当前解析结果
SmilChr05G002906| 统一新 Gene ID | SmilChr05G002906 |
|---|---|
| 名称 | SmilChr05G002906 |
| 描述 | formin-like protein 5 |
| 染色体 / SeqID | Chr05 / NC_080391.1 |
| 坐标与链方向 | 34915064 - 34922536 / + |
| NCBI Gene ID | LOC130986975 |
|---|---|
| GeneID | 130986975 |
| locus_tag | - |
| NCBI Name | LOC130986975 |
| 原始查询 | SmilChr05G002906 |
| 来源 | GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog |
|---|---|
| 描述 | formin-like protein 5 |
| 产物 | formin-like protein 5 |
| Arabidopsis | AT5G54650 (Fh5)formin homology5 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835554] identity=67.5; qcov=0.491; evalue=0; confidence=medium |
| Rice | Os07g0545500 (OsSTA198)- identity=57.8; qcov=0.51; evalue=6.86e-179; confidence=medium |
| GO | GO:0030036 (actin cytoskeleton organization); GO:0045010 (actin nucleation); GO:0051015 (actin filament binding) |
| KEGG | - |
| Pfam | PF02181 (FH2) |
| InterPro | - |
| eggNOG | - |
| NR | GeneID:130986975 |
| Rank | 定位位置 | 中文 | Score | Protein ID |
|---|---|---|---|---|
| 1 | Cell membrane | 细胞膜 | 1.00000 | XP_057766508.1 |
| 2 | Nucleus | 细胞核 | 0.00000 | XP_057766508.1 |
| 3 | Chromosome | 染色体 | 0.00000 | XP_057766508.1 |
| 4 | Centromere | 着丝粒 | 0.00000 | XP_057766508.1 |
| 5 | Chromatin | 染色质 | 0.00000 | XP_057766508.1 |
下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。
| 位置 | REF | ALT | 类型 | 影响 | 携带材料数 | 材料 |
|---|---|---|---|---|---|---|
Chr5:34916930 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | A13,C4 |
Chr5:34916990 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C22 |
Chr5:34917252 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 5 | B101,B140,C32,C68,D11 |
Chr5:34917298 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B112,B40 |
Chr5:34917704 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 3 | B130,B136,C33 |
Chr5:34917955 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | B75,C43 |
Chr5:34918028 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 2 | C73,D6 |
Chr5:34918050 |
CCA |
C |
2bp_deletion | frameshift_variant | 1 | C36 |
Chr5:34918050 |
CCA |
C |
2bp_deletion | CDS_variant | 1 | C36 |
Chr5:34918377 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B101 |
Chr5:34918539 |
C |
T |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | B100 |
Chr5:34921561 |
G |
A |
EMS_canonical_SNV | CDS_variant | 1 | C1 |
结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan;位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。
XP_057766508.1PF02181
FH2 477-876 aa
| Protein ID | 来源 | 结构域编号 | 结构域名称 | 类型 | 起始 aa | 终止 aa | E-value | Score | 说明 |
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
XP_057766508.1 |
Pfam | PF02181 |
FH2 | Family | 477 | 876 | 1.3e-102 | 344.4 | Formin Homology 2 Domain |
每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。
1 records
下载 cDNA FASTA1 records
下载 CDS FASTA1 records
下载 Protein FASTAupstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。