当前解析结果
SmilChr05G002893| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002893 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002893 |
| 描述 | DDRGK domain-containing protein 1 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 34707061 - 34711384 / - |
| NCBI Gene ID | LOC130986965 |
|---|---|
| GeneID | 130986965 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986965 |
| 原始查询 | SmilChr05G002893 |
| 来源 | GFF basic annotation; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | DDRGK domain-containing protein 1 |
| 产物 | DDRGK domain-containing protein 1 |
| Arabidopsis | AT4G27120 (AT4G27120)DDRGK domain protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828820] identity=65.5; qcov=1.01; evalue=1.21e-97; confidence=high |
| Rice | Os07g0103200- identity=63.9; qcov=1; evalue=2.37e-111; confidence=high |
| GO | - |
| KEGG | - |
| Pfam | PF09756 (DDRGK) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986965 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Endoplasmic reticulum | 内质网 | 0.80000 | XP_057766499.1 |
| 2 | Endoplasmic reticulum membrane | 内质网膜 | 0.60000 | XP_057766499.1 |
| 3 | Cytoplasm | 细胞质 | 0.20000 | XP_057766499.1 |
| 4 | Cytosol | 细胞质基质 | 0.20000 | XP_057766499.1 |
| 5 | Golgi apparatus | 高尔基体 | 0.20000 | XP_057766499.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:34708115 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B140 |
Chr5:34708177 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B13 |
Chr5:34708198 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B41 |
Chr5:34708377 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B31 |
Chr5:34710009 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C32,C68 |
Chr5:34710770 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | C32,C68,C71 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766499.1PF09756
DDRGK 94-278 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766499.1 |
Pfam | PF09756 |
DDRGK | Family | 94 | 278 | 2e-52 | 178.3 | DDRGK domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。