Gene Card 基因详情

支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002929`

染色体: Chr05 坐标: 35298415-35305942 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002929`
名称	SmilChr05G002929
描述	organic cation/carnitine transporter 4
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	35298415 - 35305942 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC130986995`
GeneID	`130986995`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC130986995`
原始查询	`SmilChr05G002929`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	organic cation/carnitine transporter 4
产物	organic cation/carnitine transporter 4
Arabidopsis	`AT3G20660` (OCT4) organic cation/carnitine transporter4 [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821613] identity=68.3; qcov=0.998; evalue=0; confidence=high
Rice	`Os04g0631100` - identity=63; qcov=0.739; evalue=1.72e-164; confidence=high
GO	GO:0016020 (membrane); GO:0022857 (transmembrane transporter activity); GO:0055085 (transmembrane transport)
KEGG	-
Pfam	PF00083 (Sugar_tr); PF07690 (MFS_1)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:130986995

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cell membrane	细胞膜	0.80000	`XP_057766524.1`
2	Vacuole	液泡	0.40000	`XP_057766524.1`
3	Vacuole membrane	液泡膜	0.40000	`XP_057766524.1`
4	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057766524.1`
5	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057766524.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:35298664`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B110,B93
`Chr5:35298925`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B108,B110,B122,B93
`Chr5:35298967`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	D6
`Chr5:35304797`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A2,C60,C62,C82
`Chr5:35304913`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B17
`Chr5:35304919`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C29,D1
`Chr5:35304934`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	B15,B27,D11
`Chr5:35304958`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B75,D6
`Chr5:35305129`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	C31,C58
`Chr5:35305171`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	1	B40
`Chr5:35305229`	`AC`	`A`	1bp_deletion	frameshift_variant	1	B131
`Chr5:35305229`	`AC`	`A`	1bp_deletion	CDS_variant	1	B131

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057766524.1

524 aa

262

524

Sugar_tr

MFS_1

PF00083 Sugar_tr 115-500 aa PF07690 MFS_1 118-462 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057766524.1`	Pfam	`PF00083`	Sugar_tr	Family	115	500	1e-30	107.8	Sugar (and other) transporter
`XP_057766524.1`	Pfam	`PF07690`	MFS_1	Family	118	462	3.5e-19	69.6	Major Facilitator Superfamily

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057910541.1
GATTCATCCACGTGTACATCGTCGTCCATTTACGATCAACGAACGACAACCCATAGTCGCAATCCTATTTATATATTGCATATCTAAGAAATTCTCATTACTTCCACATTCAAATCCTAATCCCTATCCTCAGCCACCACCCCTAAAACAAAAACAAGAAGAAAAAGGAAACAGAAAACAACAATAAATCTTCATGATTTCAAATTTGTGTTAACGAAAAAAAAAAAAAAAAATCAGCCGGAAAATGTCGGCTCCAAAAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC130986995
ATGTCGGCTCCAAAATCTACGGAAGGCGGGGTCCGGTCGCCGCTGCTGGGAGCGTCGGCGGAGGCGGAGAGATTGTGCATGGACGACATGCTGAAAAAGTATTGCGGCGAGTTTGGGTGGTGGCAGCTGCGGCACTTTGTCCTAACGAGCATGGCGTGGGCGCTGGAGGCCTTCCACACCATGGTCGTCATCTTCGCCGACCGCGAGCCGGCCTGGCGGTGCATAGACGGAGCTTGCTCGCCGGAGGCTACGACCGTGTG...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057766524.1
MSAPKSTEGGVRSPLLGASAEAERLCMDDMLKKYCGEFGWWQLRHFVLTSMAWALEAFHTMVVIFADREPAWRCIDGACSPEATTVCGLEPGSWEWIDGAGSSTVADFGLVCSEKYKVGLVQALFFGGCMIGAGVFGHLSDSKLGRKGSLVVVCIMNAIFGCLTALSPTYLIYAVFRLLTGCSTGGVGLCAFVLATEPVGPTKRGVAGMSTFYFFSGGIAALSGIAYVFQSWRSLYIATSIPSILFLVFVLPFVSESPRW...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

JBrowse

跳转到基因组浏览器