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支持统一新 ID、NCBI Gene ID、GeneID、locus_tag、Transcript ID、Protein ID，以及已人工核对的文献基因名查询。页面会先解析到丹参统一基因，再整合坐标、序列、注释、亚细胞定位、EMS 突变和下载入口。

当前解析结果

`SmilChr05G002934`

染色体: Chr05 坐标: 35372583-35375390 链方向: + 类型: protein_coding

基本信息

统一新 Gene ID	`SmilChr05G002934`
名称	SmilChr05G002934
描述	uncharacterized SmilChr05G002934
染色体 / SeqID	Chr05 / NC_080391.1
坐标与链方向	35372583 - 35375390 / `+`

ID 对照

NCBI Gene ID	`LOC131025850`
GeneID	`131025850`
locus_tag	`-`
NCBI Name	`LOC131025850`
原始查询	`SmilChr05G002934`

查看完整 ID 对照表

功能注释

来源	GFF basic annotation; NCBI GO GAF; Pfam-A/HMMER; Arabidopsis/Rice homolog
描述	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
产物	hit=Os08g0202300; species=rice; confidence=low
Arabidopsis	`AT3G01410` (AT3G01410) Polynucleotidyl transferase, ribonuclease H-like superfamily protein [Source:NCBI gene (formerly Entrezgene);Acc:821319] identity=39.6; qcov=0.108; evalue=1.03e-11; confidence=weak
Rice	`Os08g0202300` - identity=31.4; qcov=0.303; evalue=2.64e-41; confidence=low
GO	GO:0003676 (nucleic acid binding); GO:0004523 (RNA-DNA hybrid ribonuclease activity); GO:0015074 (DNA integration)
KEGG	-
Pfam	PF00075 (RNase_H); PF00078 (RVT_1); PF00665 (rve); PF13456 (RVT_3); PF17917 (RT_RNaseH); PF17919 (RT_RNaseH_2); PF17921 (Integrase_H2C2); PF31073 (DUF8803)
InterPro	-
eggNOG	-
NR	GeneID:131025850

打开注释模块

亚细胞定位 Top 5

Rank	定位位置	中文	Score	Protein ID
1	Cytoplasm	细胞质	1.00000	`XP_057811617.1`
2	Cytosol	细胞质基质	0.60000	`XP_057811617.1`
3	Nucleus	细胞核	0.00000	`XP_057811617.1`
4	Chromosome	染色体	0.00000	`XP_057811617.1`
5	Centromere	着丝粒	0.00000	`XP_057811617.1`

进入亚细胞定位查询

EMS 诱变突变

下表显示该基因在丹参 EMS 材料中的前 12 个候选突变；完整结果可进入 EMS 突变库继续筛选或下载。

位置	REF	ALT	类型	影响	携带材料数	材料
`Chr5:35372592`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B120,B62
`Chr5:35372604`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B99,C30
`Chr5:35372624`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B110,C78
`Chr5:35372638`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	A5,B49,C53,D11
`Chr5:35372649`	`CA`	`C`	1bp_deletion	frameshift_variant	41	A1,A7,B100,B105,B107,B109,B137,B16,B24,B30,B36,B37,B38,B45,B56,B58,B59,B60,B64,B66,B69,B71,B73,B76,B81,B91,B96,C11,C14,C17,C29,C33,C34,C35,C50,C52,C54,C66,C69,C74,D6
`Chr5:35372676`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B21,B80
`Chr5:35372728`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	5	A21,B124,B46,B79,C60
`Chr5:35372755`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A21,B126,B20
`Chr5:35372768`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	4	B25,C14,C18,C21
`Chr5:35372780`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	A22,B36
`Chr5:35372788`	`G`	`A`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	2	B112,B139
`Chr5:35372793`	`C`	`T`	EMS_canonical_SNV	CDS_variant	3	A20,B138,C31

