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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID,以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因,再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。
示例

当前解析结果

SmilChr05G002925

染色体: Chr05 坐标: 35234714-35235830 链方向: - 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene IDSmilChr05G002925
名称SmilChr05G002925
描述uncharacterized SmilChr05G002925
染色体 / SeqIDChr05 / NC_080391.1
坐标与链方向35234714 - 35235830 / -

ID 对照

NCBI Gene IDLOC131025846
GeneID131025846
locus_tag-
NCBI NameLOC131025846
原始查询SmilChr05G002925

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Arabidopsis/Rice homolog
描述confidence=no_hit
产物confidence=no_hit
Arabidopsis-
-
Rice-
-
GOGO:0003676 (nucleic acid binding)
KEGG-
Pfam-
InterPro-
eggNOG-
NRGeneID:131025846

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank定位位置中文ScoreProtein ID
1 Nucleus 细胞核 1.00000 XP_057811614.1
2 Cytoplasm 细胞质 1.00000 XP_057811614.1
3 Chromosome 染色体 0.00000 XP_057811614.1
4 Centromere 着丝粒 0.00000 XP_057811614.1
5 Chromatin 染色质 0.00000 XP_057811614.1

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变;完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置 REF ALT 类型 影响 携带材料数 材料
Chr5:35234718 AG A 1bp_deletion frameshift_variant 7 A13,B16,B79,C23,C26,C58,D4
Chr5:35234740 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 3 B14,B26,B64
Chr5:35234750 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B74,B91,C59,D3
Chr5:35234769 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 2 B110,B93
Chr5:35234771 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 B15
Chr5:35234773 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B100,C24,C3,D7
Chr5:35234808 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 B108,B110,B122,B93
Chr5:35234814 TC T 1bp_deletion frameshift_variant 28 A18,B118,B124,B131,B134,B136,B19,B32,B41,B46,B51,B53,B58,B65,B70,B79,B83,B84,C10,C18,C25,C26,C29,C45,C52,C72,C84,D2
Chr5:35234817 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 4 A2,C60,C62,C82
Chr5:35234840 G A EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 C71
Chr5:35234868 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 5 A24,B108,B110,B122,B93
Chr5:35234876 C T EMS_canonical_SNV CDS_variant 1 A24

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

当前发布数据中,此基因没有可展示的 Pfam 结构域命中。

进入结构域查询

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA(仅基因区域)

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列;蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA
XM_057955631.1
ATGGCACCGAAATTACAGGAACCAGCCAAAAGAAACTCAAAAAACAGAACCAAGGGGACTTTGGAAACAAAACCCATCCAGTCAATCACTAAAGAGGTGATTAAGGAGTGCATAATATCACAGGTCATCCCATCTATCAAAGCTAAATGGTCAAATACAGAGCCCAAGGACATTATTATACAGCAAGACAATGCTAGACCACATATTCTTCAAAATGACCATGAATTTGCAGCAGCAGCTAACACAGATGGGTTCAACAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA
LOC131025846
ATGGCACCGAAATTACAGGAACCAGCCAAAAGAAACTCAAAAAACAGAACCAAGGGGACTTTGGAAACAAAACCCATCCAGTCAATCACTAAAGAGGTGATTAAGGAGTGCATAATATCACAGGTCATCCCATCTATCAAAGCTAAATGGTCAAATACAGAGCCCAAGGACATTATTATACAGCAAGACAATGCTAGACCACATATTCTTCAAAATGACCATGAATTTGCAGCAGCAGCTAACACAGATGGGTTCAACAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA
XP_057811614.1
MAPKLQEPAKRNSKNRTKGTLETKPIQSITKEVIKECIISQVIPSIKAKWSNTEPKDIIIQQDNARPHILQNDHEFAAAANTDGFNMTLICQPPNFPDTNVNDLGFFRAIHSLQDDKTAKTLDELLANKMSSFEELTPQTLNNVFLTFQGCYSEMLKVKRGNDYKIPHMNMGRLQRMGELPESIEVDPQLVRDSLEYVTMAENDAGYAMSL

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补,使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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