	1bp_insertion	stop_gained,frameshift_variant	4	B124,B76,C13,C46
`Chr5:33738050`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	4	B124,B76,C13,C46
`Chr5:33739719`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	C18,C29,C72,D2

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766444.1

459 aa

230

459

IPT

IPPT

PF01745 IPT 54-104 aa PF01715 IPPT 88-373 aa

XP_057766445.1

384 aa

192

384

IPT

IPPT

PF01745 IPT 54-104 aa PF01715 IPPT 88-335 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766444.1`	Pfam	`PF01745`	IPT	Domain	54	104	5.5e-07	30.0	Isopentenyl transferase
`XP_057766444.1`	Pfam	`PF01715`	IPPT	Domain	88	373	1e-60	206.1	IPP transferase
`XP_057766445.1`	Pfam	`PF01745`	IPT	Domain	54	104	4.3e-07	30.3	Isopentenyl transferase
`XP_057766445.1`	Pfam	`PF01715`	IPPT	Domain	88	335	2.4e-51	175.5	IPP transferase

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

2 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910462.1
GTGCTTTTTTTTTTTTGAGATAAAAATTTGCAGGTGCTTTGATTATCCGCTGCTACTACAATCACTTCATAATCTACCAAAATGATAACCGGTTTGAGAGTGGGCGTCCTCCGGATGTGTTGCTTCCGCCTGCCTTACCCTGCCGAAGCGCCGCTCCGCCGCCGTTCTCCGCCACCCTTCCGCCTCTGCGGCACTACTAGACTCCTTACAACTTGCTGCTCAATGAAAAACAAGCGGCAGAAAGTAATAGTAATATCTGG...

XM_057910461.1
TTTTTTTTTTTTGAGATAAAAATTTGCAGGTGCTTTGATTATCCGCTGCTACTACAATCACTTCATAATCTACCAAAATGATAACCGGTTTGAGAGTGGGCGTCCTCCGGATGTGTTGCTTCCGCCTGCCTTACCCTGCCGAAGCGCCGCTCCGCCGCCGTTCTCCGCCACCCTTCCGCCTCTGCGGCACTACTAGACTCCTTACAACTTGCTGCTCAATGAAAAACAAGCGGCAGAAAGTAATAGTAATATCTGGCCCT...

CDS

2 records

下载 CDS FASTA

LOC130986911
ATGATAACCGGTTTGAGAGTGGGCGTCCTCCGGATGTGTTGCTTCCGCCTGCCTTACCCTGCCGAAGCGCCGCTCCGCCGCCGTTCTCCGCCACCCTTCCGCCTCTGCGGCACTACTAGACTCCTTACAACTTGCTGCTCAATGAAAAACAAGCGGCAGAAAGTAATAGTAATATCTGGCCCTACAGGCGCCGGCAAAAGCAGGCTCGCCTTGGAGCTCGCCAAACGACTCAACGGAGAAATCATCAGCGCTGATTCCGT...

Protein

2 records

下载 Protein FASTA

XP_057766444.1
MITGLRVGVLRMCCFRLPYPAEAPLRRRSPPPFRLCGTTRLLTTCCSMKNKRQKVIVISGPTGAGKSRLALELAKRLNGEIISADSVQVYKGLDIGSAKPSLEDRQEVPHHLVDILHPSEDYSVGKFYEDARQKTEEILFRGRVPIVTGGTGLYLRWFIYGKPDVPKASPEITLEVHSELAEFQRDGHWDAAVQLVVEAGDPGVQSLAANDWYRLRRRLEILKSSGTSPSAFKVPYNSFKEKLESNGAELSDIHSSNSEL...

XP_057766445.1
MITGLRVGVLRMCCFRLPYPAEAPLRRRSPPPFRLCGTTRLLTTCCSMKNKRQKVIVISGPTGAGKSRLALELAKRLNGEIISADSVQVYKGLDIGSAKPSLEDRQEVPHHLVDILHPSEDYSVGKFYEDARQKTEEILFRGRVPIVTGGTGLYLRWFIYGKPDVPKASPEITLEVHSELAEFQRDGHWDAAVQLVVEAGDPGVQSLAANDWYRLRRRLEILKSSGTSPSAFKVPYNSFKEKLESNGAELSDIHSSNSEL...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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