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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002914

染色体: Chr05 坐标: 35118654-35120901 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002914
名称SmilChr05G002914
描述uncharacterized SmilChr05G002914
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向35118654 - 35120901 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC130986984
GeneID130986984
locus_tag-
NCBI NameLOC130986984
原始查询SmilChr05G002914

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; Arabidopsis/Rice homolog
描述hit=Os01g0785900; species=rice; confidence=high
产物hit=Os01g0785900; species=rice; confidence=high
ArabidopsisAT5G54630 (AT5G54630)
zinc finger protein-like protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:835552]
identity=64.1; qcov=1.11; evalue=0; confidence=high
RiceOs01g0785900
-
identity=64.5; qcov=1.1; evalue=0; confidence=high
GO-
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:130986984

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 0.80000 XP_057766515.1
2 Cytosol 细胞质基质 0.40000 XP_057766515.1
3 Cell membrane 细胞膜 0.20000 XP_057766515.1
4 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057766515.1
5 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057766515.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:35118827 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:35119127 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B75
Chr5:35119130 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B101
Chr5:35119166 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B23,C71
Chr5:35119280 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:35119282 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 1 B57
Chr5:35119282 TC T 1bp_deletion CDS_variant 1 B57
Chr5:35119807 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B134
Chr5:35120045 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 D11
Chr5:35120068 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,C43,C76
Chr5:35120105 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 A23,C43,C76

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057910532.1
CTAGATCACGGCTCGCGGCGTTGCGGTTGGTCTTACTTGCACACAAAGTCCAAATTAGTTCAATGAAAGCATTCGAAATCGACTCTTGTGAATCCATTGAATTCAAATTTGAGGCGAGCATTAAAGACAAGCGACAGTGTATTTGAAGAGCATACTGCAACATTCTGACCACATCTCCTACCCCACCACCCTTCTTTCTGCACCCAGTTAAGTTAATCCGTCATTTATTGTGTTATTCATCTGTCACCTTCATTGTCATC...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC130986984
ATGGGGGAAAAGAAGAAGACGAAAGAGACGCCGGCGACAGTTTGGTTTTCACTAAAGAGGTCCCTGCACTGCAAATCAGAGCCGTCGGATGTGCACAATCCGAAGACGAGGAAGCAGCTGAGCTCAATCCTGACAAGAAAATCGGGCAGATCGGGTTGTTCGAGGTCGATTGCGAATTTGAAAGATGTGATTCACGGCAGCAAACGGCACCTCGAGCGGCCCCCCAGCTGCAGCCCGAGATCCATCGGAAGCAGCGAGTT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057766515.1
MGEKKKTKETPATVWFSLKRSLHCKSEPSDVHNPKTRKQLSSILTRKSGRSGCSRSIANLKDVIHGSKRHLERPPSCSPRSIGSSEFLNPIAHEVILSNTTCELKITGFSGAAAAGESGGGSTYVGTLRPGTPGPGGHPTMHYFNPSFRNSTATPPRKEGLPPQKRPSFEKDGGVTCHKCGEHFAKWETLESHHLSKHAVTELVEGDSSRKIVEIICRSSWLKSESHCVRIDRVVKVHNMQKTLARFEDYRESVKAKASK...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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