进入 EMS 突变库

预测功能结构域

结构域结果来自 Pfam-A HMM 数据库和 HMMER hmmscan；位置为对应蛋白序列上的氨基酸坐标。

XP_057811617.1

935 aa

468

935

RVT_1

RT_RNaseH_2

RT_RNaseH

RNase_H

RVT_3

Integrase_H2C2

rve

DUF8803

PF00078 RVT_1 4-128 aa PF17919 RT_RNaseH_2 192-287 aa PF17917 RT_RNaseH 218-316 aa PF00075 RNase_H 364-446 aa PF13456 RVT_3 368-485 aa PF17921 Integrase_H2C2 579-632 aa PF00665 rve 651-747 aa PF31073 DUF8803 870-933 aa

Protein ID	来源	结构域编号	结构域名称	类型	起始 aa	终止 aa	E-value	Score	说明
`XP_057811617.1`	Pfam	`PF00078`	RVT_1	Domain	4	128	1.6e-26	94.2	Reverse transcriptase (RNA-dependent DNA polymerase)
`XP_057811617.1`	Pfam	`PF17919`	RT_RNaseH_2	Domain	192	287	9.6e-22	77.6	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057811617.1`	Pfam	`PF17917`	RT_RNaseH	Domain	218	316	3.1e-21	76.2	RNase H-like domain found in reverse transcriptase
`XP_057811617.1`	Pfam	`PF00075`	RNase_H	Domain	364	446	1.1e-08	36.1	RNase H
`XP_057811617.1`	Pfam	`PF13456`	RVT_3	Domain	368	485	2.6e-18	66.8	Reverse transcriptase-like
`XP_057811617.1`	Pfam	`PF17921`	Integrase_H2C2	Domain	579	632	4.5e-09	37.0	Integrase zinc binding domain
`XP_057811617.1`	Pfam	`PF00665`	rve	Domain	651	747	3.2e-19	69.8	Integrase core domain
`XP_057811617.1`	Pfam	`PF31073`	DUF8803	Domain	870	933	1.8e-27	95.7	Domain of unknown function (DUF8803)

cDNA / CDS / Protein 序列

下载基因组 DNA（仅基因区域）

每个公开基因均提供参考注释对应的转录本序列；蛋白编码基因另提供 CDS 和蛋白序列。非编码 RNA 不适用 CDS 或蛋白下载。真实 accession 的版本后缀予以保留。

cDNA

1 records

下载 cDNA FASTA

XM_057955634.1
ATGCTAGTGGACGCGACAGCAGGACATGAATTGATGAGTTTCATGGACGCATACTCGGGATACCATCAAATCCGGATACACCCTGATGATGAGGAGAAGACGGCCTTCATGACCAGCGTAGCGCTATTTTGCTACAAATATATGCCATTTGGATTGAAGAATGCAGGAGCAACATATCAACGCCTGGTCAATCGGATGTTTGCAAGCTTGCTGGGCCAAACAATGGAAGTCTACATCGATGACATGTTGGTCAAGTCCAT...

CDS

1 records

下载 CDS FASTA

LOC131025850
ATGCTAGTGGACGCGACAGCAGGACATGAATTGATGAGTTTCATGGACGCATACTCGGGATACCATCAAATCCGGATACACCCTGATGATGAGGAGAAGACGGCCTTCATGACCAGCGTAGCGCTATTTTGCTACAAATATATGCCATTTGGATTGAAGAATGCAGGAGCAACATATCAACGCCTGGTCAATCGGATGTTTGCAAGCTTGCTGGGCCAAACAATGGAAGTCTACATCGATGACATGTTGGTCAAGTCCAT...

Protein

1 records

下载 Protein FASTA

XP_057811617.1
MLVDATAGHELMSFMDAYSGYHQIRIHPDDEEKTAFMTSVALFCYKYMPFGLKNAGATYQRLVNRMFASLLGQTMEVYIDDMLVKSIHARDHIDHLRETFEILRKYNMKLNPTKCSFGVNAGKFLGYMVTQRGIEANPAQIESIQGIPSPTCMKDVQKLAGRIAALSRFISRSSEKCHLFFNTLRKSKTFEWTEECEEALKQLKQYLTSPPLPKNHETLLVYLAVSDTAVSAVLVREEERKQSPIYYVSKSLLDAETRYS...

上下游序列下载

upstream/downstream 最大各 10000 bp。负链基因会自动反向互补，使最终 FASTA 为转录方向 5′→3′。

下载 upstream 下载 downstream 下载 upstream + gene + downstream

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