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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002864`

染色体: Chr05 坐标: 34212102-34216008 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002864`
名称	SmilChr05G002864
描述	homogentisate 1,2-dioxygenase
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	34212102 - 34216008 / `-`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986940`
GeneID	`130986940`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986940`
原始查询	`SmilChr05G002864`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; KEGG smil; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	homogentisate 1,2-dioxygenase
产物	homogentisate 1%2C2-dioxygenase
Arabidopsis	`AT5G54080` (HGO) homogentisate 1,2-dioxygenase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835494] identity=82.2; qcov=0.942; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os06g0103300` (HGO) - identity=76.9; qcov=0.957; evalue=0; confidence=high
GO	GO:0004411 (homogentisate 1,2-dioxygenase activity); GO:0005737 (cytoplasm); GO:0006559 (L-phenylalanine catabolic process); GO:0006570 (GO:0006570)
KEGG	smil00350 (Tyrosine metabolism - Salvia miltiorrhiza (redroot sage)); smil01100 (Metabolic pathways - Salvia miltiorrhiza (redroot sage))
Pfam	PF04209 (HgmA_C); PF20510 (HgmA_N)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986940

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057766480.1`
2	Cytosol	细胞质基质	1.00000	`XP_057766480.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766480.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766480.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057766480.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:34212347`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr5:34212391`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D11
`Chr5:34212459`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B135,C47
`Chr5:34212460`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A11,A3,B33
`Chr5:34212510`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B7,C11,C69
`Chr5:34212760`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B23
`Chr5:34213514`	`C`	`CT`	1bp_insertion	frameshift_variant	1	B12
`Chr5:34213514`	`C`	`CT`	1bp_insertion	CDS_variant	1	B12
`Chr5:34213772`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B109
`Chr5:34215451`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B22
`Chr5:34215592`	`TG`	`T`	1bp_deletion	frameshift_variant	144	A1,A14,A15,A18,A2,A21,A24,A25,A5,A7,A8,A9,B1,B100,B102,B106,B107,B11,B111,B113,B115,B118,B119,B122,B126,B128,B129,B13,B130,B131,B134,B135,B136,B137,B138,B14,B15,B17,B18,B19,B20,B24,B25,B26,B29,B30,B31,B33,B34,B36,B41,B42,B43,B44,B46,B47,B48,B49,B5,B50,B51,B53,B55,B58,B6,B61,B62,B64,B65,B67,B7,B70,B72,B73,B74,B75,B8,B81,B82,B86,B88,B90,B91,B92,B93,B94,B98,B99,C1,C10,C11,C13,C14,C18,C19,C20,C21,C23,C24,C25,C26,C3,C30,C31,C34,C35,C36,C37,C41,C45,C47,C48,C49,C5,C50,C53,C54,C55,C58,C59,C6,C62,C64,C67,C68,C7,C70,C71,C72,C74,C76,C79,C80,C82,C85,C86,D1,D10,D2,D3,D6,D7,D8,D9
`Chr5:34215599`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C37,C69

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766480.1

466 aa

233

466

HgmA_N

HgmA_C

PF20510 HgmA_N 21-293 aa PF04209 HgmA_C 294-448 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766480.1`	Pfam	`PF20510`	HgmA_N	Domain	21	293	1.8e-128	428.3	Homogentisate 1,2-dioxygenase N-terminal
`XP_057766480.1`	Pfam	`PF04209`	HgmA_C	Domain	294	448	2.3e-77	258.7	Homogentisate 1,2-dioxygenase C-terminal

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910497.1
GATCGAATGTCGAAAGATAGACACTAGTAACAATTAACAAGGTTTGACACTAAAACAAACAAACATGGGAGCCTGTGTCGGAAGCGGAGGTAACGTCCGCTTCCAGTCGTCTCCAGTCTCATGGGTCACCAAAATGATCCAAAGTCCGAACACGACAAATTTCTAATTCTCGTACGTCTCTTCCTCTTCCTCTGCTATCTTTCACGACCCAATAATGTCTGCTAAGGAAACCAACACCGCGGCGGCGCGGCTGCCCTTCC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986940
ATGTCTGCTAAGGAAACCAACACCGCGGCGGCGCGGCTGCCCTTCCCAGCCGAGCTGGTCTACTACTCTGGATTCCGTAACCACATCTCGTCGGAGGCAATCTCCGGAGCTCTCCCCCGCGCCCAGAACAGCCCCCTCCTCTGCCCCTACGGCCTCTACGCCGAGCAGATTTCCGGCACCTCCTTCACCTCTCCCCGCAACCAAAATCAGCGCAGCTGGTTGTATCGCGTGAAACCGTCCGTCACGCATGAGCCGTTCCG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766480.1
MSAKETNTAAARLPFPAELVYYSGFRNHISSEAISGALPRAQNSPLLCPYGLYAEQISGTSFTSPRNQNQRSWLYRVKPSVTHEPFRPRIPNHSKLVSEFDRSNSSATPTQLRWRPAEVPESPTDFVDGLYTVCGAGSSYLRHGFAIHMYAANTSMDNYAFCSADGDFLIVPQKGRLWITTECGRLQVTPGEIVVIPQGFRFAVDLPDGPSRGYVAEIFGSHFQLPDLGPIGANGLASSRDFLVPEAWFENVQCPGYTIV...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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