Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002900`

染色体: Chr05 坐标: 34839883-34840674 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002900`
名称	SmilChr05G002900
描述	secreted RxLR effector protein 161-like
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	34839883 - 34840674 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025840`
GeneID	`131025840`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025840`
原始查询	`SmilChr05G002900`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述	secreted RxLR effector protein 161-like
产物	secreted RxLR effector protein 161-like
Arabidopsis	`AT4G23160` (CRK8) cysteine-rich RECEPTOR-like kinase [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:828415] identity=35.7; qcov=0.905; evalue=8.78e-46; confidence=medium
Rice	`Os08g0125300` - identity=39.7; qcov=0.996; evalue=4.61e-56; confidence=medium
GO	-
KEGG	-
Pfam	-
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025840

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811608.1`
2	Nucleus	细胞核	0.60000	`XP_057811608.1`
3	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811608.1`
4	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811608.1`
5	Chromatin	染色质	0.00000	`XP_057811608.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:34839940`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	71	A11,A13,A23,A5,A8,A9,B105,B107,B109,B11,B111,B115,B117,B121,B122,B127,B128,B129,B131,B133,B138,B18,B20,B21,B23,B31,B4,B41,B5,B54,B55,B6,B60,B62,B68,B76,B86,B87,B9,B93,B99,C11,C12,C16,C23,C28,C3,C30,C33,C41,C43,C48,C50,C51,C52,C54,C58,C60,C61,C67,C69,C75,C76,C78,C81,C83,C84,C86,D2,D3,D5
`Chr5:34840034`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	2	B127,D2
`Chr5:34840034`	`CA`	`C`	1bp_deletion	CDS_variant	2	B127,D2
`Chr5:34840041`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A1,B40,B81,B87,C59
`Chr5:34840077`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A1,B87,C59
`Chr5:34840101`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A1,B87
`Chr5:34840110`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr5:34840136`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	B101,B140,C32,C68,D11
`Chr5:34840179`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B101
`Chr5:34840235`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	1	D6
`Chr5:34840235`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr5:34840236`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	stop_gained	7	B122,B23,B31,B72,C16,C3,D6

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中，此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955625.1
ATGAATTTCTTTCTCGGATTACAAGTAAAGCAAACCAAGGAAGGCATATTGATCAATCAATCAAAGTATGCTAAGAAACTGATCAACAAGTTCGATGTTCAACATATGAAGAGCGTGAAGATTCTTATGAACACTAACTGGAAACTTGATCCAAAAAAGGTTGGAAAATCAGTTTCCTCAACAAAGTACAGAGAGATCATTGGATCACTATTGTATCTGACTGCAAGCAGACCAGACATAACTTTTGCAGTTGGAGTTTG...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025840
ATGAATTTCTTTCTCGGATTACAAGTAAAGCAAACCAAGGAAGGCATATTGATCAATCAATCAAAGTATGCTAAGAAACTGATCAACAAGTTCGATGTTCAACATATGAAGAGCGTGAAGATTCTTATGAACACTAACTGGAAACTTGATCCAAAAAAGGTTGGAAAATCAGTTTCCTCAACAAAGTACAGAGAGATCATTGGATCACTATTGTATCTGACTGCAAGCAGACCAGACATAACTTTTGCAGTTGGAGTTTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811608.1
MNFFLGLQVKQTKEGILINQSKYAKKLINKFDVQHMKSVKILMNTNWKLDPKKVGKSVSSTKYREIIGSLLYLTASRPDITFAVGVCARYQSDHKEAHMDVAKRILRYIKGTSNVGLWYPADDDFKLTGYTDSNFARCAIDRKSTSGTCQFLGSKLISWFSKKQTSAATSTTEAEYMAAGSCYSQILWLVQELKDYRIEESKVPIYCDSSSAIAISQNHVHHTRIKHVSIRHHFIRDHVEKKDISIEKIHTSIQRADLLT...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器